Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,783,007 | Δ1 bp | 7.1% | coding (98/771 nt) | nikD → | nickel ABC transporter ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,783,007 | 0 | T | . | 7.1% | 168.9 / 7.6 | 56 | coding (98/771 nt) | nikD | nickel ABC transporter ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/29); new base . (2/2); total (25/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.60e-01 |
GCGCTGCGCGACCGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCG‑CCCGCACCCAAGGACAACTGCTGCTCGACGGCCAGCCGCTGGCTGCAAGCAGTGTCAGAGGTCGCCT > NC_002947/3782868‑3783154 | gcgctgcgcGACCGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGtt > 3:4162/1‑149 (MQ=255) gctgcgcGACCGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTgg > 6:249766/1‑149 (MQ=255) gctgcgcGACCGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTgg > 8:183297/1‑149 (MQ=255) ctgcgcGACCGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGACTTCGCCGCGGCGCAG‑CTGCaag > 5:313323/1‑142 (MQ=255) ctgcgcGACCGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGACTTCGCCGCGGCGCAG‑CTGCaag < 6:313323/144‑3 (MQ=255) cGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAg < 8:166880/149‑1 (MQ=255) cGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAg > 7:166880/1‑149 (MQ=255) ccTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCg > 2:254949/1‑149 (MQ=255) cTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCAGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCgg > 7:33145/1‑149 (MQ=255) aCCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGctct < 4:4162/149‑1 (MQ=255) cccTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTg < 8:304070/149‑1 (MQ=255) cacaGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGAGCCGCTGGCa < 5:249766/147‑1 (MQ=255) caGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATc < 7:99770/149‑1 (MQ=255) aGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATcc < 8:33145/149‑1 (MQ=255) gAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCt < 1:250507/149‑1 (MQ=255) gAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCt > 3:122964/1‑149 (MQ=255) gAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCt > 5:209446/1‑149 (MQ=255) gAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCt > 7:275302/1‑149 (MQ=255) cATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTg > 4:46175/1‑149 (MQ=255) gAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCtt > 2:35536/1‑149 (MQ=255) aaTGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTg < 2:186098/116‑1 (MQ=255) aaTGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTg > 1:186098/1‑116 (MQ=255) aaTGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCtt < 1:35536/148‑1 (MQ=255) aaTGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTg > 4:251086/1‑149 (MQ=255) tCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGc > 1:127545/1‑149 (MQ=255) cGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCt < 7:183297/148‑1 (MQ=255) cGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTc < 4:122964/149‑1 (MQ=255) gTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCt < 8:275302/149‑1 (MQ=255) cTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGACTTCGCCGCGGCGCAG‑CTGCAAGt > 6:149102/1‑91 (MQ=37) cTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGACTTCGCCGCGGCGCAG‑CTGCAAGt < 5:149102/91‑1 (MQ=37) tGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTg < 6:198315/131‑1 (MQ=255) tGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTg > 5:198315/1‑131 (MQ=255) gAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCa > 6:205499/1‑121 (MQ=255) gAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCa < 5:205499/121‑1 (MQ=255) gAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTac > 7:164205/1‑148 (MQ=255) gAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTac > 2:4013/1‑148 (MQ=255) aaTCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTaccac < 3:46175/149‑1 (MQ=255) tCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCt < 5:18736/149‑1 (MQ=255) ggCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCt > 4:13760/1‑149 (MQ=255) cATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCG‑CCCGCa < 2:127545/149‑1 (MQ=255) aaccgcggCCGTCGTTCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCAGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCGTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCG‑CCCGCACCCaa < 8:164205/142‑1 (MQ=255) cccAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCG‑CCCGCACCCAAGGa < 3:52045/149‑1 (MQ=255) cGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCG‑CCCGCACCCAAGGACAActgc < 3:251086/149‑1 (MQ=255) cGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCG‑CCCGCACCCAAGGACAActgc > 8:308892/1‑149 (MQ=255) ggCGTGCGGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCGGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCG‑CCCGCACCCAAGGACAActgct < 8:140104/149‑1 (MQ=255) cGTGCTTGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCCGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCG‑CCCGCACCCAAGGACAACtgctgc < 7:217280/149‑1 (MQ=255) cTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCGCCCCGCACCCAAGGACAACTGCTGCTc < 1:4013/148‑1 (MQ=255) cTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCG‑CCCGCACCCAAGGACAACTGCTGCTCGa < 7:308892/149‑1 (MQ=255) tGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCG‑CCCGCACCCAAGGACAACTGCTGCTCGAc > 2:170083/1‑149 (MQ=255) gTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCG‑CCCGCACCCAAGGACAACTGCTGCTCGACg < 6:209446/148‑1 (MQ=255) cGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCG‑CCCGCAc < 2:303879/117‑1 (MQ=255) cGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCG‑CCCGCAc > 1:303879/1‑117 (MQ=255) cTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCG‑CCCGCACCCAAGGACAACTGCTGCTCGACGGCCAGCCgctggctg > 6:121872/1‑149 (MQ=255) cAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCG‑CCCGCACCCAAGGACAACTGCTGCTCGACGGCCAGCCGCTGGCTGCaa < 3:13760/148‑1 (MQ=255) cTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCG‑CCTGCACCCAAGGACAACTGCTGCTCGACGGCCAGCCGCTGGCTGCAAGCAg < 1:254949/149‑1 (MQ=255) ggcgAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCG‑CCCGCACCCAAGGACAACTGCTGCTCGACGGCCAGCCGCTGGCTGCAAGCAGTGTCAGAgg < 1:170083/149‑1 (MQ=255) tCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTTG‑CCCGCACCCAAGGACAACTGCTGCTCGACGGCCAGCCGCTGGCTGCAAGCAGTGTCAGAGGTCGCCt > 1:149671/1‑148 (MQ=255) | GCGCTGCGCGACCGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAG‑CTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCG‑CCCGCACCCAAGGACAACTGCTGCTCGACGGCCAGCCGCTGGCTGCAAGCAGTGTCAGAGGTCGCCT > NC_002947/3782868‑3783154 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |