| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,494,903 | C→T | 6.9% | intergenic (‑33/+62) | PP_1306 ← / ← PP_1307 | Pyocin S‑type killer domain‑containing protein/AsnC family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,494,903 | 0 | C | T | 6.9% | 167.0 / 2.3 | 58 | intergenic (‑33/+62) | PP_1306/PP_1307 | Pyocin S‑type killer domain‑containing protein/AsnC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/24); new base T (2/2); total (32/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.28e-01 | |||||||||||
GGCCCACCGCCACCGATAAAACTCAGTTCAATACCTGTAGGTGCTTGCGCACTGATGTATAGCGCCTCATCGAGATAATACGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCACCCGTCTTTCCTTCACCGCTTTGTACGAAAAACTCGAATAGATCTCCTTCACCCCCG > NC_002947/1494755‑1495050 | ggCCCACCGCCACCGATAAAACTCACTTCAATACCTCTAGGTGCTTGCGCACTGATGTATAGCCCCTCAACGAGATAAAACGTATTGTCCCGAGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTAGc > 2:361617/1‑149 (MQ=255) gCCCACCGCCACCGATAAAACTCAGTTCAATACCTGTAGGTGCTTGCGCACTGATGTATAGCGCCTCATCGAGATAATACGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCg > 3:101919/1‑149 (MQ=255) ccaccgATAAAACTCAGTTCAATACCTGTAGGTGCTTGCGCACTGATGTATAGCGCCTCATCGAGATAATACGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCa < 8:229007/149‑1 (MQ=255) caccgATAAAACTCAGTTCAATACCTGTAGGTGCTTGCGCACTGATGTATAGCGCCTCATCGAGATAATACGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAg < 4:97733/149‑1 (MQ=255) aTAAAACTCAGTTCAATACCTGTAGGTGCTTGCGCACTGATGTATAGCGCCTCATCGAGATAATACGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCa < 3:176555/149‑1 (MQ=255) aaCTCAGTTCAATACCTGTAGGTGCTTGCGCACTGATGTATAGCGCCTCATCGAGATAATACGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGTGGTATGTCAGCTGCAGCCt > 8:131415/1‑149 (MQ=255) aaCTCAGTTCAATACCTGTAGGTGCTTGCGCACTGATGTATAGCGCCTCATCGAGATAATACGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATAGAATTTGTGGTATGTCAGCTGCAGCCt > 6:218066/1‑149 (MQ=255) aGTTCAATACCTGTAGGTGCTTGCGCACTGATGTATAGCGCCTCATCGAGATAATACGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCaa < 7:133245/149‑1 (MQ=255) gTTCAATACCTGTAGGTGCTTGCGCACTGATGTATAGCGCCTCATCGAGATAATACGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAAt < 5:166076/149‑1 (MQ=255) gTTCAATACCTGTAGGTGCTTGCGCACTGATGTATAGCGCCTCATCGAGATAATACGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTCCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAAt < 5:322124/149‑1 (MQ=255) ttCAATACCTGTAGGTGCTTGCGCACTGATGTATAGCGCCTCATCGAGATAATACGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGt < 6:330500/144‑1 (MQ=255) ttCAATACCTGTAGGTGCTTGCGCACTGATGTATAGCGCCTCATCGAGATAATACGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGt > 5:330500/1‑144 (MQ=255) aTACCTGTAGGTGCTTGCGCACTGATGTATAGCGCCTCATCGAGATAATACGTATTGTCCCGTGACATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAg > 2:147166/1‑147 (MQ=255) ccTGTAGGTGCTTGCGCACTGATGTATAGCGCCTCATCGAGATAATACGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAgg > 8:45770/1‑148 (MQ=255) cTTGCGCACTGATGTATAGCGCCTCATCGAGATAATACGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCgtgt > 3:320699/1‑149 (MQ=255) gcgcACTGATGTATAGCGCCTCATCGAGATAATACGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGc > 5:64758/1‑149 (MQ=255) gcgcACTGATGTATAGCGCCTCATCGAGATAATACGTATTGTCCCGTGCAATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGGCTATCAGGAGGAAGCTTCGTGTTgg > 4:294136/1‑148 (MQ=255) tGATGTATAGCGCCTCATCGAGATAATACGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCgtgt < 7:95342/140‑1 (MQ=255) tGATGTATAGCGCCTCATCGAGATAATACGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCgtgt > 8:95342/1‑140 (MQ=255) tGATGTATAGCGCCTCATCGAGATAATACGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCTGa > 1:14751/1‑148 (MQ=255) aGCGCCTCATCGAGATAATACGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGt > 8:147935/1‑149 (MQ=255) cgcCTCATCGAGATAATACGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTTGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGtct < 7:186437/149‑1 (MQ=255) cgcCTCATCGAGATAATACGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGtct < 7:45770/149‑1 (MQ=255) cTCATCGAGATAATACGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAg < 7:147935/149‑1 (MQ=255) gagaTAATACGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGc < 4:251385/124‑1 (MQ=255) gagaTAATACGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGc > 3:251385/1‑124 (MQ=255) ataCGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTtctc < 2:250301/148‑1 (MQ=255) ttGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCt < 8:152210/102‑1 (MQ=255) ttGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCt > 7:152210/1‑102 (MQ=255) tGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCg < 2:14751/148‑1 (MQ=255) tCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGaca < 7:83847/143‑1 (MQ=255) tCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGaca > 8:83847/1‑143 (MQ=255) ccGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTAt > 2:409003/1‑148 (MQ=255) cATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCACCCGt < 6:64758/149‑1 (MQ=255) aTGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCACCCGTc > 3:8265/1‑149 (MQ=255) gTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCACCCGTCtt > 1:263571/1‑149 (MQ=255) aGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGTGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCACCCGTCttt < 5:218066/148‑1 (MQ=255) aGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGTGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCACCCGTCttt < 7:131415/148‑1 (MQ=255) ttCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCACCCGTCTTTCCtt < 4:101919/149‑1 (MQ=255) cTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCTATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCACCCGTCTTTCCTTCAcc < 3:294136/148‑1 (MQ=255) cTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTcc < 8:48217/118‑1 (MQ=255) cTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTcc > 7:48217/1‑118 (MQ=255) tGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCACCCGTCTTTCCTTCACCGc > 5:3667/1‑149 (MQ=255) cACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCACCCGTCTTTCCTTCACCGCTTTg > 3:165133/1‑149 (MQ=255) cTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCACCCGTCTTTCCTTCAcc < 5:409472/141‑1 (MQ=255) cTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCACCCGTCTTTCCTTCAcc > 6:409472/1‑141 (MQ=255) cATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCACCCGTCTTTCCTTCACCGCTTTGTACg > 2:244810/1‑148 (MQ=255) ggTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGTTCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCACCCGTCTTTCCTTCACCGCTTTGTACGAAAAACTCGa < 1:361617/149‑1 (MQ=255) gTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCCCCCGTCTTTCCTTCACCGCTTTGTCCGAAAAACTCGaa > 8:17607/1‑149 (MQ=255) ttACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCACCCGTCTTTCCTTCACCGCTTTGTACGAAAAACTCGaa > 7:317420/1‑147 (MQ=255) tACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCACCCGTCTTTCCTTCACCGCTTTGTACGAAAAACTCGaa > 1:108931/1‑146 (MQ=255) tACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCACCCGTCTTTCCTTCACCGCTTTGTACGAAAAACTCGAATa < 4:320699/148‑1 (MQ=255) atCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCACCCGTCTTTCCTTCACCGCTTTGTACGAAAAACTCGa > 3:196702/1‑138 (MQ=255) atCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCACCCGTCTTTCCTTCACCGCTTTGTACGAAAAACTCGa < 4:196702/138‑1 (MQ=255) tCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCACCCGTCTTTCCTTCACCGCTTTGTACGAAAAACTCGAATAGATCTCCtt > 7:232883/1‑149 (MQ=255) tCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCACCCGTCTTTCCTTCACCGCTTTGTACGAAAAACTCGAATAGATCTCCt > 1:174371/1‑148 (MQ=255) tCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCACCCGTCTTTCCTTCACCGCTTTGTACGAAAAACTCGAATAGATCTCCt > 3:386517/1‑148 (MQ=255) gAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCACCCGTCTTTCCTTCACCGCTTTGTACGAAAAACTCGAATAGATCTCCTTcc > 8:253577/1‑148 (MQ=255) gCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCACCCGTCTTTCCTTCACCGCTTTGTACGAAAAACTCGAATAGATCTCCTTCACCCCCg > 7:43155/1‑149 (MQ=255) | GGCCCACCGCCACCGATAAAACTCAGTTCAATACCTGTAGGTGCTTGCGCACTGATGTATAGCGCCTCATCGAGATAATACGTATTGTCCCGTGCCATGTAGGTTCTCCTGATCACTACATGGGCTAGGTTTACGTATATCGAATTTGCGGTATGTCAGCTGCAGCCTGTCAATCAGTAGGAAGCTTCGTGTTGCTCGGAAAGATCCGTCTCAGATATGTTTCTCCGACACCGGTATCACCCGTCTTTCCTTCACCGCTTTGTACGAAAAACTCGAATAGATCTCCTTCACCCCCG > NC_002947/1494755‑1495050 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |