| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,564,987 | A→T | 8.9% | intergenic (‑62/+19) | potF‑II ← / ← PP_3148 | putrescine‑binding protein/glutamine synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,564,987 | 0 | A | T | 8.9% | 179.0 / 3.3 | 63 | intergenic (‑62/+19) | potF‑II/PP_3148 | putrescine‑binding protein/glutamine synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/28); new base T (2/4); total (31/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACACTGACCGTGGGCGCGGCCTGGGTGGTGGTGGCGAACAGCAGGGTGAATGCAGCGGGGATCAGGGCTTGCAGATGACGCATGGGAACACCTCGTTGGTCTTGTTCTTCGAGTTCGGAGCAGGCTTGCCTGTGCATGGGGTGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGCCCTGGACGAACTGCTTGCCCAGGTACTGCTGCACGGTTTCG > NC_002947/3564842‑3565135 | cacacTGTCCGTGGGCGCGGCCTGGGTGGTGGTGGCGAACTGCAGGGTGAATGCAGCGGGGCTCAGGGGTTGCAGTTGAGGCATGGGAAGTCCTCGTTGGTGCTGTTCTTCGAGTTCGGAGCAGGCTTGGCTGTGCATGGGGTGCAAAg < 7:128722/149‑1 (MQ=255)cacacTGACCGTGGGCGCGGCCTGGGTGGTGGTGGCGAACAGCAGGGTGAATGCAGCGGGGATCAGGGCTTGCAGATGACGCATGGGAACACCTCGTTGGTCTTGTTCTTCGAGTTCGGAGCAGGCTTGCCTGTGCATGGGGTGCAAAg < 2:327407/149‑1 (MQ=255) acTGACCGTGGGCGCGGCCTGGGTGGTGGTGGCGAACAGCAGGGTGAATGCAGCGGGGATCAGGGCTTGCAGATGACGCATGGGAACACCTCGTTGGTCTTGTTCTTCGAGTTCGGAGAAGGCTTGCCTGTGCATGGGGTGCAAAGCAc > 6:288497/1‑149 (MQ=255) aCCGTGGGCGCGGCCTGGGTGGTGGTGGCGAACAGCAGGGTGAATGCAGCGGGGATCAGGGCTTGCAGATGACGCATGGGAACACCTCGTTGGTCTTGTTCTTCGAGTTCGGAGCAGGCTTGCCTGTGCATGGGGTGCTTTGCAcccc < 3:336295/148‑1 (MQ=255) ccGTGGGCGCGGCCTGGGTGGTGGTGGCGAACAGCAGGGTGAATGCAGCGGGGATCAGGGCTTGCAGATGACGCATGGGAACACCTCGTTGGTCTTGTTCTTCGAGTTCGGAGCAGGCTTGCCTGTGCATGGGGTGCTTTGCAccccat < 7:44113/149‑3 (MQ=255) ccGTGGGCGCGGCCTGGGTGGTGGTGGCGAACAGCAGGGTGAATGCAGCGGGGATCAGGGCTTGCAGATGACGCATGGGAACACCTCGTTGGTCTTGTTCTTCGAGTTCGGAGCAGGCTTGCCTGTGCATGGGGTGCTTTGCAccccat < 7:333885/149‑3 (MQ=255) gcgcGGCCTGGGTGGTGGTGGCGAACAGCAGGGTGAATGCAGCGGGGATCAGGGCTTGCAGATGACGCATGGGAACACCTCGTTGGTCTTGTTCTTCGAGTTCGGAGCAGGCTTGCCTGTGCATGGGGTGCAAAGCACCCCCGCGGTg > 1:292221/1‑148 (MQ=255) gcagCCTGGGTGGTGGTGGCGAACAGCAGGGTGAATGCAGCGGGGATCAGGGCTTGCAGATGACGCATGGGAACACCTCGTTGGTCTTGTTCTTCGAGTTCGGAGCAGGCTTGCCTGTGCATGGGGTGCAAAGCACCCCCGCGGTGGAt < 4:86930/146‑1 (MQ=255) cgGCCTGGGTGGTGGTGGCGAACAGCAGGGTGAATGCAGCGGGGATCAGGGCTTGCAGATGACGCATGGGAACACCTCGTTGGTCTTGTTCTTCGAGTTCGGAGCAGGCTTGCCTGTGCATGGGGTGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATc < 6:166793/149‑1 (MQ=255) 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ttGCAGATGACGCATGGGAACACCTCGTTGGTCTTGTTCTTCGAGTTCGGAGCAGGCTTGCCTGTGCATGGGGTGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTg > 3:391641/1‑147 (MQ=255) aGATGACGCATGGGAACACCTCGTTGGTCTTGTTCTTCGAGTTCGGAGCAGGCTTGCCTGTGCATGGGGTGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTtc < 4:396375/149‑1 (MQ=255) tctaaCACCTCGTTGGTTTTGTTCTTCGTGTTCGGAGCTGGCTTGCGTGTGCATGGGGTGAAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCg < 2:201847/144‑1 (MQ=255) ggAACACCTCGTTGGTCTTGTTCTTCGAGTTCGGAGCAGGCTTGCCTGTGCATGGGGTGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGgcg < 1:141853/149‑1 (MQ=255) acacCTCGTTGGTCTTGTTCTTCGAGTTCGGAGCAGGCTTGCCTGTGCATGGGGTGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCg > 1:201847/1‑143 (MQ=255) 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ttcttcGAGTTCGGAGCATGCTTGCCTGTGCATGGGGTGCTAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGcc < 2:286089/149‑1 (MQ=255) cGAGTTCGGAGCAGGCTTGCCTGTGCATGGGGTGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGCCCt < 5:85112/146‑1 (MQ=255) gAGTTCGGAGCAGGCTTGCCTGTGCATGGGGTGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGCCCTGGAc > 4:267782/1‑149 (MQ=255) ttCGGAGCAGGCTTGCCTGTGCATGGGGTGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGCCCTGGACGaa > 8:127579/1‑149 (MQ=255) ttCGGAGCAGGCTTGCCTGTGCATGGGGTGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGCCCTGGACGa > 4:395505/1‑148 (MQ=255) cGGAGCAGGCTTGCCTGTGCATGGGGTGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGCCCTgg > 8:121489/1‑142 (MQ=255) cGGAGCAGGCTTGCCTGTGCATGGGGTGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGCCCTgg < 7:121489/142‑1 (MQ=255) gAGCAGGCTTGCCTGTGCATGGGGTGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGCCCTGGACGAACTGc < 5:95483/149‑1 (MQ=255) aGCAGGCTTGCCTGTGCATGGGGTGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGCCCTGGACGAACTGCt > 4:249721/1‑149 (MQ=255) gCTTGCCTGTGCATGGGGTGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGCCCTGGACGAACTGCTTGcc > 6:93925/1‑148 (MQ=255) gCCTGTGCATGGGGTGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGCCCTGGACGAACTGCTTGCCCAg < 1:266115/147‑1 (MQ=255) gtgCATGGGGTGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGCCCTGGACGAACTGCTTGCCCAGGTActg > 7:28001/1‑149 (MQ=255) gCATGGGGTGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGCCCTGGACGAACTGCTTGCCCAGGTActgct > 4:183356/1‑149 (MQ=255) gcgggggTGCTTTGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGCCCTGGACGAACTGCTTGCCCAGGTActgctg > 1:385896/4‑149 (MQ=255) cATGGGGTGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGCCCTGGACGAACTGCTTGCCCAg > 8:70896/1‑140 (MQ=255) cATGGGGTGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGCCCTGGACGAACTGCTTGCCCAg < 7:70896/140‑1 (MQ=255) tGGGGTGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGCCCTGGACGAACTGCTTGCCCAGGTACTGCTGCa > 6:93028/1‑149 (MQ=255) gggTGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGCCCTGGACGAACTGCTTGCCCAGGTACTGCTGCACg > 2:307056/1‑149 (MQ=255) ggTGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGCCCTGGACGAACTGCTTGCCCAGGTACTGCTGCACgg < 1:307056/149‑1 (MQ=255) tGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGCCCTGGACGAACTGGTTGCCCAGGTACTGCTGCACGGtt > 8:355195/1‑149 (MQ=255) tGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGCCCTGGACGAACTGCtt < 2:141368/127‑1 (MQ=255) tGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGCCCTGGACGAACTGCtt > 1:141368/1‑127 (MQ=255) tGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGCCCTGGACGAACTGCTTGCCCAGGTACTGCTGCACGGtt > 6:44420/1‑149 (MQ=255) cAAAGCACCCCCGCGCTGGATCAGACACTCAGCATCAGTAATTAACGCTCCCAAGAGCTGATGACGCGCTTGGAGATCACGAGCTCGGCGCGCTTGACAGCCACGTAGCCCTGGACGCACTGCTTGCCAAGGTACTGCTCCCCGGTTTc > 4:75119/1‑149 (MQ=255) aaaGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGCCCTGGACGAACTGCTTGCCCAGGTACTGCTGCACGGTTTCg > 6:103554/1‑149 (MQ=255) | CACACTGACCGTGGGCGCGGCCTGGGTGGTGGTGGCGAACAGCAGGGTGAATGCAGCGGGGATCAGGGCTTGCAGATGACGCATGGGAACACCTCGTTGGTCTTGTTCTTCGAGTTCGGAGCAGGCTTGCCTGTGCATGGGGTGCAAAGCACCCCCGCGGTGGATCAGACACTCAGCATCAGGAATTCACGCTCCCATGAGCTGATGACGCGCTTGTAGTTCTCGTGCTCGGCGCGCTTGACCGCCACGTAGCCCTGGACGAACTGCTTGCCCAGGTACTGCTGCACGGTTTCG > NC_002947/3564842‑3565135 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |