Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,959,653 | G→A | 8.0% | L244L (CTC→CTT) | mnxG ← | manganese‑oxidizing multicopper oxidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,959,653 | 0 | G | A | 8.0% | 144.0 / 2.6 | 50 | L244L (CTC→CTT) | mnxG | manganese‑oxidizing multicopper oxidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/20); new base A (2/2); total (28/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 |
TTGCCGTTGACCATGGCAATGATCGGTTTGCCGGCCTTGCCTTCGGCGATCCACGGTTCGACCTGCGGATAACGGGCTTCGTAGTCGATCACGGGCTGGCCGGTGGCGGTTCGCCCCGTGGTGGCCAGGCGCATTTCTTCTTCAGTGAGGGTGTTGCGGTAGGTACGGCCCAGTTTGGGCAC‑GACCACCACCTGGCCGAACAGGCCGTTGGAGACGTTGCCCGCCGTGCCCTCGCCGCCGAACGTAGCGGCTTTGCTGGTGGCGGCGAAGGCCCCTTCGCGCTCG > NC_002947/3959507‑3959791 | ttGCCGTTGACCATGGCAATGATCGGTTTGCCGGCCTTGCCTTCGGCGATCCACGGTTCGACCTGCGGATAACGGGCTTCGTAGTCGATCACGGGCTGGCCGGTGGCGGTTCGCCCCGTGGTGGCCAGGCGCATTTCTTCTTCAGTGAg > 6:167764/1‑149 (MQ=255) aCCATGGCAATGATCGGTTTGCCGGCCTTGCCTTCGGCGATCCACGGTTCGACCTGCGGATAACGGGCTTCGTAGTCGATCACGGGCTGGCCGGTGGCGGTTCGCCCCGTGGTGGCCAGGCGCATTTCTTCTTCAGTGAGGGTGTTGCg > 7:227213/1‑149 (MQ=255) catcccAATCACCGGATCGCCGGCCTCGCCCTCGCCGACCCACGCTTCGACCTGCCGATAACGGGCTTCCTACTCCATCACGGGCTGGCCGGTGGCGGATCGCCCCGTGGTGGCCAGGCGCATTTCTTCTTCACTGAGGGTGTTGCggt < 4:322510/144‑1 (MQ=255) cATGGCAATGATCGGTTTGCCGGCCTTGCCTTCGGCGATCCACGGTTCGACCTGCGGATAACGGGCTTCGTAGTCGATCACGGGCTGGCCGGTGGCGGTTCGCCCCGTGGTGGCCAGGCGCATTTCTTCTTCAGTGAGGGTGTTGCgg > 3:322510/1‑148 (MQ=255) cATGGCAATGATCGGTTTGCCGGCCTTGCCTTCGGCGATCCACGGTTCGACCTGCGGATAACGGGCTTCGTAGTCGATCACGGGCTGGCCGGTGGCGGTTCGCCCCGTGGTGGCCAGGCGCATTTCTTCTTCAGTGAGGGTGTTGCgg > 1:336872/1‑148 (MQ=255) ggCAATGATCGGTTTGCCGGCCTTGCCTTCGGCGATCCACGGTTCGACCTGCGGATAACGGGCTTCGTAGTCGATCACGGGCTGGCCGGTGGCGGTTCGCCCCGTGGTGGCCAGGCGCATTTCTTCTTCAGTGAGGGTGTTGCggtagg > 5:139796/1‑149 (MQ=255) ggCAATGATCGGTTTGCCGGCCTTGCCTTCGGCGATCCACGGTTCGACCTGCGGATAACGGGCTTCGTAGTCGATCACGGGCTGGCCGGTGGCGGTTCGCCCCGTGGTGGCCAGGCGCATTTCTTCTTCAGTGAGGGTGTTGCggtagg > 2:311391/1‑149 (MQ=255) aaTGATCGGTTTGCCGGCCTTGCCTTCGGCGATCCACGGTTCGACCTGCGGATAACGGGCTTCGTAGTCGATCACGGGCTGGCCGGTGGCGGTTCGCCCCGTGGTGGCCAGGCGCATTTCTTCTTCAGTGAGGGTGTTGCGGTAGGTAc > 2:75884/1‑149 (MQ=255) gTTTGCCGGCCTTGCCTTCGGCGATCCACGGTTCGACCTGCGGATAACGGGCTTCGTAGTCGATCACGGGCTGGCCGGTGGCGGTTCGCCCCGTGGTGGCCAGGCGCATTTCTTCTTCAGTGAGGGTGTTGCGGTAGGTACGGCCCAGt < 1:98095/149‑1 (MQ=255) 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6:291631/132‑1 (MQ=255) tCCACGGTTCGACCTGCGGATAACGGGCTTCGTAGTCGATCACGGGCTGGCCGGTGGCGGTTCGCCCCGTGGTGGCCAGGCGCATTTCTTCTTCAGTGAGGGTGTTGCGGTAGGTACGGCCCAGTTTGGGCAC‑GACCACCACCTGGcc > 3:307662/1‑148 (MQ=255) tCCACGGTTCGACCTGCGGATAACGGGCTTCGTAGTCGATCACGGGCTGGCCGGTGGCGGTTCGCCCCGTGGTGGCCAGGCGCATTTCTTCTTCAGTGAGGGTGTTGCGGTAGGTACGGCCCAGTTTGGGCAC‑GACCACCACCTGGCCg < 3:255630/149‑1 (MQ=255) cACGGTTCGACCTGCGGATAACGGGCTTCGTAGTCGATCACGGGCTGGCCGGTGGCGGTTCGCCCCGTGGTGGCCAGGCGCATTTCTTCTTCAGTGAGGGTGTTGCGGTAGGTACGGCCCAGTTTGGGCAC‑GACCACCACCTg > 8:52852/1‑143 (MQ=255) cACGGTTCGACCTGCGGATAACGGGCTTCGTAGTCGATCACGGGCTGGCCGGTGGCGGTTCGCCCCGTGGTGGCCAGGCGCATTTCTTCTTCAGTGAGGGTGTTGCGGTAGGTACGGCCCAGTTTGGGCAC‑GACCACCACCTg < 7:52852/143‑1 (MQ=255) cGGTTCGACCTGCGGATAACGGGCTTCGTAGTCGATCACGGGCTGGCCGGTGGCGGTTCGCCCCGTGGTGGCCAGGCGCATTTCTTCTTCAGTGAGGGTGTTGCGGTAGGTACGGCCCAGTTTGGGCAC‑GACCACCACCTGGCCGAACa < 6:139796/149‑1 (MQ=255) 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2:336872/148‑1 (MQ=255) ggCTTCGTAGTCGATCACGGGCTGGCCGGTGGCGGTTCGCCCCGTGGTGGCCAGGCGCATTTCTTCTTCAGTGAGGGTGTTGCGGTAGGTACGGCCCAGTTTGGGCAC‑GACCACCACCTGGCCGAACAGGCCGTTGGAGACGTTGCccg > 8:309447/1‑149 (MQ=255) ttCGTAGTCGATCACGGGCTGGCCGGTGGCGGTTCGCCCCGTGGTGGCCAGGCGCATTTCTTCTTCAGTGAGGGTGTTGCGGTAGGTACGGCCCAGTTTGGGCAC‑GACCACCACCTGGCCGAACAGGCCGTTGGAGACGTTGCccgccg > 5:320333/1‑149 (MQ=255) gATCACGGGCTGGCCGGTGGCGGTTCGCCCCGTGGTGGCCAGGCGCATTTCTTCTTCAGTGAGGGTGTTGCGGTAGGTACGGCCCAGTTTGGGCAC‑GACCACCACCTGGCCGAACAGGCCGTTGGAGACGTTGCCCGCCGTGcccaaac > 5:32427/1‑145 (MQ=255) gATCACGGGCTGGCCGGTGGCGGTTCGCCCCGTGGTGGCCAGGCGCATTTCTTCTTCAGTGAGGGTGTTGCGGTAGGTACGGCCCAGTTTGGGCAC‑GACCACCACCTGGCCGAACAGGCCGTTGGAGACGTTGCCCGCCGTGCCCTcgc > 3:329222/1‑149 (MQ=255) tGGCCGGTGGCGGTTCGCCCCGTGGTGGCCAGGCGCATTTCTTCTTCAGTGAGGGTGTTGCGGTAGGTACGGCCCAGTTTGGGCAC‑GACCACCACCTGGCCGAACAGGCCGTTGGAGACGTTGCCCGCCGTGCCCTCGCCGCCGAACg > 5:111856/1‑148 (MQ=255) 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tcttcttcAGTGAGGGTGTTGCGGTAGGTACGGCCCAGTTTGGGCAC‑GACCACCACCTGGCCGAACAGGCCGTTGGAGACGTTGCCCGCCGTGCCCTCGCCGCCGAACGTAGCGGCTTTGCTGGTGGCGGCGAAGGc > 3:21637/1‑137 (MQ=255) cttcttcAGTGAGGGTGTTGCGGTAGGTACGGCCCAGTTTGGGCAC‑GACCACCACCTGGCCGAACAGGCCGTTGGAGACGTTGCCCGCCGTGCCCTCGCCGCCGAACGTAGCGGCTTTGCTGGTGGCGGCGAAGGCCCCTTCGCGCTc < 3:82814/148‑1 (MQ=255) ttcttcAGTGAGGGTGTTGCGGTAGGTACGGCCCAGTTTGGGCACGGACCACCACCTGGCCGAACAGGCCGTTGGAGACGTTGCCCGCCGTGCCCTCGCCGCCGAACGTAGCGGCTTTGCTGGTGGCGGCGAAGGCCCCTTCGCGCTCg > 1:76775/1‑149 (MQ=255) | TTGCCGTTGACCATGGCAATGATCGGTTTGCCGGCCTTGCCTTCGGCGATCCACGGTTCGACCTGCGGATAACGGGCTTCGTAGTCGATCACGGGCTGGCCGGTGGCGGTTCGCCCCGTGGTGGCCAGGCGCATTTCTTCTTCAGTGAGGGTGTTGCGGTAGGTACGGCCCAGTTTGGGCAC‑GACCACCACCTGGCCGAACAGGCCGTTGGAGACGTTGCCCGCCGTGCCCTCGCCGCCGAACGTAGCGGCTTTGCTGGTGGCGGCGAAGGCCCCTTCGCGCTCG > NC_002947/3959507‑3959791 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |