Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,892,921 | T→G | 7.4% | H95Q (CAT→CAG) | rarD → | chloramphenicol‑sensitive protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,892,921 | 0 | T | G | 7.4% | 158.1 / 3.4 | 54 | H95Q (CAT→CAG) | rarD | chloramphenicol‑sensitive protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/25); new base G (2/2); total (27/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.26e-01 |
CCTTGTTCATGCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTGGGCCACGAG > NC_002947/3892773‑3893062 | ccTTGTTCATGCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCAt < 5:226265/149‑1 (MQ=255) ccTTGTTCATGCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCAt < 6:668/149‑1 (MQ=255) cTTGTTCATGCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATg > 6:290147/1‑149 (MQ=255) cTTGTTCATGCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATg > 7:231478/1‑149 (MQ=255) gTTCATGCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATgg < 3:60913/147‑1 (MQ=255) cATGCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGgcg > 6:158731/1‑147 (MQ=255) gCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGcc > 5:34363/1‑149 (MQ=255) ttGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTAGGCATCGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCacgctg > 2:382023/1‑144 (MQ=255) gTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTg < 2:396389/147‑1 (MQ=255) tctcGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCTAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGaa < 8:180666/149‑1 (MQ=255) tctcGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGaa < 5:406486/149‑1 (MQ=255) ctcGAATGTCTGGATGCGGGGGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCTCGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGaa < 7:220904/148‑1 (MQ=255) cGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAACCGCGCGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCGGATGGGGGTGCAGCTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCGGCTTGGGCGCAGCGGGGAAgtg > 8:294005/1‑149 (MQ=255) aaGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTc > 4:400883/1‑148 (MQ=255) cTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATgg < 5:158731/149‑1 (MQ=255) cTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATgg < 5:290147/149‑1 (MQ=255) gAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATggg < 3:400883/147‑1 (MQ=255) tGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCctg < 7:294005/149‑1 (MQ=255) tGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGGTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCctg < 6:184006/149‑1 (MQ=255) ggCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCctgct < 6:34363/149‑1 (MQ=255) tGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTg > 7:199398/1‑149 (MQ=255) aTGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGc > 3:34506/1‑149 (MQ=255) aTGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGc < 8:231478/149‑1 (MQ=255) aTGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGGGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGc < 7:293320/149‑1 (MQ=255) ggCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCAt < 4:34506/149‑1 (MQ=255) gTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTCCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCt > 4:122217/1‑149 (MQ=255) gcacgcCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCggg > 6:53476/1‑149 (MQ=255) cGGTGCTGTTGCTCGGCATGGGCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTg < 1:47974/149‑1 (MQ=255) ggTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTgg < 6:302585/149‑1 (MQ=255) ttGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATgg > 6:137823/1‑149 (MQ=255) cTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGc > 8:241058/1‑147 (MQ=255) tCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAg > 1:44648/1‑149 (MQ=255) tCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGCCCAGGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATCGCGAg > 2:345293/1‑149 (MQ=255) aTGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCt > 6:157786/1‑149 (MQ=255) tCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCa < 3:149720/149‑1 (MQ=255) tCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCAAGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCa > 5:291114/1‑149 (MQ=255) cACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGAGGGGTTACTTCCTCATGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTCGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGcc > 8:363232/1‑149 (MQ=255) tCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCa < 8:199398/149‑1 (MQ=255) cTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTAGTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGa > 8:225198/1‑149 (MQ=255) cTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCg > 1:37050/1‑110 (MQ=255) cTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCg < 2:37050/110‑1 (MQ=255) cAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCt < 7:241058/148‑1 (MQ=255) aaCTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGCCCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTgc > 2:409184/1‑149 (MQ=255) aaCTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTgc > 5:21624/1‑149 (MQ=255) tctGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTg > 2:274603/1‑149 (MQ=255) tGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGACGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTgg < 6:179479/148‑1 (MQ=255) gctgcgcCCATGCAGGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTgg < 7:144626/124‑1 (MQ=255) gctgcgcCCATGCAGGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTgg > 8:144626/4‑127 (MQ=255) gggCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTGGGc > 4:34184/1‑149 (MQ=255) ctgcgcCCATGCAGGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGAc < 2:184042/113‑1 (MQ=255) ctgcgcCCATGCAGGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGAc > 1:184042/3‑115 (MQ=255) ggagcCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTgg < 6:173407/143‑1 (MQ=255) ggCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTgg < 5:157786/146‑1 (MQ=255) ggCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTgg < 2:44648/146‑1 (MQ=255) ccccGGCATGGGCGCAGCCGGGACGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCGGTCCCGCCTGCAGACGGGAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTGGGCCACGa < 1:409184/149‑1 (MQ=255) cccTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTGGGCCACGAg > 5:390236/1‑149 (MQ=255) | CCTTGTTCATGCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTGGGCCACGAG > NC_002947/3892773‑3893062 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |