Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,416,097 | A→C | 7.3% | S382A (TCG→GCG) | PP_3029 ← | DNA cytosine methyltransferase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,416,097 | 0 | A | C | 7.3% | 135.6 / 2.2 | 52 | S382A (TCG→GCG) | PP_3029 | DNA cytosine methyltransferase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/25); new base C (2/2); total (25/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 |
CTGCTCGCCCGTCGCCCTTGTAGAAACCGCCGTTGGCCTGCTCGAAGTGGCATGCAGCGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATAGCCCGAACGGTCCCCATGATGGGTGAGGTGGGTGAGGTGGGCTGCGGCCAGGGCGAAATGGCCGCCCTTGATCTGG > NC_002947/3415950‑3416242 | ctgctCGCCCGTCGCCCTTGTAGAAACCGCCGTTGGCCTGCTCGAAGTGGCATGCAGCGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGAc > 5:414215/1‑149 (MQ=255) gCCCGTCGCCCTTGTAGAAACCGCCGTTGGCCTGCTCGAAGTGGCATGCAGCGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGt < 2:71930/148‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTTGTAGAAACCGCCGTTGGCCTGCTCGAAGTGGCATGCAGCGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGAt < 6:414215/149‑1 (MQ=255) tCGCCCTTGTAGAAACCGCCGTTGGCCTGCTCGAAGTGGCATGCAGCGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAg < 2:225432/149‑1 (MQ=255) tCGCCCTTGTAGAAACCGCCGTTGGCCTGCTCGAAGTGGCATGCAGCGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCACCGCGTCGATGATCac < 8:219558/149‑2 (MQ=255) ttGTAGAAACCGCCGTTGGCCTGCTCGAAGTGGCATGCAGCGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGtgcttg > 5:44035/1‑149 (MQ=255) tAGAAACCGCCGTTGGCCTGCTCGAAGTGGCATGCAGCGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGACGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTc > 6:320734/1‑149 (MQ=255) aGAATCCGCCGTTGGCCTGCTCGAATTGGCATGCAGCGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGGTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTc < 2:38779/148‑1 (MQ=255) aGAAACCGCCGTTGGCCTGCTCGAAGTGGCATGCAGCGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCACCGCGTCGATGATCacc < 8:153788/140‑3 (MQ=255) aGAAACCGCCGTTGGCCTGCTCGAAGTGGCATGCAGCGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCACCGCGTCGATGATCacc > 7:153788/1‑138 (MQ=255) gAAACCGCCGTTGGCCTGCTCGAAGTGGCATGCAGCGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTCCTTGCTCGc > 5:301519/1‑149 (MQ=255) aaCCGCCGTTGGCCTGCTCGAAGTGGCATGCAGCGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCt > 5:263912/1‑149 (MQ=255) cgTTGGCCTGCTCGAAGTGGCATGCAGCGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTc < 7:244384/149‑1 (MQ=255) cgTTGGCCTGCTCGAAGTGGCATGCAGCGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTc < 5:338276/149‑1 (MQ=255) ccTGCTCGAAGTGGCATGCAGCGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGc > 7:214655/1‑145 (MQ=255) ccTGCTCGAAGTGGCATGCAGCGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGc < 8:214655/145‑1 (MQ=255) ccTGCTCGAAGTGGCATGCAGCGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCg > 8:251813/1‑149 (MQ=255) cTCGAAGTGGCATGCAGCGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTTGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGTAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTTATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTg < 4:339623/148‑1 (MQ=255) aTGCAGCGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTg > 5:96650/1‑149 (MQ=255) tGCAGCGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTgg > 6:23019/1‑149 (MQ=255) tGCAGCGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTgg > 4:311103/1‑149 (MQ=255) gCAGCGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTAGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCAGGGTggg > 7:350345/1‑149 (MQ=255) cAGCGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGc > 5:4487/1‑149 (MQ=255) cGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTTATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCg < 8:99780/149‑1 (MQ=255) gtggCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGa < 5:320734/148‑1 (MQ=255) tggCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATa < 6:4487/149‑1 (MQ=255) cGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATAGccc > 7:71406/1‑149 (MQ=255) cGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATAGccc > 4:106904/1‑149 (MQ=255) gactgtggtCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCGATGCCGCTGCCTGTGGATCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGAGGCGTTGATCATTGCGTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATAGCCCGaa < 6:207588/144‑1 (MQ=255) ccGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATAGCCCGAACg < 6:44035/149‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATAGCCCGAACGGTCCCCa < 6:263912/149‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATAGCCCGAACGGTCCCCa < 6:406514/149‑1 (MQ=255) cAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATAGCCCGAACGGTCCCCat > 6:253249/1‑149 (MQ=255) gggCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATAGCCCGAACGGTCCCCatga < 6:96650/149‑1 (MQ=255) gggCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATAGCCCGAACGGTCCCCatga > 3:294051/1‑149 (MQ=255) gCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATAGCCCGAACGGTCCGCatgatg > 8:148929/1‑149 (MQ=255) gCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATAGCCCGAACGGTCCCCatgatg < 7:251813/149‑1 (MQ=255) cGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATAGCCCGAACGGTCCCCATGAtgggtgag < 5:253249/148‑1 (MQ=255) ggtggtCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCTGGGTGATCATCGCCGCGGTGATCAGTGCTTGCTAGCCTCGGTTCGCCGCGGTGATCGTCCGGGTGGTCTCGGAAACGGGATAGCCCGCACGGTCCCCatcagg > 4:44457/1‑135 (MQ=255) gggggtCCCTGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATAGCCCGAACGGTCCCCatgatg < 3:44457/136‑1 (MQ=255) gtCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATAGCCCGAACGGTCCCCATGAtgggtgaggtgggt > 2:221811/1‑147 (MQ=255) ccATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAACCGGGATAGCCCGAACGGTCCCCATGAggggtgaggtgggggagg > 4:209285/1‑149 (MQ=255) ccATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATAGCCCGAACGGTCCCCATGAtgggtgaggtgggtgagg > 3:173658/1‑149 (MQ=255) cGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATAGCCCGAACGGTCCCCATGATGGGTGAGGTGGGTGAGGTGGGCt > 3:82680/1‑149 (MQ=255) gtggAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATAGCCCGAACGGTCCCCATGATGGGTGAGGTGGGTGAGGTGGGCTGCGGCCAg < 3:311103/149‑1 (MQ=255) tggAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATAGCCCGAACGGTCCCCATGATGGGTGAGGTGGGTGAGGTGGGCTGCGGCCAgg < 5:23019/149‑1 (MQ=255) tggAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATAGCCCGAACGGTCCCCATGATGGGTGAGGTGGGTGAGGTGGGCTGCGGCCAg < 6:322414/148‑1 (MQ=255) tggAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATAGCCCGAACGGTCCCCATGATGGGTGAGGTGGGTGAGGTGGGCTGCGGCCAg > 5:322414/1‑148 (MQ=255) gAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATAGCCCGAACGGTCCCCATGATGGGTGAGGTGGGTGAGGTGAGCTGCGGCCAggg > 7:371278/1‑148 (MQ=255) aGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATAGCCCGAACGGTCCCCATGATGGGTGAGGTGGGTGAGGTGGGCTGCGGCCAGGGCGAAATGgccgcc < 1:221811/149‑1 (MQ=255) ggtgtgcatcGAGGCGGTGATCAGTGCTTGCGCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGTTCGTCCGGGTGGGCTCGGAACCGGGATAGCCCGAACGGTCCCCATGATGGGTGAGGTGGGTGAGGTGGGCTGCGGCCAGGGCGAAATGGCCGCCCt < 6:301519/143‑1 (MQ=255) tcGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATAGCCCGAACGGTCCCCATGATGGGTGAGGTGGGTGAGGTGGGCTGCGGCCAGGGCGAAATGGCCGCCCTTGATCTgg < 4:82680/149‑1 (MQ=255) | CTGCTCGCCCGTCGCCCTTGTAGAAACCGCCGTTGGCCTGCTCGAAGTGGCATGCAGCGACTGCGTGGTGGCCGCTGCCGGTGGTCAGGGCGTTTACGGGGTGGTCCATGCCGCTGCTGGTGGAGCCTTTGCGCAGGGTGATCATCGACGCGGTGATCAGTGCTTGCTCGCCTCGGTTCGCCCCGGTGATCGTCCGGGTGGGCTCGGAAACGGGATAGCCCGAACGGTCCCCATGATGGGTGAGGTGGGTGAGGTGGGCTGCGGCCAGGGCGAAATGGCCGCCCTTGATCTGG > NC_002947/3415950‑3416242 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |