| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,586,057 | +C | intergenic (+140/+75) | PP_4061 → / ← PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,586,056 | 1 | . | C | 96.8% | 98.7 / ‑2.9 | 31 | intergenic (+139/+76) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (18/12); total (18/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.71e-01 | |||||||||||
AGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑C‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTG > NC_002947/4585910‑4586198 | aGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑c < 7:69983/149‑1 (MQ=255) cAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGt < 4:174527/149‑1 (MQ=39) aTCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATg‑c‑ggc < 8:84977/131‑1 (MQ=38) aTCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATg‑c‑ggc > 7:84977/1‑131 (MQ=38) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGG‑CAGCGCC‑GCATTCAAGGCC‑GGCACGGTCCCTGGTAGGAGCggg < 5:17762/147‑1 (MQ=14) tCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCcg > 5:350093/1‑149 (MQ=38) aTTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGa < 6:350093/149‑1 (MQ=38) ggTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTgg > 7:323518/1‑106 (MQ=37) ggTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTgg < 8:323518/106‑1 (MQ=37) ggTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaa < 5:171354/128‑1 (MQ=37) ggTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaa > 6:171354/1‑128 (MQ=37) gcgggTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCAGCCACACTGATCTCACGCa > 1:51959/4‑149 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAAc < 2:362439/103‑1 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGc > 2:357152/1‑128 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGc < 1:357152/128‑1 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACCCTGATCTCACGCATGCg > 3:222417/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACtt > 7:43981/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACtt > 6:297933/1‑149 (MQ=255) gCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGAtctc < 5:51509/132‑1 (MQ=255) gCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGAtctc > 6:51509/1‑132 (MQ=255) cTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCt > 1:232989/1‑149 (MQ=255) cTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGcc > 4:97208/1‑105 (MQ=255) cTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGcc < 3:97208/105‑1 (MQ=255) aCCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGc < 4:365665/102‑1 (MQ=255) aCCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGc > 3:365665/1‑102 (MQ=255) aCCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCt > 3:310921/1‑149 (MQ=255) ccAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAg < 7:325288/79‑1 (MQ=255) ccAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAg > 8:325288/1‑79 (MQ=255) ccAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCaa < 3:123037/106‑1 (MQ=255) ccAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCaa > 4:123037/1‑106 (MQ=255) cAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGTGTTTACCCGCGAAGCGGCCGGCCGCGCCAGCACATAAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACTCATGCGGCACTTCTGCCCCTTg > 6:261887/1‑149 (MQ=255) cAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTg > 7:266181/1‑149 (MQ=255) | AGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑C‑GTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTG > NC_002947/4585910‑4586198 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |