Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 90.2% | 126.7 / 7.4 | 41 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/0); new base C (17/20); total (21/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCC‑TGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGGT‑AAA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCA > NC_002947/1126500‑1126784 | gAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCC‑TGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGGT‑AAA‑cc < 3:181454/148‑1 (MQ=255) aGGGGCCGATGCCAATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCC‑TGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGGT‑AAA‑cccg > 5:334784/1‑147 (MQ=255) ggggCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCC‑TGTAGGCGC‑GGGTTTTACCCCGAAAGCGGGGGTATAGCCCCCATAG‑CCAT‑AGC‑GGGT‑TAA‑cccg > 8:213455/1‑146 (MQ=255) 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gc‑gGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGTGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCa > 8:185966/1‑149 (MQ=255) gT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCg > 7:19538/1‑106 (MQ=255) gT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCg < 8:19538/106‑1 (MQ=255) | GAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCC‑TGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGGT‑AAA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCA > NC_002947/1126500‑1126784 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |