Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,165,136 | T→G | 7.3% | V216G (GTT→GGT) | PP_2779 → | putative Beta‑ketoacyl synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,165,136 | 0 | T | G | 7.3% | 159.4 / 4.4 | 55 | V216G (GTT→GGT) | PP_2779 | putative Beta‑ketoacyl synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/25); new base G (2/2); total (28/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.52e-01 |
GGGGCTGGATGCTTTGATGGAGGCCGCTGCCCATCTGAGCGAAGGCCGTGCCGATGCTGCCGTCGTCGTCAGTAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCG > NC_002947/3164990‑3165280 | ggggCTGGATGCTTTGATGGAGGCCGCTGCCCATCTGAGCGAAGGCCGTGCCGATGCTGCCGTCGTCGTCAGTAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGttt > 5:351544/1‑149 (MQ=255) gCTGGATGCTTTGATGGAGGCCGCTGCCCATCTGAGCGAAGGCCGTGCCGATGCTGCCGTCGTCGTCAGTAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCg < 6:418057/149‑1 (MQ=255) cTGGATGCTTTGATGGAGGCCGCTGCCCATCTGAGCGAAGGCCGTGCCGATGCTGCCGTCGTCGTCAGTAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCgg < 5:360313/149‑1 (MQ=255) cTGGATGCTTTGATGGAGGCCGCTGCCCATCTGAGCGAAGGCCGTGCCGATGCTGCCGTCGTCGTCAGTAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCgg < 1:376367/149‑1 (MQ=255) gATGCTTTGATGGAGGCCGCTGCCCATCTGAGCGAAGGCCGTGCCGATGCTGCCGTCGTCGTCAGTAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGa < 6:351544/149‑1 (MQ=255) tttGATGGAGGCCGCTGCCCATCTGAGCGAAGGCCGTGCCGATGCTGCCGTCGTCGTCAGTAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGtg > 7:182271/1‑149 (MQ=255) aTGGAGGCCGCTGCCCATCTGAGCGAAGGCCGTGCCGATGCTGCCGTCGTCGTCAGTAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGtgctg < 2:395798/148‑1 (MQ=255) tGGAGGCCGCTGCCCATCTGAGCGAAGGCCGTGCCGATGCTGCCGTCGTCGTCAGTAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCg < 7:70619/149‑1 (MQ=255) gCCGCTGCCCATCTGAGCGAAGGCCGTGCCGATGCTGCCGTCGTCGTCAGTAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACt < 4:174228/149‑1 (MQ=255) cGCTGCCCATCTGAGCGAAGGCCGTGCCGATGCTGCCGTCGTCGTCAGTAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGt > 3:356041/1‑149 (MQ=255) cTGCCCATCTGAGCGAAGGCCGTGCCGATGCTGCCGTCGTCGTCAGTAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTg < 4:399472/149‑1 (MQ=255) cccATCTGAGCGAAGGCCGTGCCGATGCTGCCGTCGTCGTCAGTAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCt > 5:245766/1‑148 (MQ=255) cccATCTGAGCGAAGGCCGTGCCGATGCTGCCGTCGTCGTCAGTAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTg < 4:356041/149‑1 (MQ=255) ccATCTGAGCGAAGGCCGTGCCGATGCTGCCGTCGTCGTCAGTAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTga > 4:253814/1‑149 (MQ=255) aTCTGAGCGAAGGCCGTGCCGATGCTGCCGTCGTCGTCAGTAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTg < 4:240063/143‑1 (MQ=255) aTCTGAGCGAAGGCCGTGCCGATGCTGCCGTCGTCGTCAGTAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTg > 3:240063/1‑143 (MQ=255) aGCGAAGGCCGTGCCGATGCTGCCGTCGTCGTCAGTAGCACTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTgacgac < 3:253814/146‑1 (MQ=255) gCGAAGGCCGTGCCGATGCTGCCGTCGTCGTCAGTAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAAc < 6:245766/149‑1 (MQ=255) aaGGCCGTGCCGATGCTGCCGTCGTCGTCAGTAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCg < 8:358130/149‑1 (MQ=255) aGGCCGTGCCGATGCTGCCGTAGTCGTCAGTAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTAGGCGAAGGTGCTGCGGCCCTGTTGCTGACGACCACCCCgg > 3:49125/1‑149 (MQ=255) cGTGCCGATGCTGCCGTCGTCGTCAGTAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAg > 4:234870/1‑149 (MQ=255) tgcCGTCGTCGTCAGTAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTAGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGa > 2:374958/1‑148 (MQ=255) gcCGTCGTCGTCAGTAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATc > 2:324309/1‑149 (MQ=255) gTAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGTACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGATCGATCTGCGTTGCGTAtt > 7:12825/1‑149 (MQ=255) tAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTg < 3:234870/149‑1 (MQ=255) cAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCg > 5:32209/1‑149 (MQ=255) gAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTg < 8:182271/149‑1 (MQ=255) cccGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGCTTAACGGCGAAGGTGCTGCGGCTCTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGt > 5:291607/1‑148 (MQ=255) ccGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTa > 3:121556/1‑149 (MQ=255) ccGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTa < 1:324309/149‑1 (MQ=255) ggCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACa < 1:239769/149‑1 (MQ=255) gTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAgcgcg < 1:163795/148‑1 (MQ=255) aCCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCaa > 2:175580/1‑149 (MQ=255) ccTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCTCGTCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAAc < 6:291607/149‑1 (MQ=255) ccTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAAc > 6:50177/1‑149 (MQ=255) tGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAAccc > 4:352696/1‑149 (MQ=255) gACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGGTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAAccc > 8:29704/1‑144 (MQ=255) gACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGGTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAAccc > 8:23717/1‑144 (MQ=255) gACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGGTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAAccc < 7:29704/144‑1 (MQ=255) gACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGGTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAAccc < 7:23717/144‑1 (MQ=255) aCGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGt > 2:165849/1‑149 (MQ=255) aCGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGt < 1:165849/149‑1 (MQ=255) cTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACt < 6:32209/148‑1 (MQ=255) tCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTgg > 1:381350/1‑149 (MQ=255) acccaccTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTgg < 3:352696/147‑1 (MQ=255) acccaccTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCg < 1:374958/149‑1 (MQ=255) ccaccTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGt > 1:18273/1‑149 (MQ=255) accTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTg > 7:135718/1‑149 (MQ=255) accTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTg > 6:386211/1‑149 (MQ=255) accTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTATTCGGCGCAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTg < 4:49125/149‑1 (MQ=255) aCCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGAc > 7:255939/1‑149 (MQ=255) cccGGCCTGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGt > 1:199895/1‑149 (MQ=255) cGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCa > 6:33481/1‑149 (MQ=255) gTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAgc < 8:135718/149‑1 (MQ=255) gTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAgc > 8:261550/1‑149 (MQ=255) tGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAgcg > 1:174119/1‑149 (MQ=255) | GGGGCTGGATGCTTTGATGGAGGCCGCTGCCCATCTGAGCGAAGGCCGTGCCGATGCTGCCGTCGTCGTCAGTAGCAGTCCGAACATCACCCCGGCGTTGTACCTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCG > NC_002947/3164990‑3165280 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |