| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 138,950 | T→G | 11.4% | R518S (AGA→AGC) ‡ | kinB ← | alginate biosynthesis sensor protein KinB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 138,950 | 0 | T | G | 11.4% | 249.4 / 24.8 | 97 | R518S (AGA→AGC) ‡ | kinB | alginate biosynthesis sensor protein KinB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/41); new base G (6/5); total (51/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.09e-01 | |||||||||||
CAATTTCCTTGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTCCTTGATCAACTCGATCTGCTTGT > NC_002947/138802‑139098 | caATTTCCTTGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGt > 4:105093/1‑149 (MQ=255) cTTGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCAt < 8:235172/149‑1 (MQ=255) ttGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATg > 4:206048/1‑149 (MQ=255) cacaGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCAGA‑CGGCATGCa < 5:245984/148‑1 (MQ=255) acaGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCATCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAgg > 6:361516/1‑149 (MQ=255) caGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGc > 1:246826/1‑149 (MQ=255) aGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCg > 1:77964/1‑149 (MQ=255) aGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCg > 4:126722/1‑149 (MQ=255) aGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTCCTGCATGCCAGA‑CGGCATGCAgaac < 6:375495/149‑4 (MQ=255) gcgcGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTCCTGCATGCCAGA‑CGGCATGCAgaacg < 5:189731/149‑5 (MQ=255) gcgcGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTCCTGCATGCCAGA‑CGGCATGCAgaacg > 6:189731/1‑145 (MQ=255) gcgAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGAt < 3:134173/149‑1 (MQ=255) gcgAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGAt < 5:289228/149‑1 (MQ=255) gAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATgc < 3:105093/149‑1 (MQ=255) cccagcccagCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCAGA‑CGGCATGCa < 6:412453/136‑1 (MQ=255) cccagcccagCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCAGA‑CGGCATGCa > 5:412453/1‑136 (MQ=255) cagcccagcGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCAGA‑CGGCATGCa > 8:374782/1‑134 (MQ=255) cagcccagcGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCAGA‑CGGCATGCa < 7:374782/134‑1 (MQ=255) ccagcGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGAATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGtt > 8:369639/1‑149 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ttGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTTGAGATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGa > 1:135172/1‑149 (MQ=255) ttGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTATCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGAt > 7:323878/1‑149 (MQ=255) gCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGa < 1:400488/146‑1 (MQ=255) gCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATgg > 4:371622/1‑149 (MQ=255) gactctacctGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGc < 1:144851/145‑1 (MQ=255) tacctGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTtgt > 6:180392/1‑149 (MQ=255) cctGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTtgtg < 1:172750/148‑1 (MQ=255) cctGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTTGTgc < 3:126722/149‑1 (MQ=255) ctGCACTAAAGGCTCGAAGATGAGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCAGTTGTCCTCGACGATGATGATCACCCGTTCTGCATCACGTC‑TGGAATGCAGCAGGATGCGCCCGCCCATGGCGGTATGGCGGATGGCGTtgtg > 3:289870/1‑147 (MQ=255) tGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑Tg < 2:86962/96‑1 (MQ=255) tGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑Tg > 1:86962/1‑96 (MQ=255) 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gatCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCCGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGAGGCGGGTCCACTTACt > 8:179343/1‑149 (MQ=255) atCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTCCtt < 1:172955/149‑1 (MQ=255) atCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTCCt < 5:361516/148‑1 (MQ=255) tCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTCCtt < 5:28967/148‑1 (MQ=255) tCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTCCtt > 6:28967/1‑148 (MQ=255) tCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTCCTTg < 5:265294/149‑1 (MQ=255) tCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTCCTTg > 1:45930/1‑149 (MQ=255) tCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTCCTTg > 1:215496/1‑149 (MQ=255) aCCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCaa < 2:132694/98‑1 (MQ=255) aCCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCaa > 1:132694/1‑98 (MQ=255) gTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTcc < 3:132114/140‑1 (MQ=255) gTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTcc > 4:132114/1‑140 (MQ=255) cTGCATGCCAGA‑CGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTCCTTGATCAACTc > 8:230358/1‑148 (MQ=255) cTGCATGCCAGA‑CGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTCCTTGATCAACTc > 6:307775/1‑148 (MQ=255) cTGCATGCCAGA‑CGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGAAGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTCCTTGATCAACTCg > 5:270773/1‑149 (MQ=255) cATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTCCTTGATCAACTCGAt < 2:257428/148‑1 (MQ=255) cATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCACGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATCACCGGTAGCGGCGGGTGCACTTCCTAGATCAACTCgct > 8:141887/1‑146 (MQ=255) gCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTCCTTGATCAACTCGATCTGc > 6:73640/1‑149 (MQ=255) ccGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTCCTTGATCAACTCGATCTGc < 4:395357/148‑1 (MQ=255) ccGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTCCTTGATCAACTCGATCTGc < 3:8775/148‑1 (MQ=255) tC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTCCTTGATCAACTCGATCTGCTtgt > 8:224072/1‑149 (MQ=255) | CAATTTCCTTGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTC‑TGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTGGCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTCCTTGATCAACTCGATCTGCTTGT > NC_002947/138802‑139098 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |