| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,294,021 | T→A | 11.1% | L6M (TTG→ATG) | PP_2020 → | lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,294,021 | 0 | T | A | 11.1% | 114.7 / 6.1 | 45 | L6M (TTG→ATG) | PP_2020 | lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/24); new base A (3/2); total (19/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.15e-01 | |||||||||||
GGGCCTGATGCTGACCTTCATGCTGCTTTGGAACATGTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGATATGCTTTTGATCGACGGCCTGCACGCCTTCGATTTCACCGTTGATGAAGCCGGCCTCACTGTC > NC_002947/2293873‑2294167 | gggCCTGATGCTGACCTTCATGCTGCTTTGGAACATGTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCAt > 3:710/1‑149 (MQ=255) gCCTGATGCTGACCTTCATGCTGCTTTGGAACATGTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTg > 8:230823/1‑149 (MQ=255) aTGCTGACCTTCATGCTGCTTTGGAACATGTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑cc < 4:140459/149‑1 (MQ=255) tGCTGACCTTCATGCTGCTTTGGAACATGTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGTAGGGGGCCGCATTGCGG‑ccc > 3:279137/1‑149 (MQ=255) ccTTCATGCTGCTTTGGAACATGTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGGATTGGCGGGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGt < 4:232713/149‑1 (MQ=255) cATGCTGCTTTGGAACATGTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCGTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTta < 2:98190/147‑1 (MQ=255) cATGCTGCTTTGGAACATGTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGGCCCCCCCGGTta < 6:295055/148‑1 (MQ=255) cATGCTGCTTTGGAACATGTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTta < 7:19560/147‑1 (MQ=255) ggctTTGCCACATGTTGGGGGCGCGGGGGCGGCTACCGGCCTTGGCGCGGTTCCTGATCACGCCGCCTAACATGGTGGGCACGGTGGGGGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATCGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGcc < 7:61018/148‑1 (MQ=255) ctTTGGAACATGTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGcc < 3:80463/147‑1 (MQ=255) tttGGAACATGTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGc > 5:370096/1‑149 (MQ=255) ggAACATGTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTc < 2:311897/148‑1 (MQ=255) gAACATGTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCg > 3:14760/1‑123 (MQ=255) gAACATGTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCg < 4:14760/123‑1 (MQ=255) gAACATGTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCAt > 1:232732/1‑149 (MQ=255) ccctGTTTGGGGCGCTGTGGCTTCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGT‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCAttt < 7:340119/146‑1 (MQ=255) ctGTTTGGTGCGCGGGGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGGCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCa < 2:180435/148‑1 (MQ=255) tGTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCAttt > 8:163350/1‑146 (MQ=255) gTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACAGCCAGCTCAatt > 4:3384/1‑145 (MQ=255) ggTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATgg < 7:163350/148‑1 (MQ=255) tgGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCt < 1:16574/147‑1 (MQ=255) ctACCGGCATTGGCGGGGTTCCTTTCCACGCCTGAGAATATGGTGGGCACGTCGGGTGGGTCGATCTTCGCCCTTTGATTGGCGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTcc < 6:273697/147‑1 (MQ=255) ctACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTccc < 2:232732/148‑1 (MQ=255) tACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTccccc > 6:152713/1‑149 (MQ=255) gcgcGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACt < 6:98921/102‑1 (MQ=255) gcgcGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACt > 5:98921/1‑102 (MQ=255) ccTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGt > 6:137358/1‑149 (MQ=255) gCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTAACCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGata > 2:165030/1‑149 (MQ=255) gaTGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCGCATTTCAGATGGGTACCCCGATGTCCCCCCACGCTACCGCCCTGCCGTCCAGCGAGATGGGTTTGa > 4:208945/1‑149 (MQ=255) tggGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGATATGCTTTTGATCGAc < 5:152713/149‑1 (MQ=255) gggCATGTAGGGGGGGTCTATCTTCGCCCATTTATTGGAGGGGTCCTCATTGCGG‑CCCCCCGGGTATACTGCCAGCTCATTTGAGATGTGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGATATGCTTTTGATCGACg < 4:710/149‑1 (MQ=255) cAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGATATGCTTTTGATCGACGGcc > 2:272743/1‑149 (MQ=255) ggaggGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGGGGGGGCCGCAATGCGG‑ccccctc < 2:377348/56‑3 (MQ=37) ggaggGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGGGGGGGCCGCAATGCGG‑ccccctc > 1:377348/1‑54 (MQ=37) tgggtgggtCTATCTTCGCCAATTGATTGGCGGGGCCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGATATGCTTTTGATCGACGGCCTGCAc < 3:3384/148‑1 (MQ=255) tCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGATATGCTTTTGATCGACGGCCTGCACGCCTTCGa > 3:30738/1‑149 (MQ=255) ccATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGATATGCTTTTGATCGACGGCCTGCACGCCTTCGATTTCACCGtt > 7:20875/1‑148 (MQ=255) gattgGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGATATGCTTTTGATCGACGGCCTGCACGCCTTCGATTTCACCGTtgatga < 6:370096/148‑1 (MQ=255) cggggggCCGCAATGCGG‑CCCCCTGGTTATACTGCCAGCTCATTTAAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCATGGGATTTGCGTTTGAACGACGGCCTGCCCGCCTTCGATTTCACCGTTGATGAAGcccg > 5:269105/3‑147 (MQ=255) gggggCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGATATGCTTTTGATCGACGGCCTGCACGCCTTCGATTTCACCGTTGATGAAGCCGGcc < 4:279137/149‑1 (MQ=255) gggggCCGCAATGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGATATGCTTTTGATCGACGGCCTGCACGCCTTCGATTTCACCGTTGATGGAGCCGGcc > 8:133677/1‑149 (MQ=255) ggCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGATATGCTTTTGATCGACGGCCTGCACGCCTTCGATTTCACCGTTGATGAAGCCGGCCTCa < 1:165030/149‑1 (MQ=255) ggCCGCAATGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGATATGCTTTTGATCGACGGCCTGCACGCCTTCGATTTCACCGTTGATGGAGCCGGCCTCa < 7:133677/149‑1 (MQ=255) cATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGATATGCTTTTGATCGACGGCCTGCACGCCTTCGATTTCACCGTTGATGAAGCCGGCCTCACTGTc < 3:208945/149‑1 (MQ=255) aaTTGCGG‑CCCCCCGGTTATTCTGCCTGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCACCTCGCTACCGGGCTGCATTCCTGCGATATGCTTTTGATCGACGGCCTGGACGCCTTCGATTTCACCGTTGTTGAAGCCGGCCTCACTGTc < 5:375662/148‑1 (MQ=255) aTTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGATATGCTTTTGATCGACGGCCTGCACGCCTTCGATTTCACCGTTGATGAAGCCGGCCTCACTGTc > 5:56397/1‑148 (MQ=255) | GGGCCTGATGCTGACCTTCATGCTGCTTTGGAACATGTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGG‑CCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGATATGCTTTTGATCGACGGCCTGCACGCCTTCGATTTCACCGTTGATGAAGCCGGCCTCACTGTC > NC_002947/2293873‑2294167 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |