| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,741,296 | A→C | intergenic (+533/+220) | gltA → / ← yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,741,296 | 0 | A | C | 97.4% | 125.6 / NA | 38 | intergenic (+533/+220) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base C (17/20); total (18/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGAACCTCCGCCAACTGCAATTCGTGAACCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTCC‑GCAGCCCCCCCAACCTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTGGCCACTTGCCAGTTTT > NC_002947/4741161‑4741412 | cgcgGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAgcgg > 6:29747/1‑149 (MQ=255)cgcgGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAgcgg < 7:88475/149‑1 (MQ=255) aCCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGAt > 3:219391/1‑149 (MQ=255) ccGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTAAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACTTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATc > 7:55794/1‑149 (MQ=255) gCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACg < 8:206768/149‑1 (MQ=255) gCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACg < 5:29747/149‑1 (MQ=255) ccATGTCGTATTGAACTGGGTATTGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTTAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACgg < 7:344000/149‑1 (MQ=255) tGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTca < 7:89813/149‑1 (MQ=255) ggCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTca > 3:141786/1‑148 (MQ=255) gTATTGAACTAGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACAcc > 3:153862/1‑149 (MQ=255) aaCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACg > 3:95304/1‑135 (MQ=255) aaCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACg < 4:95304/135‑1 (MQ=255) aCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg < 2:77437/149‑1 (MQ=255) aCTAGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATa < 4:153862/148‑1 (MQ=255) gTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt > 6:89677/1‑149 (MQ=255) tataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTg < 4:141786/149‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt > 1:346199/1‑149 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGCGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCACGATAGGCCTTGTACTTg < 1:87900/148‑1 (MQ=255) tGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACTTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGc > 6:377828/1‑149 (MQ=255) tGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGCACTAG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCAAACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCgga > 6:312209/1‑148 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCgg < 2:346199/146‑1 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGc < 2:305690/147‑1 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCa > 5:124011/1‑149 (MQ=255) aCCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCt < 4:219391/149‑1 (MQ=255) aCCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCt < 4:28701/149‑1 (MQ=255) cTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc > 4:118671/1‑124 (MQ=255) cTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 3:118671/124‑1 (MQ=255) gacttgcaTTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtc < 1:178681/142‑1 (MQ=255) acttgcaTTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcc > 1:70156/7‑149 (MQ=255) gcaTTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctc < 6:126233/145‑1 (MQ=255) aTTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctcgtcc < 2:70156/149‑1 (MQ=255) aTTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGCCGCCTTGATCACGCTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCCGCCACCTCACTGAGCGACACCTTGATCCcgtcctcgtcc > 5:40824/1‑149 (MQ=255) ttCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctcgtcct > 1:24074/1‑149 (MQ=255) gcacaGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAgg > 7:37582/5‑111 (MQ=255) gcacaGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAgg < 8:37582/107‑1 (MQ=255) acaGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTGGCCACTTGCCAGt > 2:269832/3‑149 (MQ=255) ggCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTGGCCACTTGCCAGtttt < 5:361078/149‑1 (MQ=255) gCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTGGCCACTTGCCAGtttt > 2:316859/1‑148 (MQ=255) | CGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGAACCTCCGCCAACTGCAATTCGTGAACCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTCC‑GCAGCCCCCCCAACCTG‑GCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTGGCCACTTGCCAGTTTT > NC_002947/4741161‑4741412 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |