Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,455,168 | G→A | 7.8% | N241N (AAC→AAT) | aacs ← | acetoacetyl‑CoA synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,455,168 | 0 | G | A | 7.8% | 145.5 / 2.2 | 51 | N241N (AAC→AAT) | aacs | acetoacetyl‑CoA synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/25); new base A (2/2); total (24/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.39e-01 |
AACAGCACGCCTCCGGCGCGATGGACAATGCACTTGGGCACGCCGGTGGTGCCACTGGAATAGAGGATGTACAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTCCAGGCCAGGCAACTGCGCACACACCTGGTTGACCTTGGTCACCTGGTCGATGGCCTTGCCTGCATACTGGTAACCGGC > NC_002947/3455022‑3455311 | aagaGCACGCCTCCGGCGCGATGGACATTCCAGTTGCGCACGCCGGTGGTGCCACTGGAATACAGGATCCACAGCGGGTGGGCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCGTGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGtt < 6:297885/146‑1 (MQ=255) aaCAGCACGCCTCCGGCGCGATGGACAATGCACTTGGGCACGCCGGTGGTGCCACTGGAATAGAGGATGTACAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGtt > 1:321192/1‑149 (MQ=255) gCCTCCGGCGCGATGGACAATGCACTTGGGCACGCCGGTGGTACCACTGGAATAGAGGATGTACAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCt > 8:51802/1‑149 (MQ=255) cGGCGCGATGGACAATGCACTTGGGCACGCCGGTGGTGCCACTGGAATAGAGGATGTACAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGaa < 3:203361/148‑1 (MQ=255) gcgATGGACAATGCACTTGGGCACGCCGGTGGTGCCACTGGAATAGAGGATGTACAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCa > 8:188048/1‑148 (MQ=255) ggACAATGCACTTGGGCACGCCGGTGGTGCCACTGGAATAGAGGATGTACAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCa > 1:149169/1‑149 (MQ=255) gACAATGCACTTGGGCACGCCGGTGGTGCCACTGGAATAGAGGATGTACAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCa < 4:218829/148‑1 (MQ=255) gACAATGCACTTGGGCACGCCGGTGGTGCCACTGGAATAGAGGATGTACAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCAc < 2:168610/149‑1 (MQ=255) aCAATGCACTTGGGCACGCCGGTGGTGCCACTGGAATAGAGGATGTACAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGATCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCAcg > 6:241855/1‑149 (MQ=255) aCAATGCACTTGGGCACGCCGGGGGTGCCACTGGAATAGAGGATGTACAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCAcg < 5:328772/149‑1 (MQ=255) cAATGCACTTGGGCACGCCGGTGGTGCCACTGGAATAGAGGATGTACAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCAcgc < 2:149169/149‑1 (MQ=255) aaTGCACTTGGGCACGCCGGTGGTGCCACTGGAATAGAGGATGTACAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCAcgcg > 3:263543/1‑149 (MQ=255) aaTGCACTTGGGCACGCCGGTGGTGCCACTGGAATAGAGGATGTACAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCAcgcg > 3:386501/1‑149 (MQ=255) cACTTGGGCACGCCGGTGGTACCACTGGAATAGAGGATGTACAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGc < 7:51802/148‑1 (MQ=255) cGCCGGTGGTGCCACTGGAATAGAGGATGTACAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTa > 6:316605/1‑149 (MQ=255) cGGTGGTGCCACTGGAATAGAGGATGTACAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATgg < 3:5484/149‑1 (MQ=255) gCCACTGGAATAGAGGATGTACAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCg > 6:113286/1‑135 (MQ=255) gCCACTGGAATAGAGGATGTACAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCg < 5:113286/135‑1 (MQ=255) aaTAGAGGATGTACAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATgg < 2:54484/134‑1 (MQ=255) aaTAGAGGATGTACAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATgg > 1:54484/1‑134 (MQ=255) agGATGTACAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTc < 4:386501/149‑1 (MQ=255) ggATGTACAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTcc < 3:317076/149‑1 (MQ=255) gATGTACAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTcca < 4:263543/149‑1 (MQ=255) aTGTACAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTccag > 8:163564/1‑149 (MQ=255) cAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTccaggccag < 5:241855/149‑1 (MQ=255) aGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACATTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATc < 8:138194/132‑1 (MQ=255) aGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACATTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATc > 7:144090/1‑132 (MQ=255) aGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACATTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATc > 7:138194/1‑132 (MQ=255) aGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACATTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATc < 8:144090/132‑1 (MQ=255) gtCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTCCAGGCCAGGCAACTgcg > 3:164837/1‑149 (MQ=255) tCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTCCAGGCCAGGCAACTgcgc < 5:316605/149‑1 (MQ=255) tCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGACACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTCCAGGCCAGGCAACTgcg > 1:106692/1‑148 (MQ=255) tGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTCCAGGCAAGGCAACTGCGCACACACCTGGTTGAcc > 8:184090/1‑149 (MQ=255) aaaCGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTCCAGGCCAGGCAACTGCGCACACACCTGGTTGatagc > 2:291784/1‑145 (MQ=255) aaCGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATg < 4:61489/91‑1 (MQ=255) aaCGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATg > 3:61489/1‑91 (MQ=255) aCGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTCCAGGCCAGGCAACTGCGCACACACCTGGTTGACCTTgg < 4:185791/149‑1 (MQ=255) ggCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTCCAGGCCAGGCAACTGCGCACACACCTGGTTGACCTTGGTCAc > 3:65731/1‑149 (MQ=255) gCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTCCAGGCCAGGCAACTGCGCACACACCTGGTTGACCTTGGTCAcc < 7:163564/149‑1 (MQ=255) gccgccGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTCCAGGCCAGGCAACTGCGCACACACCTGGTTGACCTTGGTCACCTGGt < 2:321192/149‑1 (MQ=255) ccgccgGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTCCAGGCCAGGCAACTGCGCACACACCTGGTTGACCTTg > 8:241299/1‑138 (MQ=255) ccgccgGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTCCAGGCCAGGCAACTGCGCACACACCTGGTTGACCTTg < 7:241299/138‑1 (MQ=255) ccgGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTCCAGGCCAGGCAACTGCGCACACACCTGGTTGACCTTGGTCACCTGGTCGAt > 2:373854/1‑149 (MQ=255) cgGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGACACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTCCAGGCCAGGCAACTGCGCACACACCTGGTTGACCTTGGTCACCTGGTCGATg < 2:106692/149‑1 (MQ=255) gaagaaGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTCCAGGTCAGGCAACTGCGCACACACCTGGTTGACCTTGGTCACCTGGTCGATGGCCTTGc > 7:47022/1‑149 (MQ=255) agaagGCCTTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTCCAGGCCAGGCAACTGCGCACACACCTGGTTGACCTTGGTCACCTGGTCGATGGCCTTGCCt < 6:264648/149‑1 (MQ=255) agTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTCCAGGCCAGGCAACTGCGCACACACCTGGTTGACCTTGGTCACCTGGTCGATGGCCTTGCCTGc > 5:100141/1‑148 (MQ=255) tCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTCCAGGCCAGGCAACTGCGCACACACCTGGTTGACCTTGGTCACCTGGTCGATGGCCTTGCCTGCAt > 7:272604/1‑148 (MQ=255) cacaGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTCCAGGCCAGGCAACTGCGCACACACCTGGTTGACCTTGGTCACCTGGTCGATGGCCTTGCCTGCATACTGGt < 4:65731/148‑1 (MQ=255) cTGACGTTGGCTGCCTGGAATTGATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCAGGACGATCAGGTGCTCCAGGCCAGGCAACTGCGCACACACCTGGTTGACCTTGGTCACCTGGTCGATGGCCTTGCCTGCATACTGGTAACCgg < 7:184090/148‑1 (MQ=255) cTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTCCAGGCCAGGCAACTGCGCACACACCTGGTTGACCTTGGTCACCTGGTCGATGGCCTTGCCTGCATACTGGTAACCGgc < 7:188048/149‑1 (MQ=255) | AACAGCACGCCTCCGGCGCGATGGACAATGCACTTGGGCACGCCGGTGGTGCCACTGGAATAGAGGATGTACAGCGGGTGGTCGAACGGCAGCGGGGTGAAACGGGGCTCGCCGCCGGGCTGGAAGAAGTCATTCCACAGGCTGACGTTGGCTGCCTGGAATTCATCGGCACGCGTGCCTTTGCGGGTATGGGGCACCACGATCAGGTGCTCCAGGCCAGGCAACTGCGCACACACCTGGTTGACCTTGGTCACCTGGTCGATGGCCTTGCCTGCATACTGGTAACCGGC > NC_002947/3455022‑3455311 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |