| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,397,101 | G→C | 6.4% | V17L (GTC→CTC) | tolA → | colicin S4/filamentous phage transport protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,397,101 | 0 | G | C | 6.4% | 231.2 / 2.8 | 73 | V17L (GTC→CTC) | tolA | colicin S4/filamentous phage transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/34); new base C (2/3); total (35/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GACAAGGCTGTCGACTATGGCGCGGTCATGGGTGCCATGGGCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCAACCACCCAGAC > NC_002947/1396958‑1397243 | gACAAGGCTGTCGACTATGGCGCGGTCATGGGTGCCATGGGCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTgg < 7:197725/149‑1 (MQ=255) aCAAGGCTGTCGACTATGGCGCGGTCATGGGTGCCATGGGCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTggg < 4:354256/149‑1 (MQ=255) aaGGCTGTCGACTATGGCGCGGTCATGGGTGCCATGGGCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATGCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTCTCTGGGc > 1:293989/1‑148 (MQ=255) aaGGCTGTCGACTATGGCGCGGTCATGGGTGCCATGGGCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGc > 7:128969/1‑148 (MQ=255) aaGGCTGTCGACTATGGCGCGGTCATGGGTGCCATGGGCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGACACTGGGcc < 1:323766/149‑1 (MQ=255) ggCTGTCGACTATGGCGCGGTCATGGGTGCCATGGGCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGACACTGGGCCag < 2:70215/149‑2 (MQ=255) tGTCGACTATGGCGCGGTCATGGGTGCCATGGGCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCgg > 1:193319/1‑149 (MQ=255) tCGACTATGGCGCGGTCATGGGTGCCATGGGCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGcc < 1:373773/149‑1 (MQ=255) gACTATGGCGCGGTCATGGGTGCCATGGGCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGACACTGGGCCagaa > 7:77221/1‑141 (MQ=255) gACTATGGCGCGGTCATGGGTGCCATGGGCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGACACTGGGCCagaa < 8:77221/144‑4 (MQ=255) aCTATGGCGCGGTCATGGGTGCCATGGGCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTg > 1:149220/1‑148 (MQ=255) tGGCGCGGTCATGGGTGCCATGGGCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCAt < 5:317636/147‑1 (MQ=255) gcgGTCATGGGTGCCATGGGCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTg < 8:16101/149‑1 (MQ=255) gTCATGGGTGCCATGGGCGGGTTGCAGATGGCCGTTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCGCTGATGCAACAGCGAGATCCATCCGCCTCTGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGgtg < 4:244149/149‑1 (MQ=255) tCATGGGTGCCATGGGCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGgtgt < 7:219713/149‑1 (MQ=255) ccATGGGCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCctgc > 8:290131/1‑149 (MQ=255) gggCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGtt > 5:232508/1‑149 (MQ=255) ggCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCAGCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTc < 6:247287/149‑1 (MQ=255) gCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTg < 8:147279/130‑1 (MQ=255) gCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTg > 7:147279/1‑130 (MQ=255) gCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCg > 2:52769/1‑149 (MQ=255) gTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAg > 8:17780/1‑149 (MQ=255) gTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAg > 1:109098/1‑149 (MQ=255) ttGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTg < 8:284166/103‑1 (MQ=255) gCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGttt > 8:222571/1‑149 (MQ=255) 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aGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCa < 2:40377/149‑1 (MQ=255) ggCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCa > 2:366656/1‑148 (MQ=255) ggCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCAt < 7:290131/149‑1 (MQ=255) gtCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTTTCTGGGCCATCTGCCTGCATGTGCTTGTGTTCGCCCTGCTGTTCGGCAGTTTTTCCATGACGCCg < 2:293989/149‑1 (MQ=255) tCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCgg < 4:189003/149‑1 (MQ=255) 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cGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGAt > 2:176130/1‑149 (MQ=255) gAGGCGCCCTGATGCTAAATCGAGAGCCATCCGACTCGGAATGCTAATTGTGGCCCAGTGTCTGTGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTTTTGGCCCTGCTGTTCGTTAGTTTTGGCATGAGTCCGGAGCTGCCGCCTTACAATGCGATc < 2:193319/149‑1 (MQ=255) atgtcgcCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATc < 5:228423/145‑1 (MQ=255) aGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCg > 7:94007/1‑149 (MQ=255) gcgcCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGgtgt > 8:125060/1‑87 (MQ=255) gcgcCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGgtgt < 7:125060/87‑1 (MQ=255) gcCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATc > 6:228423/1‑144 (MQ=255) gcCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCa < 4:259056/149‑1 (MQ=255) ccTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAgg > 4:376325/1‑149 (MQ=255) ccTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAgg < 3:382380/149‑1 (MQ=255) gCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCa < 8:110160/141‑1 (MQ=255) gCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCa > 7:110160/1‑141 (MQ=255) gCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTAccc > 4:253436/1‑149 (MQ=255) gCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTAccc > 1:185162/1‑149 (MQ=255) cAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCt > 3:9228/1‑149 (MQ=255) aCAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCctg < 4:122782/82‑1 (MQ=255) aCAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCctg > 3:122782/1‑82 (MQ=255) 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tCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTc < 6:232508/149‑1 (MQ=255) gCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCAGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTcc > 1:36128/1‑147 (MQ=255) cTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAaga < 3:253436/149‑1 (MQ=255) aCTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCg > 7:288248/1‑105 (MQ=255) aCTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCg < 8:288248/105‑1 (MQ=255) ttCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCAaccac > 5:230800/1‑149 (MQ=255) ttCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCAaccac > 5:105417/1‑149 (MQ=255) gCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCAACCACCCa < 3:376325/147‑1 (MQ=255) gCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCAACCACCCAGa > 8:314942/1‑149 (MQ=255) gCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCAACCACCCAGa > 2:309183/1‑149 (MQ=255) ccAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCAACCACCCAGAc > 4:69057/1‑148 (MQ=255) | GACAAGGCTGTCGACTATGGCGCGGTCATGGGTGCCATGGGCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCAACCACCCAGAC > NC_002947/1396958‑1397243 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |