| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,057,378 | Δ1 bp | 7.3% | coding (284/2406 nt) | PP_3575 ← | ferric siderophore receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,057,378 | 0 | C | . | 7.3% | 173.3 / 7.4 | 55 | coding (284/2406 nt) | PP_3575 | ferric siderophore receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/27); new base . (2/2); total (26/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.94e-01 | |||||||||||
TGCCACTTGGCCACCGGCATACGGCTGCGCTTCGTTGCCTGCGGCCAGGCCGCCGACGATGCGGGTGGGGGCGATTTCAAGCGCGCCACTGGCCTGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAGGCTGACACCGGCCTGGTCGGCGAAATGGGTCAAAGCGGCACCCAG > NC_002947/4057230‑4057523 | tGCCACTTGGCCACCGGCATACGGCTGCGCTTCGTTGCCTGCGGCCAGGCCGCCGACGATGCGGGTGGGGGCGATTTCAAGCGCGCCACTGGCCTGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGc > 1:39825/1‑149 (MQ=255) aCTTGGCCACCGGCATACGGCTGCGCTTCGTTGCCTGCGGCCAGGCCGCCGACGATGCGGGTGGGGGCGATTTCAAGCGCGCCACTGGCCTGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGc > 6:285778/1‑148 (MQ=255) ggCCACCGGCTTACGGGTGTGCTTCGTTGCCTGCGGCCAGGCCGCCGACGATGCGGGTGGGGGCGATTTCAAGCGCGCCACTGGCCTGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACt < 8:250409/148‑1 (MQ=255) ggCCACCGGCATACGGCTGCGCTTCGTTGCCTGCGGCCAGGCCGCCGACGATGCGGGTGGGGGCGATTTCAAGCGCGCCACTGGCCTGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACt < 1:138763/148‑1 (MQ=255) ccGGCATACGGCTGCGCTTCGTTGCCTGCGGCCAGGCCGCCGACGATGCGGGTGGGGGCGATTTCAAGCGCGCCACTGGCCTGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCACCCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCgca < 1:46406/149‑1 (MQ=255) ccGGCATACGGCTGCGCTTCGTTGCCTGCGGCCAGGCCGCCGACGATGCGGGTGGGGGCGATTTCAAGCGCGCCACTGGCCTGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCgcag < 2:39825/149‑1 (MQ=255) gCATACGGCTGCGCTTCGTTGCCTGCGGCCAGGCCGCCGACGATGCGGGTGGGGGCGATTTCAAGCGCGCCACTGGCCTGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCaa > 4:338708/1‑149 (MQ=255) aTACGGCTGCGCTTCGTTGCCTGCGGCCAGGCCGCCGACGATGCGGGTGGGGGCGATTTCAAGCGCGCCACTGGCCTGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACt > 7:194187/1‑149 (MQ=255) aCGGCTGCGCTTCGTTGCCTGCGGCCAGGCCGCCGACGATGCGGGTGGGGGCGATTTCAAGCGCGCCACTGGCCTGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCg < 7:211560/131‑1 (MQ=255) aCGGCTGCGCTTCGTTGCCTGCGGCCAGGCCGCCGACGATGCGGGTGGGGGCGATTTCAAGCGCGCCACTGGCCTGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCg > 8:211560/1‑131 (MQ=255) cgcTTCGTTGCCTGCGGCCAGGCCGCCGACGATGCGGGTGGGGGCGATTTCAAGCGCGCCACTGGCCTGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGaa < 3:99797/147‑1 (MQ=255) ttCGTTGCCTGCGGCCAGGCCGCCGACGATGCGGGTGGGGGCGATTTCAAGCGCGCCACTGGCCTGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCtt > 2:240109/1‑149 (MQ=255) cTGCGGCCAGGCCGCCGACGATGCGGGTGGGGGCGATTTCAAGCGCGCCACTGGCCTGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGaca > 2:209305/1‑149 (MQ=255) ccAGGCCGCCGACGATGCGGGTGGGGGCGATTTCAAGCGCGCCACTGGCCTGAGGGGCTGGCATCAGGGTTAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTaa < 5:181918/149‑1 (MQ=255) gccgACGATGCGGGTGGGGGCGATTTCAAGCGCGCCACTGGCCTGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCg > 3:234537/1‑148 (MQ=255) cgacgaTGCGGGTGGGGGCGATTTCAAGCGCGCCACTGGCCTGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGa > 2:315504/1‑148 (MQ=255) cgaTGCGGGTGGGGGCGATTTCAAGCGCCCCACTGGCCTGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAg < 3:338708/149‑1 (MQ=255) gggTGGGGGCGATTTCAAGCGCGCCACTGGCCTGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTCACGACCGGACAAGCCGTTa > 4:202707/1‑149 (MQ=255) 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ttCAAGCGCGCCACTGGCCTGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTCGATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGcc < 1:240109/148‑1 (MQ=255) aGCGCGCCACGGGCCTGCGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTAc < 2:92940/149‑1 (MQ=255) aCTGGCCTGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCAACCAATGc > 3:311504/1‑147 (MQ=255) aCTGGCCTGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCAACCAATGc < 4:311504/147‑1 (MQ=255) tGGCCTGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCggg > 1:28866/1‑149 (MQ=255) gCCTGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTc < 5:285778/149‑1 (MQ=255) cTGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTc > 4:27533/1‑147 (MQ=255) tGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAg > 1:154476/1‑149 (MQ=255) cTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAgg > 2:39455/1‑149 (MQ=255) tGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAGGc > 5:112835/1‑149 (MQ=255) gCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAGGCt < 5:271589/148‑1 (MQ=255) aTCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAGGCTGa > 2:33332/1‑148 (MQ=255) tCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAGGCTGaca > 6:140675/1‑149 (MQ=255) aGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAGGCTGacac < 1:33332/148‑1 (MQ=255) tGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAGGCTGACACCGGcc < 3:27533/149‑1 (MQ=255) aaGCCCCCCTAC‑CCCACTGGTAGG‑CCCTGCAGGCCGCTACTTCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGAAACTGTACCGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGACAGGCTGACACCGGCCTg < 3:237890/149‑1 (MQ=255) cccccTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTCACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAGGCTGACACCGGCCTGGTCg < 3:202707/149‑1 (MQ=255) ccccTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAGGCTGACACCGGCCTGGTCgg > 2:176495/1‑149 (MQ=255) a‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAGGCTGACACCGGCCTGGTCGGCGAAAt < 4:234537/149‑1 (MQ=255) tgcgcagTAGCGGCCTGCAGG‑CGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAGGCTGACACCGGCCTGGTCGGCg < 6:155970/137‑1 (MQ=255) tgcgcagTAGCGGCCTGCAGG‑CGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAGGCTGACACCGGCCTGGTCGGCg > 5:155970/7‑143 (MQ=255) tgcgcagTAGCGGCCTGCAGG‑CGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAGGCTGACACCGGCCTGGTCGGCGAAATgg > 3:290806/7‑149 (MQ=255) ccACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAGGCTGACACCGGCCTGGTCGGCGAAATgg < 5:140675/149‑1 (MQ=255) ccACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAGGCTGACACCGGCCTGGTCGGCGAAATgg < 1:315504/149‑1 (MQ=255) ccACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAGGCTGACACCGGCCTGGTCGGCGAAATgg < 1:209305/149‑1 (MQ=255) ccACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAGGCTGACACCGGCCTGGTCGGCGAAATgg > 2:297493/1‑149 (MQ=255) cgcagTAGCGGCCTGCAGG‑CGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAGGCTGACACCGGCCTGGTCGGCGAAATgg < 4:290806/143‑1 (MQ=255) tGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAGGCTGACACCGGCCTGGTCGGCGAAATGGGTc > 3:159534/1‑148 (MQ=255) gc‑gcCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAGGCTGACACCGGCCTGGTCGGCGAAATGGGTCAAcgcg > 6:350526/1‑149 (MQ=255) cTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAGGCTGACACCGGCCTGGTCGGCGAAATg < 4:332000/135‑1 (MQ=255) cTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAGGCTGACACCGGCCTGGTCGGCGAAATg > 3:332000/1‑135 (MQ=255) cAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAGGCTGACACCGGCCTGGTCGGCGAAATGGGTCAAAGCGGCACCCa < 1:39455/149‑1 (MQ=255) aGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAGGCTGACACCGGCCTGGTCGGCGAAATGGGTCAAAGCGGCACCCAg < 4:159534/149‑1 (MQ=255) | TGCCACTTGGCCACCGGCATACGGCTGCGCTTCGTTGCCTGCGGCCAGGCCGCCGACGATGCGGGTGGGGGCGATTTCAAGCGCGCCACTGGCCTGAGGGGCTGGCATCAGGGTGAAGGCCCCCTCA‑CCCACTGGTAGC‑GCCTGCAGGCCGCTACTGCGCAGCAACTGGTTGAAGCCTTC‑ATCGACACTGTAACGACCGGACAAGCCGTTACTTTGCCGGCCCTCTACCAATGCCGGGTCCAGCGAAAGGCTGACACCGGCCTGGTCGGCGAAATGGGTCAAAGCGGCACCCAG > NC_002947/4057230‑4057523 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |