Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,768,947 | G→T | 9.5% | L178L (CTG→CTT) | PP_3330 → | ferric siderophore receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,768,947 | 0 | G | T | 9.5% | 151.4 / 4.4 | 51 | L178L (CTG→CTT) | PP_3330 | ferric siderophore receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/22); new base T (2/3); total (26/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 |
AATGGCATCAATTTGCAGTATGGCGGCGCGGCGCGCCCGGTGGGCGCCTGGATCTATGACCGCGTCGAATTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCTTCAACAAGGCGCTGAACACGGGCGACGGCCCACGCCACCATGCGCGCCTCGACTACAGCCGCACCAG > NC_002947/3768804‑3769090 | aaTGGCATCAATTTGCAGTATGGCGGCGCGGCGCGCCCGGTGGGCGCCGGGATCTATGACCGCGTCGAATTGCTAGGCGGGGCGGCCTCCTTGCTGCACGGCAGCGGCGGGGTGGGGGGCCG‑CCGGAATTTGATCCCCCGGCGGGCAAg > 8:209869/1‑149 (MQ=255) tGGCATCAATTTGCAGTATGGCGGCGCGGCGCGCCCGGTGGGCGCCTGGATCTATGACCGCGTCGAATTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGcc > 2:41387/1‑149 (MQ=255) cATCAATTTGCAGTATGGCGGCGCGGCGCGCCCGGTGGGCGCCTGGATCTATGACCGCGTCGAATTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGt > 8:23586/1‑148 (MQ=255) aTCAATTTGCAGTATGGCGGCGCGGCGCGCCCGGTGGGCGCCTGGATCTATTACCGCGTCGAATTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTACTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAAATTAATAACCCGGCTGGCAAGCCGt > 2:144273/1‑147 (MQ=255) aTCAATTTGCAGTATGGCGGCGCGGCGCGCCCGGTGGGCGCCTGGATCTATGACCGCGTCGAATTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGt < 1:144273/147‑1 (MQ=255) aTCAATTTGCAGTATGGCGGCGCGGCGCGCCCGGTGGGCGCCTGGATCTATGACCGCGTCGAATTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGa > 6:255845/1‑149 (MQ=255) aaTTTGCAGTATGGCGGCGCGGCGCGCCCGGTGGGCGCCTGGATCTATGACCGCGTCGAATTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACg < 2:269228/148‑1 (MQ=255) aaTTTGCAGTATGGCGGCGCGGCGCGCCCGGTGGGCGCCTGGATCTATGACCGCGTCGAATTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGa < 1:169107/149‑1 (MQ=255) aTTTGCAGTATGGCGGCGCGGCGCGCCCGGTGGGCGCCTGGATCTATGACCGCGTCGAATTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACACGGCTTGCCAGCCgggtgatg < 4:103163/149‑8 (MQ=255) cAGTATGGCGGCGCGGCGCGCCCGGTGGGCGCCTGGATCTATGACCGCGTCGAATTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGacac > 8:104658/1‑149 (MQ=255) gcggcgcggcGCGCCCGGTGGGCGCCTGGATCTATGACCGCGTCGAATTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGaa < 4:137055/149‑1 (MQ=255) gcggcgcgCCCGGTGGGCGCCTTGATCTATGACCGCGTCGAATTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAGCCCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCtt < 1:71592/141‑1 (MQ=255) gcggcgcgCCCGGTGGGCGCCTGGATCTATGACCGCGTCGAATTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCtt > 2:71592/1‑140 (MQ=255) gcgcCCGGTGGGCGCCTGGATCTATGACCGCGTCGAATTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTTGCCAGCCgggtg > 5:55401/1‑120 (MQ=255) gcgcCCGGTGGGCGCCTGGATCTATGACCGCGTCGAATTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTTGCCAGCCgggtg < 6:55401/124‑5 (MQ=255) gcCCGGTGGGCGCCTGGATCTATGACCGCGTCGAATTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGt < 3:243435/149‑1 (MQ=255) ccaccgggCGCCTGGATCTATGACCGCGTCGAATTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTa < 6:243318/144‑1 (MQ=255) gTGGGCGCCTGGATCTATGACCGCGTCGAATTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGc < 5:255845/149‑1 (MQ=255) ccTGGATCTATGACCGCGTCGAATTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTAc < 3:173138/149‑1 (MQ=255) gATCTATGACCGCGTCGAATTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGaca < 7:104658/149‑1 (MQ=255) gATCTATGACCGCGTCGAATTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGa < 7:23586/147‑1 (MQ=255) ccGCGTCGAATTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGGCCGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGa < 1:41387/148‑1 (MQ=255) cGAATTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGa < 5:182964/90‑1 (MQ=255) cGAATTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGa > 6:182964/1‑90 (MQ=255) aaTTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGtt > 3:170593/1‑149 (MQ=255) gCTCGGCGAGCCATCCTCCTTCCTCAACGGAAGCGACGCTATCAGTAGCAG‑ACTCAATTTCATCACCCGACTTGCAAGCAGTAACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGAAAACATGGAAACGTCGGTTGcc > 8:50531/1‑148 (MQ=255) cTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCt > 5:71345/1‑148 (MQ=255) ccGTCCTCCTTACTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGTTGGCAG‑CCTCAATTTCATAACCCGGCTTGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATTCACGATACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCTTCAACAAGgc < 7:50531/149‑1 (MQ=255) ctcctTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCTTCAACAAGGCGCTg > 3:222471/1‑148 (MQ=255) ctcctTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCTTCAACAAGGCGCTGa < 4:170593/149‑1 (MQ=255) tccttcctCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCTTCAACAAGGCGCTg > 7:11341/1‑147 (MQ=255) tccttcctCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCTTCAACAAGGCGCTg < 8:11341/147‑1 (MQ=255) cttcctCAACGGCAGCAGCACTATCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGACTGACAAGCCGTGACGAAGACACATTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATTGAAACGTCGGTTGCATTAAACAAGGCGCTTAaca > 8:50868/1‑149 (MQ=255) tCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCTTCAACAAGGCGCTGAACACGGGc > 3:96431/1‑149 (MQ=255) tCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCTTCAACAAGGCGCTGAACACGGGc > 4:106675/1‑149 (MQ=255) gCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCTTCAACAAGGCGCTGAACACGGGCGACGGc > 3:132267/1‑149 (MQ=255) gCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCTTCAACAAGGCGCTGAACACGGGCGACGGc > 7:42487/1‑149 (MQ=255) gCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCTTCAACAAGGCGCTGAACACGGGCGACGGc > 8:255734/1‑149 (MQ=255) cgcTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCTTCAACAAGGCGCTGAACACGGGCGACGGCCCACGcc > 7:262147/1‑149 (MQ=255) cTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCTTCAACAAGGCGCTGAACACGGGCGACGGCCCACGccac < 8:42487/149‑1 (MQ=255) tGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCTTCAACAAGGCGCTGAACACGGGCGACGGCCCACGCCACCATgcgc < 8:262147/149‑1 (MQ=255) g‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCTTCAACAAGGCGCTGAACACGGGCGACGGCCCACGCCACCATGCGCGCCTc > 5:295136/1‑149 (MQ=255) cTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCTTCAACAAGGCGCTGAACACGGGCGACGGCCCACGCCACCATGCGCGCCTCGa < 3:106675/149‑1 (MQ=255) cTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCTTCAACAAGGCGCTGAACACGGGCGACGGCCCACGCCACCATGCGCGCCTCGa > 4:80292/1‑149 (MQ=255) aaTTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCTTCAACAAGGCGCTGAACACGGGCGACGGCCCACGCCACCATGCGCGCCTCGACt < 3:80292/148‑1 (MQ=255) aaTTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCTTCAACAAGGCGCTGAACACGGGCGACGGCCCACGCCACCATGCGCGCCTCGACTa < 6:295136/149‑1 (MQ=255) atcaCCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCTTCAACAAGGCGCTGCACACGGGCGACGGCCCACGCCACCATGCGCGCCTCGACTACAGCCg > 6:94172/1‑149 (MQ=255) atcaCCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCTTCAACAAGGCGCTGAACACGGGCGACGGCCCACGCCACCATGCGCGCCTCGACTACAGCCg > 1:233813/1‑149 (MQ=255) ccGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCTTCAACAAGGCGCTGAACACGGGCGACGGCCCACGCCACCATGCGCGCCTCGACTACAGc < 8:317029/142‑1 (MQ=255) ccGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCTTCAACAAGGCGCTGAACACGGGCGACGGCCCACGCCACCATGCGCGCCTCGACTACAGc > 7:317029/1‑142 (MQ=255) cGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCTTCAACAAGGCGCTGAACACGGGCGACGGCCCACGCCACCATGCGCGCCTCGACTACAGCCgcaccag < 6:71345/149‑1 (MQ=255) | AATGGCATCAATTTGCAGTATGGCGGCGCGGCGCGCCCGGTGGGCGCCTGGATCTATGACCGCGTCGAATTGCTCGGCGGGCCGTCCTCCTTCCTCAACGGCAGCGGCGCTGTCGGTGGCAG‑CCTCAATTTCATCACCCGGCTGGCAAGCCGTGACGAAGACACCTTCGAAGGG‑CGCGTCAGTTATGCACGCTACGACACCATGGAAACGTCGGTTGCCTTCAACAAGGCGCTGAACACGGGCGACGGCCCACGCCACCATGCGCGCCTCGACTACAGCCGCACCAG > NC_002947/3768804‑3769090 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |