Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,812,883 | T→G | 6.5% | intergenic (+22/‑41) | PP_3368 → / → PP_3369 | MFS transporter/LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,812,883 | 0 | T | G | 6.5% | 177.4 / 2.1 | 58 | intergenic (+22/‑41) | PP_3368/PP_3369 | MFS transporter/LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/33); new base G (2/2); total (23/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
GTGGCTGGGAGGCATGGCGATCACTGCCGGCATGGGCTGGACCAGCACCGGATACATCGGCGCCGCGACTGCGCTGGTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCTTCAGCTCGGCCGGCTCGCTGTCGGCTGCTGCCAAGACCCTGGGTGTCGACCACGCCACCG > NC_002947/3812735‑3813020 | gTGGCTGGGAGGCATGGCGATCACTGCCGGCATGGGCTGGACCAGCACCGGATACATCGGCGCCGCGACTGCGCTGGTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGt > 4:121909/1‑149 (MQ=255) tGGGAGGCATGGCGATCACTGCCGGCATGGGCTGGACCAGCACCGGATACATCGGCGCCGCGACTGCGCTGGTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTtaccc > 5:87222/1‑149 (MQ=255) gggAGGCATGGCGATCACTGCCGGCATGGGCTGGACCAGCACCGGATACATCGGCGCCGCGACTGCGCTGGTTGTCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTtaccc > 5:147287/1‑148 (MQ=255) gCATGGCGATCACTGCCGGCATGGGCTGGACCAGCACCGGATACATCGGCGCCGCGACTGCGCTGGTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTAcccc > 4:328208/1‑149 (MQ=255) cATGGCGATCACTGCCGGCATGGGCTGGACCAGCACCGGATACATCGGCGCCGCGACTGCGCTGGTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCt < 6:238248/149‑1 (MQ=255) aTGTCGATCACTGCCGGCATGGGCTGGACCAGCACCTGATACATCGGCGCCTCGACTGCGCTTGTTGGCCTGTGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCt < 3:252282/148‑1 (MQ=255) aTGGCGATCACTGCCGGCATGGGCTGGACCAGCACCGGATACATCGGCGCCGCGACTGCGCTGGTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCtt < 6:275029/149‑1 (MQ=255) tGGCGATCACTGCCGGCATGGGCTGGACCAGCACCGGATACATCGGCGCCGCGACTGCGCTGGTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCtt < 4:205727/148‑1 (MQ=255) gCGATCACTGCCGGCATGGGCTGGACCAGCACCGGATACATCGGCGCCGCGACTGCGCTGGTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTa < 4:326151/148‑1 (MQ=255) gCGATCACTGCCGGCATGGGCTGGACCAGCACCGGATACATCGGCGCCGCGACTGCGCTGGTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTAt < 3:336500/149‑1 (MQ=255) gATCACTGCCGGCATGGGCTGGACCAGCACCGGATACATCGGCGCCGCGACTGCGCTGGTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATg > 2:246207/1‑148 (MQ=255) cACTGCCGGCATGGGCTGGACCAGCACCGGATACATCGGCGCCGCGACTGCGCTGGTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCAcc > 1:234690/1‑149 (MQ=255) gCCGGCATGGGCTGGACCAGCACCGGATACATCGGCGCCGCGACTGCGCTGGTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGcc > 7:353829/1‑149 (MQ=255) gCTGGACCAGCACCGGATACATCGGCGCCGCGACTGCGCTGGTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGt < 4:267795/149‑1 (MQ=255) gACCAGCACCGGATACATCGGCGCCGCGACTGCGCTGGGTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGtcat < 3:33978/148‑1 (MQ=255) cAGCACCGGATACATCGGCGCCGCGACTGCGCTGGTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGtcattcat > 6:10001/1‑149 (MQ=255) cAGCACCGGAGACATCGGCGCCGCGACTGCGGTGGTTGTCCTGTGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGTAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGtcattcat < 6:147287/149‑1 (MQ=255) gATACATCGGCGCCGCGACTGCGCTGGTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGAtt < 3:121909/149‑1 (MQ=255) aTCGGCGCCGCGACTGCGCTGGTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑ATGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGaa < 5:10001/149‑1 (MQ=255) aTCGGCGCCGCGACTGCGCTGGTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTggg > 3:272542/1‑147 (MQ=255) aTCGGCGCCGCGACTGCGCTGGTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTggg > 3:274032/1‑147 (MQ=255) aTCGGCGCCGCGACTGCGATGGTTTGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCTTTCATGTTCGATTGGGaa < 2:399001/149‑1 (MQ=255) cGGCGCCGCGACTGCGCTGGTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCACCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGa > 7:238061/1‑149 (MQ=255) ggCGCCGCGACTGCGCTGGTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGa < 2:103963/148‑1 (MQ=255) cgACTGCGCTGGTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGcc < 1:93201/149‑1 (MQ=255) tGCGCTGGTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCAtt > 7:246172/1‑148 (MQ=255) gcTGGTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTtctc > 3:313995/1‑149 (MQ=255) cTGGTTGGCCTTGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATTGTCATAAATGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCTCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTcc < 5:184723/149‑1 (MQ=255) cTGGTTGGCCTGGGCATTTACCTGCGGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAACGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTcc < 8:138208/149‑1 (MQ=255) gTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGcc > 5:235167/1‑149 (MQ=255) gTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCACCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGcc < 8:238061/149‑1 (MQ=255) ttGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCt > 2:181254/1‑149 (MQ=255) ttGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATCGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCt < 3:328208/149‑1 (MQ=255) ggCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAAGAGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGACATAAAGGGTTACCCTCCCCCTTTATGCCCCCGCCACTGCCGAGTAATTCATGTTGGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCtt > 1:266326/1‑149 (MQ=255) gCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCTTc < 2:234690/148‑1 (MQ=255) cTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCTTCAGc < 3:181495/149‑1 (MQ=255) tGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTggg < 7:124972/119‑1 (MQ=255) tGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTggg > 8:124972/1‑119 (MQ=255) cATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGTCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCTTCAGCTcggc < 6:225842/149‑1 (MQ=255) cATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCTTCAGCTcggc < 4:274032/149‑1 (MQ=255) cATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGAATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCTTCAGCTcggc < 2:266326/149‑1 (MQ=255) aTTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCTTCAGCTcggcc < 1:173536/149‑1 (MQ=255) gtggCGCGGCGGATGAA‑AGGCTGGCATTGAAGCCGTCATGTTCATAAAGCGGTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCTTCAGCTCGGCCGGCTCGc < 7:340113/147‑1 (MQ=255) tggCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCTTCAGCTCGGCCGGCTCGCTGt > 8:134230/1‑149 (MQ=255) tGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCTTCAGCTCGGCCGGCTCGCTGTCGGCTGCTGcc > 2:15560/1‑148 (MQ=255) gAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGaa > 5:347478/1‑93 (MQ=255) gAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGaa < 6:347478/93‑1 (MQ=255) aGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCCTTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCTTCAGCTCGGCCGGCTCGCTGTCGGCTGCTGCCAAGAc < 1:181254/149‑1 (MQ=255) ggCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCTTCAGCTCGGCCGGCTCGCTGTCGGCTGCTGCCAAGAcc < 6:235167/149‑1 (MQ=255) cGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCTTCAGCTCGGCCGGCTCGCTGTCGGCTGCTGCCAAGACCCt < 4:272542/149‑1 (MQ=255) ggCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCTTCAGCTCGGCCGGCTCGCTGTCGGCTGCTGCCAAGACCCTgg < 8:353829/149‑1 (MQ=255) gCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCTTCAGCTCGGCCGGCTCGCTGTCGGCTGCTGCCAAGACCCTggg < 1:246207/149‑1 (MQ=255) gAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCTTCAGCTCGGCCGGCTCGCTGTCGGCTGCTGCCAAGACCCTGGGTGTc < 7:134230/148‑1 (MQ=255) gtgcATAAAGGGGTAGGGTAACCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCTTCAGCTCGGCCGGCTCGCTGTCGGCTGCTGCCAAGACCCTGGGTGTCGACCACGCCAcc > 4:57557/4‑149 (MQ=255) gacATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCTTCAGCTCGGCCGGCTCGCTGTCGGCTGCTGCCAAGACCCTGGGTGTCGACCACGCCAcc < 6:87222/146‑1 (MQ=255) gTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCTTCAGCTCGGCCGGCTCGCTGTCGGCTGCTGCCATGACCCTGGGTGTCGACCACGCCACCg > 4:352301/1‑149 (MQ=255) gTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCTTCAGCTCGGCCGGCTCGCTGTCGGCTGCTGCCATGACCCTGGGTGTCGACCACGCCACCg > 4:346531/1‑149 (MQ=255) aTAAAGGGGTAGGGTAACCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCTTCAGCTCGGCCGGCTCGCTGTCGGCTGCTGCCAAGACCCTg < 2:328233/127‑1 (MQ=255) aTAAAGGGGTAGGGTAACCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCTTCAGCTCGGCCGGCTCGCTGTCGGCTGCTGCCAAGACCCTg > 1:328233/1‑127 (MQ=255) | GTGGCTGGGAGGCATGGCGATCACTGCCGGCATGGGCTGGACCAGCACCGGATACATCGGCGCCGCGACTGCGCTGGTTGGCCTGGGCATTTACCTGGTGGCGCGGCGGATGAA‑AGGCGGGCATTGAAGCCGGCATGGTCATAAAGGGTTACCCTACCCCTTTATGCACCCGCCACTGCCGAGTCATTCATGTTCGATTGGGAAGACCTGCGCCATTTCTCCGCCTTCAGCTCGGCCGGCTCGCTGTCGGCTGCTGCCAAGACCCTGGGTGTCGACCACGCCACCG > NC_002947/3812735‑3813020 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |