Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,931,906 | A→C | 6.6% | I524S (ATC→AGC) ‡ | PP_3466 ← | ABC transporter permease/ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,931,906 | 0 | A | C | 6.6% | 185.0 / 4.7 | 61 | I524S (ATC→AGC) ‡ | PP_3466 | ABC transporter permease/ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/29); new base C (2/2); total (30/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.36e-01 |
GCGCACGTCAGTGCCCATGTTTGATCACCTCCTGCGCCAGTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCTGGCCCCCGGACAACTGCTGGCCGCGCT > NC_002947/3931760‑3932047 | gcgcACGGCAGTGCCCATGGTTGATCACCTCCTGCGCCAGTACCTGCAACTGGCCGTCCGGCAGGTGCAGCTGCAGGTCGGCAGCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATg < 6:243173/149‑1 (MQ=255) gcgaACGGCAGTGCCCATGTTTGAGCACCTCCTGCGCCAGTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATg < 8:61706/149‑1 (MQ=255) gcACGTCAGTGCCCATGTTTGATCACCTCCTGCGCCAGTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGc > 5:102164/1‑149 (MQ=255) gTCAGTGCCCATGTTTGATCACCTCCTGCGCCAGTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATgg > 4:153876/1‑144 (MQ=255) gTCAGTGCCCATGTTTGATCACCTCCTGCGCCAGTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATgg < 3:153876/144‑1 (MQ=255) tCAGTGCCCATGTTTGATCACCTCCTGCGCCAGTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCATCGACCAGCTGTTCGCCGGCcgcac < 6:75964/149‑3 (MQ=255) aGTGCCCATGTTTGATCACCTCCTGCGCCAGTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCATCGACCAGCTGTTCGCCGGCcgcacgc < 5:343036/149‑5 (MQ=255) gTGCCCATGTTTGATCACCTCCTGCGCCAGTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCa < 6:102164/149‑1 (MQ=255) aTGTTTGATCACCTCCTGCGCCAGTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCAc < 7:239786/149‑1 (MQ=255) tttGATCACCTCCTGCGCCAGTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCt > 5:5562/1‑149 (MQ=255) cACCTCCTGCGCCAGTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGTCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTgg > 5:22776/1‑149 (MQ=255) ctcctGAGCCAGTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCt > 6:169053/1‑149 (MQ=255) tcctGCGCCAGTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCt > 4:151361/1‑148 (MQ=255) gcCAGTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCAc > 3:95475/1‑130 (MQ=255) gcCAGTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCAc < 4:95475/130‑1 (MQ=255) gTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGTCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGcc < 6:22776/149‑1 (MQ=255) cTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGa < 2:295878/113‑1 (MQ=255) cTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGa > 1:295878/1‑113 (MQ=255) cTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGcc > 1:264326/1‑145 (MQ=255) cTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGcc < 2:264326/145‑1 (MQ=255) gCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTg > 2:301263/1‑149 (MQ=255) gCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCg > 7:48080/1‑148 (MQ=255) cGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCa < 7:174176/125‑1 (MQ=255) cGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCa > 8:174176/1‑125 (MQ=255) cGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTc > 2:253838/1‑148 (MQ=255) cAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCAc > 7:95961/1‑147 (MQ=255) gTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAg > 3:82741/1‑148 (MQ=255) cAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTc < 1:206270/135‑1 (MQ=255) cAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTc > 2:206270/1‑135 (MQ=255) cTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCg > 5:118615/1‑149 (MQ=255) cTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGACGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCCCCg > 7:223609/1‑149 (MQ=255) gCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGGGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCCCGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCAGAAGTGGCCTCGTCCGGCTCCAGGATCGCCggg > 2:143386/1‑149 (MQ=255) tCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTg < 2:336995/149‑1 (MQ=255) cGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTg < 6:49598/148‑1 (MQ=255) cGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTg > 5:49598/1‑148 (MQ=255) ggCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGc < 6:118615/148‑1 (MQ=255) gCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCaa < 2:254269/149‑1 (MQ=255) gCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCaa > 7:220932/1‑149 (MQ=255) tCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAaca < 1:253838/149‑1 (MQ=255) ccAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCAc < 5:54543/121‑1 (MQ=255) ccAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCAc > 6:54543/1‑121 (MQ=255) aGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACg < 5:169053/149‑1 (MQ=255) gCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGc < 6:247728/149‑1 (MQ=255) cccGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGc > 5:13688/1‑148 (MQ=255) ccGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGa > 4:327376/1‑56 (MQ=255) ccGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGa < 3:327376/56‑1 (MQ=255) aTCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAg < 7:320033/95‑1 (MQ=255) aTCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAg > 8:320033/1‑95 (MQ=255) aTCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCgttgt < 4:82741/147‑1 (MQ=255) tCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTc < 5:96420/149‑1 (MQ=255) aGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCt < 3:151361/148‑1 (MQ=255) gcgTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCTGGCCCCCg < 8:95961/149‑1 (MQ=255) atcgCGGCCATCGACCAGCTGTTCGCCGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCTGGCCCCCgg > 1:61482/4‑149 (MQ=255) atcgCGGCCATCGACCAGCTGTTCGCCGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCTGGCCCCCg > 4:262295/4‑148 (MQ=255) ggccggcGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCTGGCCCCCGGACAAc < 1:301263/149‑1 (MQ=255) cggcGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCTGGCCCCCGGACAActgc > 2:95839/1‑149 (MQ=255) cGAACAGCTGGTCGATGGCCTCTATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCATCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCTGGCCCCCGGACAACTGCTgg < 8:1235/149‑1 (MQ=255) aaCAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCTGGCCCCCGGACAACTGCTGGcc > 8:188849/1‑149 (MQ=255) aaCAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCTGGCCCCCGGACAACTGCTGGcc < 8:220932/149‑1 (MQ=255) aCAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTGCACGCGCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCTGGCCCCCGGACAACTGCTGGCcg < 8:223609/149‑1 (MQ=255) cTGGTCGATGGCCACGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCTGGCCCCCGGACAACTGCTGGCCGCGCt > 7:250281/1‑149 (MQ=255) | GCGCACGTCAGTGCCCATGTTTGATCACCTCCTGCGCCAGTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCAT‑CCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCTGGCCCCCGGACAACTGCTGGCCGCGCT > NC_002947/3931760‑3932047 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |