| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1844137 | 0 (0.000) | 68 (1.090) | 63/272 | 0.1 | 67.0% | coding (657/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
| ? | NC_002947 | 2177702 = | 67 (1.080) | intergenic (+103/‑63) | PP_5485/PP_1931 | GNAT family acetyltransferase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
CTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGC‑CAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAA > NC_002947/1843990‑1844283 | ccaaaagacctcaagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTc < 6:251918‑M1/4‑1 (MQ=255) ggATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGC‑CAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTC > 6:208584‑M1/1‑146 (MQ=255) tttCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGC‑CAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCc < 3:184245‑M1/144‑2 (MQ=255) tttCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGC‑CAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCc > 4:184245‑M1/1‑143 (MQ=255) gATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGC‑CAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagac < 3:94400‑M1/144‑6 (MQ=255) agaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGttctt < 5:182139‑M1/17‑1 (MQ=255) gaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGttcttc > 3:364444‑M1/132‑149 (MQ=255) tCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGC‑CAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacg > 7:284626‑M1/1‑132 (MQ=255) aGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGC‑CAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgccc > 8:208257‑M1/1‑129 (MQ=255) ttCTGGCGCACGGCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTCTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTGTTCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTTGTC‑CAGTTCGTACAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcg < 4:361373‑M1/149‑24 (MQ=255) acatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGcc < 1:288368‑M1/27‑1 (MQ=255) cTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGC‑CAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgc < 4:166406‑M1/146‑23 (MQ=255) cTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGC‑CAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgc > 3:166406‑M1/1‑124 (MQ=255) atcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGt > 6:148074‑M1/121‑149 (MQ=255) tcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTc > 7:339931‑M1/120‑149 (MQ=255) gcgcACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGC‑CAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgt < 8:211720‑M1/149‑29 (MQ=255) gcgcACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGC‑CAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggtt < 7:208257‑M1/147‑27 (MQ=255) ccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCtt < 7:281108‑M1/33‑1 (MQ=255) acatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCtt < 8:291728‑M1/33‑1 (MQ=255) acatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGa > 5:93483‑M1/115‑149 (MQ=255) gTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGC‑CAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaacc > 4:347918‑M1/1‑115 (MQ=255) atgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGc > 1:114252‑M1/113‑149 (MQ=255) gcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTg > 7:138109‑M1/111‑149 (MQ=255) cTTCGGGGGCCTGGGCGATGCTGTGTTGCAGGTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGC‑CAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaacc < 4:255262‑M1/147‑35 (MQ=255) cgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGa > 4:120931‑M1/110‑149 (MQ=255) ccTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGC‑CAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtc < 5:208584‑M1/149‑46 (MQ=255) cTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTAGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGC‑CAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcg < 4:322884‑M1/149‑47 (MQ=255) ggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGt > 5:202490‑M1/99‑121 (MQ=255) gTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGC‑CAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtga > 8:288597‑M1/1‑100 (MQ=255) 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8:135214‑M1/20‑146 (MQ=255) gCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgac > 3:43057‑M1/1‑20 (MQ=255) ttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGAt < 6:243957‑M1/132‑1 (MQ=255) ttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCa > 6:182139‑M1/16‑149 (MQ=255) cTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgact < 7:146806‑M1/149‑131 (MQ=255) ttcacacagcctgTGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGGCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAg > 8:281108‑M1/14‑148 (MQ=255) cATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactac > 3:125217‑M1/1‑17 (MQ=255) aTGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctgctcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacatt > 3:54221‑M1/1‑16 (MQ=255) acacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCaa < 7:64067‑M1/138‑1 (MQ=255) gCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtca < 7:137420‑M1/149‑137 (MQ=255) cTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtcac < 8:316049‑M1/149‑138 (MQ=255) acagcctgGGTCGGCATGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAg < 3:355975‑M1/141‑1 (MQ=255) ccATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtcaccgat < 3:347918‑M1/149‑142 (MQ=255) tgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGt < 5:246632‑M1/147‑1 (MQ=255) gTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtcaccgatgaaaa < 4:43057‑M1/149‑147 (MQ=255) gTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtcaccgatgaaaa < 3:150017‑M1/149‑147 (MQ=255) gTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtcaccgatgaaa < 5:146511‑M1/148‑146 (MQ=255) tCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtcacc > 1:224818‑M1/1‑2 (MQ=255) tCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtcacc < 2:224818‑M1/140‑139 (MQ=255) | CTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGC‑CAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAA > NC_002947/1843990‑1844283 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |