Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,132,962 | G→A | 9.1% | T17M (ACG→ATG) | PP_1890 ← | type I pili chaperone protein FimC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,132,962 | 0 | G | A | 9.1% | 118.8 / 3.3 | 44 | T17M (ACG→ATG) | PP_1890 | type I pili chaperone protein FimC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/18); new base A (2/2); total (24/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.35e-01 |
GGTTTCGAACAACGACGGATGTACTGCGTTTGTCGCCGTTGAAAACGAGGCGCGTGTTGTTTAATGTCAAGGCGGCATGACTGTTTACCGAGAGGGTAAGCATCAATAAGGTCAGGCAGACGCAAACAACGACGCGGGCGGGTATCGTGAATGTTGACGGATTGGTCATCGGGTAACTCGCTGCATCCAGACGCACAACTACGCCTGGATGGTTTAACCGTGCAAGGACTGCACAGAATTTATGCGTAATTATTGATAGTCGACGGTGTAACGAACCTGGGCGGATGCAAGG > NC_002947/2132816‑2133107 | ggTTTCGAACAACGACGGATGTACTGCGTTTGTCGCCGTTGAAAACGAGGCGCGTGTTGTTTAATGTCAAGGCGGCATGACTGTTTACCGAGAGGGTAAGCATCAATAAGGTCAGGCAGACGCAAACAACGACGCGGGCGGGTATCGt < 3:194845/148‑1 (MQ=255) gTTTCGAACAACGAGGGATGTACTGCGTTTGTCGCCGTTGAAAACGAGGCGCGTGTTGTTTAATGTCAAGGCGGCATGACTGTTTACCGAGAGGGTAAGCATCAATAAGGTCAGGCAGACGCAAACAACGACGCGGGCGGGTATCGTg > 7:347839/1‑148 (MQ=255) tttCGAACAACGACGGATGTACTGCGTTTGTCGCCGTTGAAAACGAGGCGCGTGTTGTTTAATGTCAAGGCGGCATGACTGTTTACCGAGAGGGTAAGCAACAATAAGGTCAGGCAGACGCAAACAACGACGCGGGCGGGTATCATGaa > 8:379586/1‑149 (MQ=255) gacgGATGTACTGCGTTTGTCGCCGTTGAAAACGAGGCGCGTGTTGTTTAATGTCAAGGCGGCATGACTGTTTACCGAGAGGGTAAGCATCAATAAGGTCAGGCAGACGCAAACAACGACGCGGGCGGGTATCGTGAATGTTGACGGAt < 2:155701/149‑1 (MQ=255) cTGCGTTTGTCGCCGTTGAAAACGAGGCGCGTGTTGTTTAATGTCAAGGCGGCATGACTGTTTACCGAGAGGGTAAGCATCAATAAGGTCAGGCAGACGCAAACAACGACGCGGGCGGGTATCGTGAATGTTGACGGATTGGTCATCgg > 5:248439/1‑149 (MQ=255) cTGCGTTTGTAGCCGTTGAAAACGAGGCGCGTGTTGTTTAATGTCAAGGCGGCATGACTGTTTACCGAGAGGGTAAGCATCAATAAGGTCAGGCAGACGCAAACAACGACGCCGGACGGTATCGTGAATGTTGACGGATAGGTCATCgg > 8:229404/1‑149 (MQ=255) tGCGTTTGTCGCCGTTGAAAACGAGGCGCGTGTTGTTTAATGTCAAGGCGGCATGACTGTTTACCGAGAGGGTAAGCATCAATAAGGTCAGGCAGACGCAAACAACGACGCGGGCGGGTATAGTGAATGTTGACGGATTgg > 5:340379/1‑141 (MQ=255) tGCGTTTGTCGCCGTTGAAAACGAGGCGCGTGTTGTTTAATGTCAAGGCGGAATGACTGTTTACCGAGAGGGTAAGCATCAATAAGGTCAGGCAGACGCAAACAACGACGCGGGCGGGTATCGTGAATGTTGACGGATTgg < 6:340379/141‑1 (MQ=255) gTTTGTCGCCGTTGAAAACGAGGCGCGTGTTGTTTAATGTCAAGGCGGCATGACTGTTTACCGAGAGGGTAAGCATCAATAAGGTCAGGCAGACGCAAACAACGACGCGGGCGGGTATCGTGAATGTTGACGGATTGGTCATCGGGTaa > 1:27255/1‑149 (MQ=255) 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ggTAAGCATCAATAAGGTCAGGCAGACGCAAACAACGACGCGGGCGGGTATCGTGAATGTTGACGGATTGGTCATCGGGTAACTCGCTGCATCCAGACGCACAACTACGCCTGGATGGTTTAACCGTGCAAGGACTGCACAGAATTTAt < 6:248439/149‑1 (MQ=255) tAAGCATCAATAAGGTCAGGCAGACGCAAACAACGACGCGGGCGGGTATCGTGAATGTTGACGGATTGGTCATCGGGTAACTCGCTGCATCCAGACGCACAACTACGCCTGGATGGTTTAACCGTGCAAGGACTGCACAGAATTTATGc > 6:351127/1‑149 (MQ=255) aaTATGGTCATGCAGACGCAAACAACGACGCTGGCGGGTATCGTGAATGTTGACGGATTGGTCATCGGGTAACTCGCTGCATCCAGACGCACAACTACGCCTGGATGGTTTAACCGTGCAAGGACTGCACAGAATTTATGCGTAattat < 8:189129/149‑1 (MQ=255) aGGTCAGGCAGACGCAAACAACGACGCGGGCGGGTATCATGAATGTTGACGGATTGGTCATCGGGTAACTCGCTGCATCCAGACGCACAACTACGCCTGGATGGTTTAACCGTGCAAGGACTGCACAGAATTTATGCGTAATTATTGa < 7:379586/148‑1 (MQ=255) ggTCAGGCAGACGCAAACAACGACGCGGGCGGGTATCGTGAATGTTGACGGATTGGTCATCGGGTAACTCGCTGCATCCAGACGCACAACTACGCCTGGATGGTTTAACCGTGCAAGGACTGCACAGAATTTATGCGTAATTATTGa > 1:29051/1‑147 (MQ=255) 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NC_002947/2132816‑2133107 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |