Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 338,065 | G→T | 8.8% | A168A (GCC→GCA) | PP_0280 ← | amino acid ABC transporter permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 338,065 | 0 | G | T | 8.8% | 177.1 / 6.8 | 57 | A168A (GCC→GCA) | PP_0280 | amino acid ABC transporter permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/23); new base T (3/2); total (32/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.35e-01 |
CAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGGCAGCATGATGTAGAACAGCGTTTTGCCACGCGACATGCCCAGCGCCCGTGCCGCTTCAATCTCACCTTTAGGGATCGCCT > NC_002947/337918‑338213 | cagcagCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAggg > 7:177356/1‑149 (MQ=255) cagcagCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAggg > 4:228331/1‑149 (MQ=255) gcagcTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCGCGGTACTGGCCAGGGCa > 4:179517/1‑149 (MQ=255) gcagcTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCa > 5:84153/1‑149 (MQ=255) ttGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGTGCCCTGGc > 5:64457/1‑149 (MQ=255) gAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGcc < 5:108018/148‑1 (MQ=255) gAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGc < 8:177356/147‑1 (MQ=255) aaGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGTGCCCTGGcca < 6:64457/148‑2 (MQ=255) gCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGa < 5:171515/149‑1 (MQ=255) gCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGa < 5:111201/149‑1 (MQ=255) ttGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCa > 1:168307/1‑149 (MQ=255) cACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATc < 6:344894/148‑1 (MQ=255) cAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGTGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGa > 6:280374/1‑149 (MQ=255) cAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGa < 7:182127/149‑1 (MQ=255) tGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑t > 6:177141/1‑149 (MQ=255) aaCGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTc > 1:163419/1‑149 (MQ=255) aTCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCGCGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCt < 3:179517/149‑1 (MQ=255) tCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCt < 3:228331/148‑1 (MQ=255) 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cacGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGc > 5:274732/1‑149 (MQ=255) gCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGa > 2:17657/1‑149 (MQ=255) gaagaaGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAg > 6:148385/1‑149 (MQ=255) aagaagATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAgc < 2:168307/149‑1 (MQ=255) agaagaTTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCa < 6:191417/132‑1 (MQ=255) agaagaTTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCa > 5:191417/1‑132 (MQ=255) ttagaTTTCCACCGGCAGTTAGGTGCGGTCGATGATGTTAAGGTCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGTGTCACGTTACTGGCCATGTCACTGGCCTTGAGCATCATGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGAt < 1:315439/136‑1 (MQ=255) gaagaTTTCCACAGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCAAGCAGGGTCACGGTACTGTCCAGGGCACTGGACTTGAGAATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCAGGAAGGCCTAt > 2:315439/1‑138 (MQ=255) gaTTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAggg > 3:155963/1‑83 (MQ=255) gaTTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAggg < 4:155963/83‑1 (MQ=255) gaTTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTg > 3:205809/1‑149 (MQ=255) tttCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTgg < 2:163419/148‑1 (MQ=255) tCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGgcag > 5:125492/1‑149 (MQ=255) tCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGgcag > 5:118932/1‑149 (MQ=255) tCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGgca < 4:205809/148‑1 (MQ=255) cACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGgcagca > 8:23589/1‑149 (MQ=255) cACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGgcagc < 6:87727/148‑1 (MQ=255) cAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGGCAGCATGATGt < 7:23589/149‑1 (MQ=255) gggCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGTCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGGCAGCAGGATGTAGAACAGCGtt > 7:55676/1‑149 (MQ=255) gggCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGGCAGCATGATGTAGAACAGCGtt < 6:84153/149‑1 (MQ=255) gCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGGCAGCATGATGTAGAACAGCGtttt < 5:177141/149‑1 (MQ=255) tACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCACTTTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATgcgc < 1:31789/105‑1 (MQ=255) tACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATgcgc > 2:31789/1‑104 (MQ=255) ttCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGGCAGCATGATGTAGAACAGCGTTTTGCCACGCGACATGCCCAGCGCCCGTGCCg > 4:28472/1‑149 (MQ=255) cagcagGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGGCAGCATGATGTAGAACAGCGTTTTGCCACGCGACATGCCCAgcgc < 4:40928/138‑1 (MQ=255) cagcagGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGGCAGCATGATGTAGAACAGCGTTTTGCCACGCGACATGCCCAgcgc > 3:40928/1‑138 (MQ=255) cagcagGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGGCAGCATGATGTAGAACAGCGTTTTGCCACGCGACATGCCCAGCGCCCGTGCCGCtt > 1:317356/1‑149 (MQ=255) cagcagGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGGCAGCATGATGTAGAACAGCGTTTTGCCACGCGACATGCCCAGCGCCCGTGCCGCt > 7:62343/1‑148 (MQ=255) agcagGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGGCAGCATGATGTAGAACAGCGTTTTGCCACGCGACATGCCCAGCGCCCGTGCCGCtt > 4:70497/1‑148 (MQ=255) agcagGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGGCAGCATGATGTAGAACAGCGTTTTGCCACGCGACATGCCCAGCGCCCGTGCCGCTTc < 6:274732/149‑1 (MQ=255) gcagGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGGCAGCATGATGTAGAACAGCGTTTTGCCACGCGACATGCCCAGCGCCCGTGCCGCTTc > 5:261257/1‑148 (MQ=255) aCGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGGCAGCatgat > 5:249607/1‑92 (MQ=255) aCGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGGCAGCatgat < 6:249607/92‑1 (MQ=255) tcaaggCCAGTGCCCTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGGCAGCATGATGTAGAACAGCGTTTTGCCACGCGACATGCCCAGCGCCCGTGCCGCTTCAATCTCACCtt > 5:64546/5‑147 (MQ=255) tGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGGCAGCATGATGTAGAACAGCGTTTTGCCACGCGACATGCCCAGCGCCCGTGCCGCTTCAATCTCACCTTTAgg > 6:88977/1‑148 (MQ=255) cAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGGCAGCATGATGTAGAACAGCGTTTTGCCACGCGACATGCCCAGAGCCCGTGCCGCTTCAATCTCACCTTTAGGGATCg > 7:189770/1‑149 (MQ=255) aGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCGGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGGCAGCATGATGTAGAACAGCGTTTTGCCACGCGACATGCCCAGTGCCCGTGCCGCTTCAATCTCACCTTTAGGGATCGc > 7:298300/1‑149 (MQ=255) ggCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGGCAGCATGATGTAGAACAGCGTTTTGCCACCCGACATGCCCAGCGCCCGTGCCGCTACAATCTCACCTTAAGGGATCGCCt > 1:116457/1‑149 (MQ=255) | CAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGATGATGGTACGGGCCATGCCGGTCAGTTCCAGCAGGGTCACGGTACTGGCCAGGGCACTGGCCTTGAGCATCAGGATCAC‑TTCGTTGCTGTACGCCGGCAGGCCGATGCGCGCAGCGCGTGGCAGCATGATGTAGAACAGCGTTTTGCCACGCGACATGCCCAGCGCCCGTGCCGCTTCAATCTCACCTTTAGGGATCGCCT > NC_002947/337918‑338213 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |