| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 382,125:1 | +C | 6.9% | coding (420/1626 nt) | PP_0317 ← | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 382,125 | 1 | . | C | 6.9% | 228.3 / 9.6 | 58 | coding (420/1626 nt) | PP_0317 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (29/25); new base C (2/2); total (31/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.90e-01 | |||||||||||
GAAAGCGCCGGCATACTGGTTGGCGGCTTTTTCGTTGGTGGCGCGAGTCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCATTGGCAGGTAGGCCTGGCGTGCACGGTCGATCTGGCT > NC_002947/381978‑382268 | gAAAGCGCCGGCATACTGGTTGGCGGCTTTTTCGTTGGTGGCGCGAGTCTGGTCAGTGTTGATTCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAgg > 1:200301/1‑148 (MQ=255)gAAAGCGCCGGCATACTGGTTGGCGGCTTTTTCGTTGGTGGCGCGAGTCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAgg < 2:200301/148‑1 (MQ=255) ccGGCATACTGGTTGGCGGCTTTTTCGTTGGTGGCGCGAGTCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGc < 2:245796/149‑1 (MQ=255) ggCATACTGGTTGGCGGCTTTTTCGTTGGTGGCGCGAGTCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCt < 5:271234/149‑1 (MQ=255) ttGGCGGCTTTTTCGTTGGTGGCGCGAGTCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGGCCGATC‑GCCTgga < 5:340457/142‑2 (MQ=255) ttGGCGGCTTTTTCGTTGGTGGCGCGAGTCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGGCCGATC‑GCCTgga > 6:340457/1‑141 (MQ=255) tttttCGTTGGTGGCGCGAGTCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGAAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATgc > 3:256897/1‑149 (MQ=255) ttttCGTTGGTGGCGCGAGTCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATgcg > 4:311975/1‑149 (MQ=255) cgcgAGTCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTgg < 3:311975/149‑1 (MQ=255) tCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGGCCGATC‑GCCTggat < 1:255370/115‑3 (MQ=255) tCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGGCCGATC‑GCCTggat > 2:255370/1‑113 (MQ=255) gTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGt > 7:171390/1‑149 (MQ=255) gTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGt > 6:220015/1‑149 (MQ=255) tCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGtt > 2:89988/1‑149 (MQ=255) aGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTg < 7:60764/148‑1 (MQ=255) tgtTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAg > 2:297128/1‑148 (MQ=255) tgtTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAg > 8:126206/1‑148 (MQ=255) ccAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTAc < 1:89988/149‑1 (MQ=255) cAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCACCTGACCGTACt > 7:133103/1‑149 (MQ=255) cAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACt > 2:234130/1‑149 (MQ=255) gtgtCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAAc > 4:293210/1‑135 (MQ=255) gtgtCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAAc < 3:293210/135‑1 (MQ=255) tCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGAcc > 2:231566/1‑137 (MQ=255) tCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGAcc < 1:231566/137‑1 (MQ=255) ccATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGATCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGATGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAAt > 2:186386/1‑149 (MQ=255) cATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTAc > 1:306346/1‑139 (MQ=255) cATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTAc < 2:306346/139‑1 (MQ=255) cATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAAt > 5:115603/1‑148 (MQ=255) aTGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAAtgc > 6:327080/1‑149 (MQ=255) aCCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAAtgctg < 7:126206/148‑1 (MQ=255) aCCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAAtgctg < 1:297128/148‑1 (MQ=255) aCCTTGTTGATCTGCTCGGAGGAGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCATACTGGTCGAAtgctgc < 4:256897/149‑1 (MQ=255) tGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTcggc > 2:74871/1‑149 (MQ=255) cTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAAt < 6:107610/130‑1 (MQ=255) cTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAAt > 5:107610/1‑130 (MQ=255) cTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTcggcgg > 1:185024/1‑149 (MQ=255) ggAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGGCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGcga > 1:231041/1‑149 (MQ=255) ggAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGa > 1:119473/1‑81 (MQ=255) ggAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGa < 2:119473/81‑1 (MQ=255) ggCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCa > 2:346184/1‑149 (MQ=255) ccAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGtt > 8:36161/1‑94 (MQ=255) agGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑GGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCATTGGCAg < 5:327080/149‑1 (MQ=255) gTCGCGGTTGAGCAGGTCACGAAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCATTGGCAGGt < 7:302727/149‑1 (MQ=255) tCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCATTGGCAGGTa < 5:233024/149‑1 (MQ=255) cgcgGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTtcgt > 5:187903/1‑123 (MQ=255) cgcgGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTtcgt < 6:187903/123‑1 (MQ=255) cgcgGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCATTGGCAGGTAg < 1:234130/149‑1 (MQ=255) cgGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCATTGGCAGGTAGGc < 6:314879/149‑1 (MQ=255) gCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCATTGGc < 8:71449/134‑1 (MQ=255) gCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCATTGGc > 7:71449/1‑134 (MQ=255) gCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCATTGGCAGGTAGGCCTGGCGt < 8:171390/149‑1 (MQ=255) ggTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCGAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGAACAGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGTCGATCATTGGCAGGTAGGCCTGGCGTGCa > 7:132671/1‑149 (MQ=255) ggTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCATTGGCAGGTAGGCCTGGCGTGCa < 6:115603/149‑1 (MQ=255) gTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGAt > 3:260815/1‑123 (MQ=255) gTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGAt < 4:260815/123‑1 (MQ=255) gCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAg > 7:268015/1‑52 (MQ=255) gCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAg < 8:268015/52‑1 (MQ=255) cAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCATTGGCAGGTAGGCCTGGCGTGCACGGTCGa > 3:331663/1‑149 (MQ=255) aaTTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCATTGGCAGGTAGGCCTGGCGTGCACGGTCGAt < 2:185024/149‑1 (MQ=255) tCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGTCGGCGACGATCATTGGCAGGTAGGCCTGGCGTGCAAGGTCGATCTGGCt > 6:181360/1‑149 (MQ=255) | GAAAGCGCCGGCATACTGGTTGGCGGCTTTTTCGTTGGTGGCGCGAGTCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCATTGGCAGGTAGGCCTGGCGTGCACGGTCGATCTGGCT > NC_002947/381978‑382268 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |