Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,984,742:1 | +T | 7.3% | intergenic (‑43/+10) | cheR ← / ← PP_4393 | chemotaxis protein methyltransferase/chemotaxis protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,984,742 | 1 | . | T | 7.3% | 212.2 / 11.6 | 56 | intergenic (‑43/+10) | cheR/PP_4393 | chemotaxis protein methyltransferase/chemotaxis protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (28/23); new base T (2/2); total (31/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.61e-01 |
GAAACCAGGTACTGCTTATTCTCGCCCAGCAGGATGCCACAGGCTTTCTCCAGGAAGACCCGGAACTGTTCGAAATCCAAATTACCCGTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCACCGACCTTCTTGACCATTGCCTGGTTGAACACCCCGGAAAGCGAAGTATGCAGG > NC_002947/4984605‑4984884 | gAAACCAGGTACTGCTTATTCTCGCCCAGCAGGATGCCACAGGCTTTCTCCAGGAAGACCCGGAACTGTTCGAAATCCAAATTACCCGTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCtt > 6:177268/1‑148 (MQ=255) aaaCCAGGTACTGCTTATTCTCGCCCAGCAGGATGCCACAGGCTTTCTCCAGGAAGACCCGGAACTGTTCGAAATCCAAATTACCCGTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCa < 7:102992/149‑1 (MQ=255) aCCAGGTACTGCTTATTCTCGCCCAGCAGGATGCCACAGGCTTTCTCCAGGAAGACCCGGAACTGTTCGAAATCCAAAATACCCGTACACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAAt < 6:103147/149‑1 (MQ=255) gCTTATTCTCGCCCAGCAGGATGCCACAGGCTTTCTCCAGGAAGACCCGGAACTGTTCGAAATCCAAATTACCCGTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCtt > 2:289676/1‑149 (MQ=255) cTTATTCTCGCCCAGCAGGATGCCACAGGCTTTCTCCAGGAAGACCCGGAACTGTTCGAAATCCAAATTACCCGTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTg < 8:103135/149‑1 (MQ=255) tcGCCCAGCAGGATGCCACAGGCTTTCTCCAGGAAGACCCGGAACTGTTCGAAATCCAAATTACCCGTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGG‑GGGCATGCCCTCCGgca > 5:269133/1‑122 (MQ=255) tcGCCCAGCAGGATGCCACAGGCTTTCTCCAGGAAGACCCGGAACTGTTCGAAATCCAAATTACCCGTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGG‑GGGCATGCCCTCCGgca < 6:269133/123‑2 (MQ=255) gcacagcagGATGCCACAGGCTTTCTCCAGGAAGACCCTGAACTGTTCGAAATCCAAATTACCCGTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCgg < 7:149843/143‑1 (MQ=255) ccAGCAGGATGCCACAGGCTTTCTCCA‑GAAGACCCGGAACTGTTCGAAATCCAAATTACCCGTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGac > 4:110238/1‑148 (MQ=255) acaGGCTTTCTCCAGGAAGACCCGGAACTGTTCGAAATCCAAATTACCCGTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTgg > 4:223573/1‑146 (MQ=255) acaGGCTTTCTCCAGGAAGACCCGGAACTGTTCGAAATCCAAATTACCCGTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTgg < 3:223573/146‑1 (MQ=255) acaGGCTTTCTCCAGGAAGACACGGAAGTGTTCGAAATCCAAATTAACCGTAGAAACTACTGCCGACTCTTTTCAAGGACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTACTTCAATGGGCTGCCTTGATCCGTTCGACCACCCGCTGGGc > 2:49698/1‑148 (MQ=255) aGGCTTTCTCCAGGAAGACCCGGAACTGTTCGAAATCCAAATTACCCGTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAg > 5:11585/1‑149 (MQ=255) aGGCTTTCTCCAGGAAGACCCGGAACTGTTCGAAATCCAAATTACCCGTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAg < 3:298085/149‑1 (MQ=255) tcCAGGAAGACCCGGAACTGTTCGAAATCCAAATTACCCGTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCg > 3:330836/1‑149 (MQ=255) cAGGAAGACCCGGAACTGTTCGAAATCCAAATTACCCGTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGc > 7:229198/1‑149 (MQ=255) cAGGAAGACCCGGAACTGTTCGAAATCCAAATTACCCGTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGc < 3:286243/149‑1 (MQ=255) gACCCGGAACTGTTCGAAATCCAAATTACCCGTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAAc < 1:289676/149‑1 (MQ=255) gAAATCCAAATTACCCGTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCa > 8:311807/1‑149 (MQ=255) aaaTCCAAATTACCCGTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGACGTCAt < 7:311807/149‑1 (MQ=255) aTCCAAATTACCCGTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCg > 6:119325/1‑149 (MQ=255) tCCAAATTACCCGTAGACACTACTGCAGCCTCTTTTCAATCACTGGTTCCGGATGGCATGCCC‑CCGTCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATACgg < 7:145097/94‑1 (MQ=255) cAAATTACCCGTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCa > 2:232911/1‑149 (MQ=255) aaaTTACCCGTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCAc < 6:11585/149‑1 (MQ=255) ccGTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATc > 5:212336/1‑137 (MQ=255) ccGTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATc < 6:212336/137‑1 (MQ=255) gTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCACCGACcttct > 6:6576/1‑149 (MQ=255) tAGACACTACTGCCGCCTCGTTTAAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGGCTACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCACCGACcttctt < 4:105141/149‑1 (MQ=255) cacTACTGCCGCCTATTTTCAATCACTGTTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCCGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATACGGCTTTAACTTCGCCAGGAAGTCATCGGCACCGACCTTCTTGAc > 6:104179/1‑148 (MQ=255) actactGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCACCGACCTTCTTGACCa > 7:88080/1‑149 (MQ=255) actactGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCAGCTTGAACTTGGCCAGGaa > 4:241871/1‑123 (MQ=255) actactGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCAGCTTGAACTTGGCCAGGaa < 3:241871/123‑1 (MQ=255) tactGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCACCGACCTTCTTGACCAtt > 2:13183/1‑149 (MQ=255) cgccTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCACCGACCTTCTTGACCATTGCCTgg < 1:232911/149‑1 (MQ=255) ccTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCAt > 1:67586/1‑118 (MQ=255) ccTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCAt < 2:67586/118‑1 (MQ=255) ctctTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCCGCCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCACCGACCTTCTTGACCATTGCCTGGtt > 1:220738/1‑149 (MQ=255) 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aaTCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCACCGACCTTCTTGACCATTGCCTGGTTGaa > 7:219738/1‑143 (MQ=255) tCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCACCGACCTTCTTGACCATTGCCTGGTTGAACACCCCg > 5:233842/1‑148 (MQ=255) gTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCACCGACCTTCTTGACCATTGCCTGGTTGAACACCCCGGAAAGc > 8:63936/1‑148 (MQ=255) cagccgggggCATGCCCTCCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCACCGACCTTCTTGACCATTGCCTGGTTGAACACCCCGGAAAGc > 3:321367/8‑148 (MQ=255) ccGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCACCGACCTTCTTGACCATTGCCTGGTTGAACACCCCGGAAAGCGaa < 5:207120/148‑1 (MQ=255) ccGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCACCGACCTTCTTGACCATTGCCTGGTTGAACACCCCGGAAAGCGaa < 5:177268/148‑1 (MQ=255) ccGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCACCGACCTTCTTGACCATTGCCTGGTTGAACACCCCGGAAAGCGaa < 1:13183/148‑1 (MQ=255) ccGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCACCGACCTTCTTGACCATTGCCTGGTTGAACACCCCGGAAAGCGAAg < 3:110238/149‑1 (MQ=255) cGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCACCGACCTTCTTGACCATTGCCTGGTTGAACACCCCGGAAAGCGAAg > 5:335894/1‑148 (MQ=255) cGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCACCGACCTTCTTGACCATTGCCTGGTTGAACACCCCGGAAAGCGAAg > 4:100052/1‑148 (MQ=255) gggCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCACCGACCTTCTTGACCATTGCCTGGTTGAACACCCCGGAAAGCGAAGTATgc < 4:330836/149‑1 (MQ=255) ggCATGCCCTCCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCACCGACCTTCTTGACCATTGCCTGGTTGAACACCCCGGAAAGCGAAGTATgc < 4:321367/149‑1 (MQ=255) ggCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCACCGACCTTCTTGACCATTGCCTGGTTGAACACCCCGGAAAGCGAAGTATg > 3:233882/1‑147 (MQ=255) gCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCACCGACCTTCTTGACCATTGCCTGGTTGAACACCCCGGAAAGCGAAGTATgcagg > 4:224271/1‑146 (MQ=255) c‑ccGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCACCGACCTTCTTGACCATTGCCTGGTTGAACACCCCGGaa < 6:38201/128‑1 (MQ=255) c‑ccGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCACCGACCTTCTTGACCATTGCCTGGTTGAACACCCCGGaa > 5:38201/1‑128 (MQ=255) | GAAACCAGGTACTGCTTATTCTCGCCCAGCAGGATGCCACAGGCTTTCTCCAGGAAGACCCGGAACTGTTCGAAATCCAAATTACCCGTAGACACTACTGCCGCCTCTTTTCAATCACTGGTGCCGGAGGGCATGCCC‑CCGGCTGCTTCAATGCGCTGCCTTGATCCGGTCGACCACCCGCTGGGCCAGGTCATCCGGCTTGAACTTGGCCAGGAAGTCATCGGCACCGACCTTCTTGACCATTGCCTGGTTGAACACCCCGGAAAGCGAAGTATGCAGG > NC_002947/4984605‑4984884 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |