Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,950,189 | Δ1 bp | 6.6% | coding (155/969 nt) | fliM ← | flagellar biosynthesis switching/energizing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,950,189 | 0 | G | . | 6.6% | 244.8 / 10.1 | 76 | coding (155/969 nt) | fliM | flagellar biosynthesis switching/energizing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (37/34); new base . (2/3); total (39/37) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.75e-01 |
TGGTGGGCACGTACAGCGAGTGCACGTATTCGCCGAACTTCATGACCTGCACGCCACCCACGGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCCGTC‑GTCGACGCCATGCAACAGGGCATCGATTTCATCCTGGGACAGCAGGTCCTG > NC_002947/4950043‑4950334 | ttgtggGCACGTACAGCGAGTGCACGTATTCGCCGAACTTCATGACCTGCACGCCACCCACTGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGAGACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGc < 2:231630/147‑1 (MQ=255) ggCACGTACAGCGAGTGCACGTATTCGCCGAACTTCATGACCTGCACGCCACCCACGGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑c < 2:249295/148‑1 (MQ=255) aCGTACAGCGAGTGCACGTATTCGCCGAACTTCATGACCTGCACGCCACCCACGGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGAcc < 7:48225/149‑1 (MQ=255) aCGTACAGCGAGTGCACGTATTCGCCGAACTTCATGACCTGCACGCCACCCACGGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGAcc > 2:125369/1‑149 (MQ=255) cAGCGAGTGCACGTATTCGCCGAACTTCATGACCTGCACGCCACCCACGGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTC‑GCATGCCGAccctgg < 1:153008/148‑4 (MQ=255) cAGCGAGTGCACGTATTCGCCGAACTTCATGACCTGCACGCCACCCACGGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTC‑GCATGCCGAccctgg < 7:293342/148‑4 (MQ=255) cAGCGAGTGCACGTATTCGCCGAACTTCATGACCTGCACGCCACCCACGGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTC‑GCATGCCGAccctgg < 4:333263/148‑4 (MQ=255) gTGCACGTATTCGCCGAACTTCATGACCTGCACGCCACCCACGGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATg < 2:321248/133‑1 (MQ=255) gTGCACGTATTCGCCGAACTTCATGACCTGCACGCCACCCACGGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATg > 1:321248/1‑133 (MQ=255) aCGTATTCGCCGAACTTCATGACCTGCACGCCACCCACGGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTc > 2:160279/1‑149 (MQ=255) gTATTCGCCGAACTTCATGACCTGCACGCCACCCACGGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCt > 1:57008/1‑149 (MQ=255) ttCGCCGAACTTCATGACCTGCACGCCACCCACGGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGAc < 2:57008/149‑1 (MQ=255) gCCGAACTTCATGTCCTGCCGGCCCCGCACGGCCACCGCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACCTGCTGATCCGGGTATAGCTGGCGCAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATAGGGTCCTGACTg < 5:261794/148‑1 (MQ=255) cGAACTTCATGACCTGCACGCCACCCACGGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTc < 1:125369/149‑1 (MQ=255) cATGACCTGCACGCCACCCACGGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCg > 2:319212/1‑148 (MQ=255) gACCTGCACGCCACCCACGGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGc > 4:338346/1‑149 (MQ=255) aCCTGCACGCCACCCACGGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCt > 2:77686/1‑149 (MQ=255) gCACGCCACCCACGGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGAGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCtttt > 4:135809/1‑148 (MQ=255) cGCCACCCACGGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATa < 3:338346/149‑1 (MQ=255) cacccacGGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGA‑CCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGc > 7:9849/1‑149 (MQ=255) acccacGGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCtttt > 7:239427/1‑141 (MQ=255) acccacGGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCtttt < 8:239427/141‑1 (MQ=255) cccacGGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGcc < 1:282375/149‑1 (MQ=255) cccacGGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGc > 2:324861/1‑148 (MQ=255) cccacGGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGAGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGcc < 3:135809/149‑1 (MQ=255) cACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCgg < 1:160279/149‑1 (MQ=255) cGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGAt < 3:154954/149‑1 (MQ=255) gTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATg > 3:174793/1‑149 (MQ=255) tCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGGGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATg > 1:243421/1‑148 (MQ=255) cAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATAC‑GACCTGACCAGTCAggaccgta > 2:329456/1‑115 (MQ=255) cAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATAC‑GACCTGACCAGTCAggaccgta < 1:329456/121‑7 (MQ=255) gcggagcggCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGa > 7:161490/1‑127 (MQ=255) gcggagcggCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGa < 8:161490/127‑1 (MQ=255) cggagcggCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGa > 1:100159/1‑126 (MQ=255) cggagcggCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGa < 2:100159/126‑1 (MQ=255) agcggCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCg < 1:319212/149‑1 (MQ=255) gcgcAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGGCt > 4:109781/1‑149 (MQ=255) cgcAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTg > 4:229159/1‑149 (MQ=255) cagcagGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCa > 3:15406/1‑149 (MQ=255) agcagGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGGCTggtg < 3:109781/149‑4 (MQ=255) cagGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTc > 1:157984/1‑87 (MQ=255) cagGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTc < 2:157984/87‑1 (MQ=255) ggTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGc < 3:229159/149‑1 (MQ=255) ggTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGc < 1:26815/149‑1 (MQ=255) gTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGcc > 6:192702/1‑149 (MQ=255) ttGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGccc > 8:213166/1‑149 (MQ=255) ttGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGccc > 7:173220/1‑149 (MQ=255) ttGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGc > 2:75711/1‑147 (MQ=255) cATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCcgtc‑gt > 8:53643/1‑149 (MQ=255) cATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCcgtc‑gt < 4:174793/149‑1 (MQ=255) gATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCa < 8:192080/118‑1 (MQ=255) gATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCa > 7:192080/1‑118 (MQ=255) taGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCCGTC‑GTCGACGCCATGCAACAg < 1:324861/149‑1 (MQ=255) taGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCCGTC‑GTCGACGCCATGCAACAg < 5:192702/149‑1 (MQ=255) gCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCCGTC‑GTCGACGTCATGCAACAgg < 7:213166/148‑1 (MQ=255) gCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCCGTC‑GTCGACGCCATGCAACAggg > 1:270413/1‑149 (MQ=255) gCGAAGCGCTCGTTGATCATTCCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCCGTC‑GTCGACGCCATGCAACAGGGCATc > 4:226770/1‑149 (MQ=255) aaGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCCGTC‑GTCGACGCCATGCAACAGGGCATCGAt < 1:77686/149‑1 (MQ=255) tCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCCGTC‑GTCGACGCCATGCAACAGGGCATCGATTTCATc > 1:330600/1‑149 (MQ=255) tCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCCGTC‑GTCGACGCCATGCAACAGGGCATCGATTTCATc > 7:212222/1‑149 (MQ=255) ggtGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCCGTC‑GTCGACGCCATGCAACAGGGCATCGATTTCATCCt < 8:212222/147‑1 (MQ=255) ttGATCATCTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCCGTC‑GTCGACGCCATGCAACAGGGCATCGATTTCATCCTg > 5:1232/1‑149 (MQ=255) tCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCCGTC‑GTCGACGCCATGCAACAGGGCATCGATTTCATCCTGGGa > 1:320892/1‑148 (MQ=255) cATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCCGTC‑GTCGACGCCATGCAACAGGGCATCGATTTCATCCTGGGa > 7:201224/1‑147 (MQ=255) tttCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCCGTC‑GTCGACGCCATGCAACAGGGCATCGATTTCATCCTGGGAcag > 1:7401/1‑148 (MQ=255) tgcggggTC‑GCATGCCGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCCGTC‑GTCGACGCCATGCAACAGGGCATCGATTTCATCCTGGGAcagcag > 5:1570/5‑149 (MQ=255) tgcggggTC‑GCATGCCGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGACCGTC‑GTCGACGCCATGCAACAGGGCATCGATTTCATCCTGGGAcagcag > 2:198152/5‑149 (MQ=255) cAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCCGTC‑GTCGACGCCATGCAACAgg > 4:187020/1‑121 (MQ=255) cAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCCGTC‑GTCGACGCCATGCAACAgg < 3:187020/121‑1 (MQ=255) aGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCCGTCTGTCGACGCCATGCAACAGGGCATCGATTTCATCCTGGGACAGCAGGt < 1:75711/149‑1 (MQ=255) gggTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCCGTC‑GTCGACGCCATGCAACAGGGCATCGATTTCATCCTGGGACAGCAGGTcc > 5:176732/1‑149 (MQ=255) ggTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCCGTC‑GTCGACGCCATGCAACAGGGCATCGATTTCATCCTGGGACAGCAGGTCCt < 2:270413/149‑1 (MQ=255) ggTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCCGTC‑GTCGACGCCATGCAACAGGGCATCGATTTCATCCTGGGACAGCAGGTCCt < 3:226770/149‑1 (MQ=255) gTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCCGTC‑GTCGACGCCATGCAACAGGGCATCGATTTCATCCt < 6:79937/133‑1 (MQ=255) gTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCCGTC‑GTCGACGCCATGCAACAGGGCATCGATTTCATCCt > 5:79937/1‑133 (MQ=255) gTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCCGTC‑GTCGACGCCATGCAACAGGGCATCGATTTCATCCTGGGACAGCAGGTCCTg < 6:176732/149‑1 (MQ=255) | TGGTGGGCACGTACAGCGAGTGCACGTATTCGCCGAACTTCATGACCTGCACGCCACCCACGGCCACGTCAGCGGAGCGGCGCAGCAGGTTGAACATGCTGATACGGGTATAGCGGGCGAAGCGCTCGTTGATCATTTCCAGGGTCGGCATG‑CGACCCCGCACGATACGGTCCTGACTGGTCAGGTCGTAGCTTTTGATACTGCCAGGCTCGGATGCACTCTCGGTCTGCACCAGCCCGTC‑GTCGACGCCATGCAACAGGGCATCGATTTCATCCTGGGACAGCAGGTCCTG > NC_002947/4950043‑4950334 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |