Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,844,328 | C→A | E156* (GAG→TAG) | gacS ← | sensor protein GacS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,844,328 | 0 | C | A | 98.3% | 192.2 / ‑4.3 | 59 | E156* (GAG→TAG) | gacS | sensor protein GacS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (31/27); total (32/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 |
TTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGG > NC_002947/1844186‑1844475 | ttGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGAtctc > 3:110229/1‑149 (MQ=255) tGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGAtctc > 1:232423/1‑148 (MQ=255) aTGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTAc < 2:232423/149‑1 (MQ=255) gCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACACGCTGGTGAACAGGTTGAGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGGGCGCCAGCTAGATCTGTAcc > 2:300650/1‑148 (MQ=255) ggggTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTAcccagcccag > 2:271653/1‑147 (MQ=255) gggTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCcagcag < 6:91519/149‑1 (MQ=255) ggTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCcagcag > 6:199595/1‑138 (MQ=255) ggTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCcagcag < 5:199595/138‑1 (MQ=255) ggTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCtt > 6:6535/1‑149 (MQ=255) tCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTcggccgg > 6:214988/1‑148 (MQ=255) cgcAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACgg < 5:317099/148‑1 (MQ=255) cgcAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGc < 1:271653/149‑1 (MQ=255) gcAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCT‑GTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGt > 1:28811/1‑149 (MQ=255) cAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGt < 4:110229/149‑1 (MQ=255) cAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTgg > 1:175162/1‑149 (MQ=255) cAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTgg < 7:165615/149‑1 (MQ=255) gCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGt > 8:205059/1‑149 (MQ=255) tGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCgg > 8:33767/1‑149 (MQ=255) aGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCgg < 2:175162/147‑1 (MQ=255) tGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTcgcg > 6:80125/1‑144 (MQ=255) tGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTcgcg < 5:80125/144‑1 (MQ=255) ccAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGtggtgg > 1:45867/1‑149 (MQ=255) caggcaggCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGcc < 8:102473/133‑1 (MQ=255) caggcaggCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGcc > 7:102473/1‑133 (MQ=255) aggcaggaGAGGATCAGAAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTTCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGAAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGCCCTCCGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGcc > 8:165443/1‑149 (MQ=255) gcaggcGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCgg > 4:220774/1‑139 (MQ=255) gcaggcGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCgg < 3:220774/139‑1 (MQ=255) gcGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAAc > 5:182277/1‑149 (MQ=255) cGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACt < 6:182277/149‑1 (MQ=255) gAGGTTCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTTCCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGTCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTg < 7:165443/149‑1 (MQ=255) aTCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCAt > 1:342912/1‑149 (MQ=255) tCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTcggcc > 2:314661/1‑101 (MQ=255) tCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTcggcc < 1:314661/101‑1 (MQ=255) aaCAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAgg > 8:188214/1‑147 (MQ=255) cAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCAt > 7:206703/1‑141 (MQ=255) cAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCAt < 8:206703/141‑1 (MQ=255) tGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTg < 2:342912/149‑1 (MQ=255) gTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCt < 1:85920/81‑1 (MQ=255) gTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCt > 2:85920/1‑81 (MQ=255) gTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTg < 7:33767/147‑1 (MQ=255) gTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTg < 7:188214/147‑1 (MQ=255) cAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGcgtcgt < 2:28811/149‑1 (MQ=255) ggTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTg > 2:327885/1‑149 (MQ=255) gTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGc < 1:8486/149‑1 (MQ=255) gTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGc > 7:279785/1‑149 (MQ=255) gTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCACAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGc > 3:147334/1‑149 (MQ=255) gCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCa < 7:205059/148‑1 (MQ=255) gTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAg < 5:220574/123‑1 (MQ=255) gTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAg > 6:220574/1‑123 (MQ=255) gCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTgcgc < 5:6535/148‑1 (MQ=255) cgtcgtGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACt > 7:334565/1‑95 (MQ=255) cgtcgtGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACt < 8:334565/95‑1 (MQ=255) cgtcgtGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTGGGTGCCg > 3:19068/1‑149 (MQ=255) gtGCGACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTGGGTGCCGGTAc > 6:286333/1‑149 (MQ=255) gACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAg > 4:2508/1‑128 (MQ=255) gACAGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAg < 3:2508/128‑1 (MQ=255) aGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTg > 7:189001/1‑131 (MQ=255) aGCTAGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTg < 8:189001/131‑1 (MQ=255) tCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTggg > 4:156057/1‑149 (MQ=255) | TTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAGGTTGCGGTAGCCGCGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGG > NC_002947/1844186‑1844475 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |