Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,395,035 | G→A | 7.2% | L120L (CTG→TTG) | dacB ← | D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,395,035 | 0 | G | A | 7.2% | 158.4 / 2.2 | 55 | L120L (CTG→TTG) | dacB | D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/28); new base A (2/2); total (25/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.52e-01 |
GGTTGACCAGCAGCGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACTGGAAGGTCGGGC > NC_002947/2394888‑2395172 | ggTTGACCAGCAGCGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAg < 4:22389/148‑1 (MQ=255) ggTTGACCAGCAGCGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCAACACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAgg > 4:6422/1‑149 (MQ=255) gACCAGCAGCGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGCCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCAc > 1:72959/1‑149 (MQ=255) aCCAGCAGCGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACg > 3:307950/1‑149 (MQ=255) ccAGCAGCGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGc < 1:376279/149‑1 (MQ=255) gcagcGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCAt > 1:400810/1‑148 (MQ=255) gcagcGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATc < 2:34598/149‑1 (MQ=255) gAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATcagcag < 4:126594/149‑1 (MQ=255) gAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATcagcag < 4:307950/149‑1 (MQ=255) aGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCagcagc < 2:12220/149‑1 (MQ=255) gTCGGGCTTGACTAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACAAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCagcagc > 1:331439/1‑148 (MQ=255) cGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCcac < 6:285425/149‑1 (MQ=255) aCCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCtttt < 7:221597/148‑1 (MQ=255) aCCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCtttt < 2:400810/148‑1 (MQ=255) ccAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTcc < 8:5801/149‑1 (MQ=255) ccAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAAGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTc > 5:29540/1‑148 (MQ=255) ccAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAAGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTc > 5:23675/1‑148 (MQ=255) aaCGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAAGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGtt < 6:23675/149‑1 (MQ=255) aaCGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAAGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGtt < 6:29540/149‑1 (MQ=255) ttttCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTggg < 2:72959/149‑1 (MQ=255) ttttCAACACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTggg < 3:6422/149‑1 (MQ=255) tcatcaCCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGc < 3:355573/126‑1 (MQ=255) tcatcaCCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGc > 4:355573/1‑126 (MQ=255) catcaCCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGATTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCa > 2:142777/1‑149 (MQ=255) aCCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGc > 1:338686/1‑149 (MQ=255) tcgtcgtTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCAc < 5:389485/139‑1 (MQ=255) tcgtcgtTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCAc > 6:389485/1‑139 (MQ=255) tcgtcgtTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCtt > 2:191359/1‑148 (MQ=255) gtcgtTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTaa < 1:191359/149‑1 (MQ=255) gtTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAgg > 7:228704/1‑148 (MQ=255) gAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTg > 8:6201/1‑124 (MQ=255) gAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTg < 7:6201/124‑1 (MQ=255) aaCTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTgg > 8:198850/1‑124 (MQ=255) aaCTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTgg < 7:198850/124‑1 (MQ=255) aCTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAgg > 6:67229/1‑149 (MQ=255) cGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTAc > 4:88671/1‑149 (MQ=255) cACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGt < 2:338686/149‑1 (MQ=255) ccGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCAt < 5:237659/91‑1 (MQ=255) ccGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCAt > 6:237659/2‑92 (MQ=255) gCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAggg > 2:339613/1‑149 (MQ=255) gCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAgg < 3:88671/148‑1 (MQ=255) gCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAgg < 3:68223/148‑1 (MQ=255) gCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCGTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGCGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTCCTCAGGGTGc > 7:190225/1‑149 (MQ=255) ccAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCg < 8:228704/149‑1 (MQ=255) cAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCg < 2:331439/148‑1 (MQ=255) cACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTAcc > 3:123073/1‑114 (MQ=255) cACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTAcc < 4:123073/114‑1 (MQ=255) ccAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAg < 1:142777/149‑1 (MQ=255) aCCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCgg > 1:380483/1‑149 (MQ=255) aCCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGC‑TTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGt > 5:373068/1‑149 (MQ=255) cGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGc > 7:153868/1‑110 (MQ=255) cGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGc < 8:153868/110‑1 (MQ=255) ggTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGttt < 5:67229/149‑1 (MQ=255) aCGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGC‑TTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCa < 6:373068/148‑1 (MQ=255) aCGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTATAACCAACAGGTGCTCGTTAAGGACGCCGTTGCTCACGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACTGGAAGGt > 1:335641/1‑149 (MQ=255) cATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATCTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTAAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACt > 3:291320/1‑138 (MQ=255) aTTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACTGGAAGGTCGGGc < 2:380483/149‑1 (MQ=255) | GGTTGACCAGCAGCGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACTGGAAGGTCGGGC > NC_002947/2394888‑2395172 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |