| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,450,925 | C→T | 15.0% | R37W (CGG→TGG) | PP_1270 → | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,450,925 | 0 | C | T | 15.0% | 203.9 / 23.0 | 86 | R37W (CGG→TGG) | PP_1270 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/39); new base T (6/7); total (40/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.39e-01 | |||||||||||
CTACCATCGCGTTTCCCGCAGCTGTAACGGAAAACGGCCATGCAACTCCCGGACATGAACCTGCTCGTCGCCCTCGATGCCTTGCTCGACGAGGGCAGCGTGGTGGGCGCAGCGCAGCGCATGAACCTGAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACAT‑TGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGG‑‑CCGT‑GGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGC > NC_002947/1450778‑1451068 | cTACCATCGCGTTTCCCGCAGCTGTAACGGAAAACGGCCATGCAACTCCCGGACATGAACCTGCTCGTCGCCCTCGATGCCTTGCTCGACGAGGGCAGCGTGGTGGGCGCAGCGCAGCGCATGAACCTGAGCCCGGCGGCCATGAGcc < 3:288346/148‑1 (MQ=255) cATCGCGTTTCCCGCAGCTGTAACGGAAAACGGCCATGCAACTCCCGGACATGAACCTGCTCGTCGCCCTCGATGCCTTGCTCGACGAGGGCAGCGTGGTGGGCGCAGCGCAGCGCATGAACCTGAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACa > 2:295991/1‑149 (MQ=255) tCGCGTTTCCCGCAGCTGTAACGGAAAACGGCCATGCAACTCCCGGACATGAACCTGCTCGTCGCCCTCGATGCCTTGCTCGACGAGGGCAGCGTGGTGGGCGCAGCGCAGCGCATGAACCTGAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACAt‑t > 3:53313/1‑149 (MQ=255) tCGCGTTTCCCGCAGCTGTAACGGAAAACGGCCATGCAACTCCCGGACATGAACCTGCTCGTCGCCCTCGATGCCTTGCTCGACGAGGGCAGCGTGGTGGGCGCAGCGCAGCGCATGAACCTGAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACAt‑t > 7:317886/1‑149 (MQ=255) cgTTTCCCGCAGCTGTAACGGAAAACGGCCATGCAACTCCCGGACATGAACCTGCTCGTCGCCCTCGATGCCTTGCTCGACGAGGGCAGCGTGGTGGGCGCAGCGCAGCGCATGAACCTGAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACAT‑Tggg < 6:190418/149‑1 (MQ=255) cgTTTCCCGCAGCTGTAACGGAAAACGGCCATGCAACTCCCGGACATGAACCTGCTCGTCGCCCTCGATGCCTTGCTCGACGAGGGCAGCGTGGTGGGCGCAGCGCAGCGCATGAACCTGAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACAT‑Tggg < 5:411992/149‑1 (MQ=255) tttCCCGCAGCTGTAACGGAAAACGGCCATGCAACTCCCGGACATGAACCTGCTCGTCGCCCTCGATGCCTTGCTCGACGAGGGCAGCGTGGTGGGCGCAGCGCAGCGCATGAACCTGAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACAT‑TGGGGc > 5:166055/1‑149 (MQ=255) tttCCCGCAGCTGTAACGGAAAACGGCCATGCAACTCCCGGACATGAACCTGCTCGTCGCCCTCGATGCCTTGCTCGACGAGGGCAGCGTGGTGGGCGCAGCGCAGCGCATGAACCTGAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACAT‑TGGGGc < 7:244345/149‑1 (MQ=255) 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ccTCGATGCCTTGCTCGACGAGGGCAGCGTGGTGGGCGCAGCGCAGCGCATGAACCTGAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACAT‑TGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGG‑‑CCGT‑GGCCTGGTGCCTa > 3:128024/1‑149 (MQ=255) ccTCGATGCCTTGCTCGACGAGGGCAGCGTGGTGGGCGCAGCGCAGCGCATGAACCTGAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACAT‑TGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGG‑‑CCGT‑GGCCTGGTGCCTa < 8:317886/149‑1 (MQ=255) tCGATGCCTTGCTCGACGAGGGCAGCGTGGTGGGCGCAGCGCAGCGCATGAACCTGAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACAT‑TGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGG‑‑CCGT‑GGCCTGGTGCCTACg > 8:47127/1‑149 (MQ=255) gATGCCTTGCTCGACGAGGGGAGCGTGGTGGGCGCAGCGCAGCGCATGAACCTGAGGCCGGCGGCCATGAGCCGGACAT‑TGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGG‑‑CCGT‑GGCCTGGTGCCTACGcc < 6:134255/149‑1 (MQ=255) gCCTTGCTCGACGAGGGCAGCGTGGTGGGCGCAGCGCAGCGCATGAACCTGAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACAT‑TGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGG‑‑CCGT‑GGCCTGGTGCCTACGCCCCg > 7:382977/1‑149 (MQ=255) 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aggAACCTGAGGCCGGCGGCCATGTGCCGGACAT‑TGGGGCGTATCCGGGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGG‑‑CCGT‑GGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCa < 4:5314/147‑1 (MQ=255) aTGAACCTGAGCCCGGCGGCCATGAGCTGGACAT‑TGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCCCGT‑GGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAg < 1:120852/149‑1 (MQ=255) ccTGAGCCCGGCGGCCATGAGCTGGACAT‑TGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGG‑‑CCGT‑GGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCtgg < 4:77856/137‑1 (MQ=255) ccTGAGCCCGGCGGCCATGAGCTGGACAT‑TGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGG‑‑CCGT‑GGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCtgg > 3:77856/1‑137 (MQ=255) ccTGAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACAT‑TGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGG‑‑CCGT‑GGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCg < 6:262168/149‑1 (MQ=255) cTGAGCCCGGCGGCCATGAGCTGGACAT‑TGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGG‑‑CCGT‑GGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCgg > 3:263524/1‑149 (MQ=255) gAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACAT‑TGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGG‑‑CCGT‑GGCCTg < 6:3670/85‑1 (MQ=255) gAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACAT‑TGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGG‑‑CCGT‑GGCCTg > 5:3670/1‑85 (MQ=255) aGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACAT‑TGGGGCGTATCCGCGATGCCTGGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGG‑‑CCGT‑GGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCggg < 4:53313/147‑1 (MQ=255) gCCCGGCGGCCATGAGCCGGACAT‑TGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGG‑‑CCGT‑GGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAg > 5:18011/1‑149 (MQ=255) ggcggcCATGAGCCGGACAT‑TGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGG‑‑CCGT‑GGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCTCGAGCAGGTGCATGGCCTGTTGGAGCAGGCCGGGCAGgtgt < 6:77956/149‑1 (MQ=255) gcggcCATGAGCCGGACAT‑GGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGG‑‑CCGT‑GGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGtt < 4:301580/149‑1 (MQ=255) cggcCATGAGCCGGACAT‑TGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGG‑‑CCGT‑GGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTc < 4:158274/149‑1 (MQ=255) ggcCATGAGCCGGACAT‑TGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGG‑‑CCGG‑GGCCTGGTGCCTACGCCCCGGGCGTTGGCTCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTcc < 8:382977/149‑1 (MQ=255) cATGAGCTGGACAT‑TGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGG‑‑CCGT‑GGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCa < 2:172870/129‑1 (MQ=255) cATGAGCTGGACAT‑TGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGG‑‑CCGT‑GGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCa > 1:172870/1‑129 (MQ=255) aaTGAGCCGGACAT‑TGGGGCGTATCCGCGCTGCCTTGGGGGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGG‑‑CAGT‑GGACGGGTTCCTACGCCCCTTGAGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGGGGATCATGCCGGGCAGGTGTTCCGCa < 4:326487/148‑1 (MQ=255) tGAGCTGGACAT‑TGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGG‑‑CCGT‑GGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGc > 2:250244/1‑149 (MQ=255) | CTACCATCGCGTTTCCCGCAGCTGTAACGGAAAACGGCCATGCAACTCCCGGACATGAACCTGCTCGTCGCCCTCGATGCCTTGCTCGACGAGGGCAGCGTGGTGGGCGCAGCGCAGCGCATGAACCTGAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACAT‑TGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGG‑‑CCGT‑GGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGC > NC_002947/1450778‑1451068 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |