Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,723,022 | G→A | 8.0% | V93V (GTG→GTA) | PP_3288 → | universal stress protein family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,723,022 | 0 | G | A | 8.0% | 139.4 / 2.6 | 50 | V93V (GTG→GTA) | PP_3288 | universal stress protein family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/26); new base A (2/2); total (22/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.54e-01 |
CTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCATGCTGATCAAAGAGCTCGAGCATGAGCCTTGGTGGATGCGCGCAATGTTCACTTCGCTGGATATCCAGTTGCTGCGCGAAACGCGAATAC > NC_002947/3722879‑3723164 | cTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTgcagca < 5:301946/149‑1 (MQ=255) cACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCt > 6:166198/1‑149 (MQ=255) cACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCt > 5:24870/1‑149 (MQ=255) cACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGAGGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGACCt > 7:79579/1‑149 (MQ=255) ggcggGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATTCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGa < 6:321460/149‑1 (MQ=255) ggcggGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGATGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGa < 7:59127/149‑1 (MQ=255) cggGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAAt < 3:277589/149‑1 (MQ=255) ggCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATga < 7:197598/149‑1 (MQ=255) ccTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATgaga < 7:111875/149‑1 (MQ=255) ggTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATcc < 2:23180/149‑1 (MQ=255) aaTGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGccc > 4:2272/1‑132 (MQ=255) aaTGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGccc < 3:2272/132‑1 (MQ=255) aCCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATacac > 1:363205/1‑149 (MQ=255) aCCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATacac < 6:24870/149‑1 (MQ=255) cAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCtt < 4:213208/128‑1 (MQ=255) cAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCtt > 3:213208/1‑128 (MQ=255) gcgcTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCg > 5:169864/1‑149 (MQ=255) cTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGa < 2:363205/149‑1 (MQ=255) gCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGc > 1:256099/1‑148 (MQ=255) gCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGGGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGc < 6:219282/148‑1 (MQ=255) aGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGACTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAAc > 5:283241/1‑149 (MQ=255) aTGCGCGAGGGTTACGTACAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGtt > 6:336135/1‑149 (MQ=255) gcgcGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCtt < 1:50531/111‑1 (MQ=255) gcgcGAGGGTTACGTGCAGCAGCACAGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGAAGCAGCCCtt > 2:50531/1‑111 (MQ=255) ttctaGGTTTACTTGCCTCCGCACCGTGAATTGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTTGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTg < 6:283241/144‑1 (MQ=255) cgAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCa > 6:144122/1‑149 (MQ=255) ttACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCATGCTGa < 3:344553/149‑1 (MQ=255) cagcagcaCCGTTAATGGCTGGAAAGCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTTGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGATCAACCGTTTGCCATGCTGATCAAaga < 3:91753/149‑1 (MQ=255) cagcaCCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGAAGCGGCGCAATGGTGTCCCCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGAAGAAGCCCTTGAATGAGATCATGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCATGCTGATCAAAGAGCt > 5:391341/1‑149 (MQ=255) agcaCCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCATGCTGATCAAAGAGCTc < 5:144122/149‑1 (MQ=255) tGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCATGCTGATCAAAGAGCTCGAGCATGAGCCTtgg > 2:218563/1‑149 (MQ=255) tGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCATGCTGATCAAAGAGCTCGAGCATGAGCCTtgg > 1:198282/1‑149 (MQ=255) gAAACCCTGGCGTTGCCGATGCGGCGCTATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCTTTTGCCATGGTGATCAAAGAGCTCGAGCATGAGCCTtggt < 6:391341/148‑1 (MQ=255) gAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCATGCTGATCAAAGAGCTCGAGCATGAGCCTtggtg < 1:218563/149‑1 (MQ=255) aCCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCAGCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCATGCTGATCAAAGAGCTCGAGCATGAGCCTTGGTGGAt < 2:256099/149‑1 (MQ=255) aCCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCATGCTGATCAAAGAGCTCGAGCATGAGCCTTGGTGGAt < 5:336135/149‑1 (MQ=255) ttGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCATGCTGATCAAAGAGCTCGAGCATGAGCCTTGGTGGATGCGCGCAAt < 4:164744/149‑1 (MQ=255) cgcAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTACAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCATGCTGATCAAAGAGCTCGAGCATGAGCCTTGGTGGATgc < 8:131158/130‑1 (MQ=255) cgcAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTACAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCATGCTGATCAAAGAGCTCGAGCATGAGCCTTGGTGGATgc > 7:131158/1‑130 (MQ=255) gtgtCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCATGCTGATCAAAGAGCTCGAGCATGAGCCTTGGTGGATGCGCGCAATGTTCACTTCGCTGGATATc < 5:166198/149‑1 (MQ=255) aCCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCATGCTGATCAAAGAGCTCGAGCATGAGCCTTGGTGGATGCGCGCAATGTTCACTTCGCTGGATATCCAGtt < 5:33695/149‑1 (MQ=255) ccGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCATGCTGATCAAAGAGCTCGAGCATGAGCCTTGGTGGATGCGCGCAATGTTCACTTCGCTGGATATCCAGTtg < 6:169864/149‑1 (MQ=255) aaCCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCATGCTGATCAAAGAGCTCGAGCATGAGCCTTGGTGGATGCGCGCAATGTTCACTTCGCTGGATATCCAGTTGCTgcgc > 1:73015/1‑148 (MQ=255) ccGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCATGCTGATCAAAGAGCTCGAGCATGAGCCTTGGTGGATGCGCGCAATGTTCACTTCGCTGGATATCCAGTTGCTgcgc > 2:248668/1‑146 (MQ=255) ccGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCATGCTGATCAAAGAGCTCGAGCATGAGCCTTGGTGGATGCGCGCAATGTTCACTTCGCTGGATATCCAGTTGCTgcgc < 1:248668/146‑1 (MQ=255) cGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCATGCTGATCAAAGAGCTCGAGCATGAGCCTTGGTGGATGCGCGCAATGTTCACTTCGCTGGATATCCAGTTGCTGCGCGaaa > 2:200780/1‑149 (MQ=255) aGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCATGCTGATCAAAGAGCTCGAGCATGAGCCTTGGTGGATGCGCGCAATGTTCACTTCTCTGGATATCCAGTTGCTGCGCGAAAcg > 3:232860/1‑149 (MQ=255) aGGTGGTGTGGGTACAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCATGCTGATCAAAGAGCTCGAGCATGAGCCTTGGTGGATGCGCGCAATGTTCACTTCGCTGGATATCCAGTtg < 7:308709/137‑1 (MQ=255) aGGTGGTGTGGGTACAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCATGCTGATCAAAGAGCTCGAGCATGAGCCTTGGTGGATGCGCGCAATGTTCACTTCGCTGGATATCCAGTtg > 8:308709/1‑137 (MQ=255) gtgtGGGTGCAGCAGCACTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCATGCTGATCAAAGAGCTCGAGCATGAGCCTTGGTGGATGCGCGCAATGTTCACTTCGCTGGATATCCAGTTGCTGCGCGAAACGCGaa < 5:26078/148‑1 (MQ=255) gtgGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCATGCTGATCAAAGAGCTCGAGCATGAGCCTTGGTGGATGCGCGCAATGTTCACTTCGCTGGATATCCAGTTGCTGCGCGAAACGCGAATAc > 5:68917/1‑149 (MQ=255) | CTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAATGGCTGGAAACCCAGGCGTTGCCGATGCGGCGCAATGGTGTCACCGTCACAACCGAGGTGGTGTGGGTGCAGCAGCCCTTGAATGAGATCCTGATACACTTGCGTGAGCAACCGTTTGCCATGCTGATCAAAGAGCTCGAGCATGAGCCTTGGTGGATGCGCGCAATGTTCACTTCGCTGGATATCCAGTTGCTGCGCGAAACGCGAATAC > NC_002947/3722879‑3723164 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |