Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,958,184 | A→T | 13.9% | L734H (CTT→CAT) ‡ | mnxG ← | manganese‑oxidizing multicopper oxidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,958,184 | 0 | A | T | 13.9% | 138.0 / 12.0 | 56 | L734H (CTT→CAT) ‡ | mnxG | manganese‑oxidizing multicopper oxidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/25); new base T (3/5); total (26/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.07e-01 |
GAACTGCATGGCTGCCTGCTCGACATCGGTGCCCTCTTCCGGCAGGTAGATGGGCTTGGCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTGCCGGGCCAGGGCCGGGTCGAGCATGTCCAGGGGCGGGGTTGGCGGGCGGTTGCCCACGCTGCTTTCCATGCCA > NC_002947/3958036‑3958330 | gAACTGCATGGCTGCCTGCTCGACATCGGTGCCCTCTTCCGGCAGGTAGATGGGCTTGGCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCaa < 2:342597/149‑1 (MQ=255) aaCTGCATGGCTGCCTGCTCGACATCGGTGCCCTCTTCCGGCAGGTAGATGGGCTTGGCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAg < 1:266705/149‑1 (MQ=255) aaCTGCATGGCTGCCTGCTCGACATCGGTGCCCTCTTCCGGCAGGTAGATGGGCTTGGCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAg > 6:38583/1‑149 (MQ=255) aaCTGCATGGCTGCCTGCTCGACATCGGTGCCCTCTTCCGGCAGGTAGATGGGCTTGGCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAg < 6:258476/149‑1 (MQ=255) aCTGCATGGCTGCCTGCTCGACATCGGTGCCCTCTTCCGGCAGGTAGATGGGCTTGGCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAgg < 5:71776/149‑1 (MQ=255) gCTGCCTGCTCGACATCGGTGCCCTCTTCCGGCAGGTAGATGGGCTTGGCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCACGGCGGCCTTGgccgccatg < 5:310594/149‑4 (MQ=255) cctgcTCGACATCGGTGCCCTCTTCCGGCAGGTAGATGGGCTTGGCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCTTGgccgccatgcact < 5:301352/149‑8 (MQ=255) cctgcTCGACATCGGTGCCCTCTTCCGGCAGGTAGATGGGCTTGGCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAg > 5:119001/1‑149 (MQ=255) cctgcTCGACATCGGTGCCCTCTTCCGGCAGGTAGATGGGCTTGGCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAg < 2:341079/149‑1 (MQ=255) gACATAGGTGCCCTCTTCCGGCAGGTAGATGGGCTTGGACTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGa > 3:18522/1‑149 (MQ=255) aTCGGTGCCCTCTTCCGGCAGGTAGATGGGCTTGGCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCt > 7:233686/1‑149 (MQ=255) ggTGCCCTCTTCCGGCAGGTAGATGGGCTTGGCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTgg < 2:160196/148‑1 (MQ=255) gCCCTCTTCCGGCAGGTAGATGGGCTTGGCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCg > 6:215408/1‑149 (MQ=255) gCCCTCTTCCGGCAGGTAGATGGGCTTGGCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCg > 5:316508/1‑149 (MQ=255) tctTCCGGCAGGTAGATGGGCTTGGCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATc > 5:194679/1‑149 (MQ=255) aGGTAGATGGGCTTGGCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGTCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGc < 1:60759/149‑1 (MQ=255) gATGGGCTTGGCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCcac < 5:215408/148‑1 (MQ=255) ggCTTGGCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTc > 8:176466/1‑126 (MQ=255) ggCTTGGCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTc < 7:176466/126‑1 (MQ=255) ggCTGGGCCTTGTGCAGGAGCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTTTCCGCTTCGCCTCCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCGGTCCCAGCGATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGc < 4:276710/149‑1 (MQ=255) gCTTGGCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCt > 6:154998/1‑149 (MQ=255) gCTTGGCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCt > 8:84830/1‑149 (MQ=255) cTTGGCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGgccgc < 4:144067/101‑1 (MQ=255) cTTGGCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGgccgc > 3:144067/1‑101 (MQ=255) ttGGCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCtt > 4:261423/1‑148 (MQ=255) ggCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCttt < 6:194679/147‑1 (MQ=255) ggCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTa < 6:316508/148‑1 (MQ=255) ggCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTAc > 6:151824/1‑149 (MQ=255) gCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTAc > 4:298167/1‑148 (MQ=255) ttGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACt > 3:279514/1‑149 (MQ=255) gtgCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTg < 5:151824/148‑1 (MQ=255) gACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCa < 4:18522/149‑1 (MQ=255) ttGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTg > 5:280546/1‑149 (MQ=255) cAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTGCCGGGCCAggg < 6:119001/149‑1 (MQ=255) cAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACACCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTGCCGGGCCAggg > 1:16035/1‑149 (MQ=255) tggtggtggtggTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTGCCGGGCCAGGGCCgg < 3:261423/148‑1 (MQ=255) tggtggtATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTGCCGGGCCAGGGCCGGGTCGAGc < 3:298167/149‑1 (MQ=255) tATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTGCCGGGCCAGGGCCgg < 1:343239/136‑1 (MQ=255) tATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTGCCGGGCCAGGGCCgg > 2:343239/1‑136 (MQ=255) tCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTGCCGGGCCAGGGCCGGGTCGAGCATGTCCAg < 8:233686/149‑1 (MQ=255) cGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTGCCGGGCCAGGGCCGGGTCGAGCATGTCCAggg > 5:152261/1‑149 (MQ=255) cGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTGCCGGGCCAGGGCCGGGTCGAGCATGTCCAggg < 6:280546/149‑1 (MQ=255) gCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTGCCGGGCCAGGGCCGGGTCGAGCATGTCCAgggg > 1:69925/1‑149 (MQ=255) ccGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTGCCGGGCCAGGGCCGGGTCGAGCATGTCCAGGGGCGGGGTTgg < 1:87149/149‑1 (MQ=255) cggcggAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTGCCGGGCCAGGGCCGGGTCGAGCATGTCCAGGGGCGGGGTTggc > 2:88547/1‑149 (MQ=255) ggAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTGCCGGGCCAGGGCCGGGTCGAGCATGTCCAGGGGCGGGGTTggcgggc > 2:315324/1‑149 (MQ=255) gCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTGCCGGGCCAGGGCCGGGTCGAGCATGTCCAGGGGCGGGGTTGGCGGGCGGTTGc < 1:73390/149‑1 (MQ=255) cctttGCATGGCGGCCATGGGCGCGGTCCCAGCCCTGGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACATGGCTTTACCACTGTCTGTGAGTTGCGGGGCCAGGGCCGGGTCGAGCATGTCCAGGGGCGGGGTTGGCGGGCGGTTGCCCACg < 2:69925/145‑1 (MQ=255) ggacggcggcCTTGGCCGCCATCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTGCCGGGCCAGGGCCg < 6:272820/96‑1 (MQ=255) ggacggcggcCTTGGCCGCCATCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTGCCGGGCCAGGGCCg > 5:272820/5‑100 (MQ=255) gacggcggcCTTGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTGCCGGGCCAGGGCCGGGTCGAGCATGTCCAGGGGCGGGGTTGGCGGGCGGTTGCCCACGCTGCtt > 1:125763/4‑149 (MQ=255) acggcggcCTTGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTGCCGGGCCAGGGCCGGGTCGAGCAt < 3:221187/106‑1 (MQ=255) acggcggcCTTGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTGCCGGGCCAGGGCCGGGTCGAGCAt > 4:221187/3‑108 (MQ=255) aTGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTGCCGGGCCAGGGCCGGGTCGAGCATGTCCAGGGGCGGGGTTGGCGGGCGGTTGCCCACGCTGCttt > 1:294055/1‑149 (MQ=255) tGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTGCCGGGCCAGGGCCGGGTCGAGCATGTCCAGGGGCGGGGTGGGCGGGCGGTTGCCCACGCTGCTTTc < 5:154998/149‑1 (MQ=255) ccAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTGCCGGCCCTGGCCCgg < 2:111698/92‑1 (MQ=255) cAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTGCCGGGCCAGGGCCGGGTCGAGCATGTCCAGGGGCGGGGTTGGCGGGCGGTTGCCCACGCTGCTTTCCATGCCa < 1:315324/149‑1 (MQ=255) | GAACTGCATGGCTGCCTGCTCGACATCGGTGCCCTCTTCCGGCAGGTAGATGGGCTTGGCCTTGTGCACGACCTTGGTGAAGTCCAGTTTGGTGGTGGTGGTATCCGCTACGCCACCGGCGGAGACGCCGTCCAGTGCATGGCGGCCAAGGCCGCCGTCCCAGCCATCGACCTGGTTCGCATCCAGGTTGGCCCACAGGGCTTTACCACTGTCTTTCAGTTGCCGGGCCAGGGCCGGGTCGAGCATGTCCAGGGGCGGGGTTGGCGGGCGGTTGCCCACGCTGCTTTCCATGCCA > NC_002947/3958036‑3958330 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |