Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,138,022 | A→T | 6.7% | F55Y (TTC→TAC) ‡ | PP_3641 ← | cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,138,022 | 0 | A | T | 6.7% | 177.0 / 2.7 | 60 | F55Y (TTC→TAC) ‡ | PP_3641 | cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/28); new base T (2/2); total (30/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.10e-01 |
CACCGTAGCGGCCAAACTGGCCACGGCTTTGCACCATTTGCGGAATGCCCAGCTGCGGCCCCTGTGCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAGGTCGCGCGCCTTCCCATGGCGCTCGGCAGGTGGAACGTAATCGACCGTGTGATTCTCGACAAACTGGTGT > NC_002947/4137876‑4138165 | cACCGTAGCGGCCAAACTGGCCACGGCTTTGCACCATTTGCGGAATGCCCAGCTGCGGCCCCTGTGCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAac < 4:159299/149‑1 (MQ=255) cGTAGCGGCCAAACTGGCCACGGCTTTGCACCATTTGCGGAATGCCCAGCTGCGGCCCCTGTGCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACAcc < 3:204680/149‑1 (MQ=255) tAGCGGCCAAACTGGCCACGGCTTTGCACCATTTGCGGAATGCCCAGCTGCGGCCCCTGTGCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCTCGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTg < 5:354278/149‑1 (MQ=255) ggCCAAACTGGCCACGGCTTTGCACCATTTGCGGAATGCCCAGCTGCGGCCCCTGTGCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGac > 3:141228/1‑148 (MQ=255) ggCCAAACTGGCCACGGCTTTGCACCATTTGCGGAATGCCCAGCTGCGGCCCCTGTGCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTCCA‑GGTGTTCCACCTGAacc > 1:268744/1‑149 (MQ=255) ggCCAAACTGGCCACGGCTTTGCACCATTTGCGGAATGCCCAGCTGCGGCCCCTGTGCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTCCA‑GGTGTTCCACCTGAacc < 2:268744/149‑1 (MQ=255) tttGCACCATTTGCGGAATGCCCAGCTGCGGCCCCTGTGCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCAc > 2:178305/1‑148 (MQ=255) cACCATTTGCGGAATGCCCAGCTGCGGCCCCTGTGCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATa < 6:256352/148‑1 (MQ=255) cACCATTTGCGGAATGCCCAGCTGCGGCCCCTGTGCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAg > 8:268834/1‑149 (MQ=255) aCCATTTGCGGAATGCCCAGCTGCGGCCCCTGTGCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTCCA‑GGTGTTCCACCTGAac < 4:72143/125‑1 (MQ=255) aCCATTTGCGGAATGCCCAGCTGCGGCCCCTGTGCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTCCA‑GGTGTTCCACCTGAac > 3:72143/1‑125 (MQ=255) cATTTGCGGAATGCCCAGCTGCGGCCCCTGTGCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGaccacc < 5:105051/127‑1 (MQ=255) aTTTGCGGAATGCCCAGCTGCGGCCCCTGTGCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAg > 6:179035/1‑149 (MQ=255) gCGGAATGCCCAGCTGCGGCCCCTGTGCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGgc > 6:290251/1‑149 (MQ=255) gAATGCCCAGCTGCGGCCCCTGTGCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGcgcg < 5:290251/149‑1 (MQ=255) ccAGCTGCGGCCCCTGTGCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTg > 8:27893/1‑149 (MQ=255) ccAGCAGCGGCCCCTGGGCAGATGCCATGGCGATGACCACGCCCCCGACCATCTGGCCCATCACGTTGGCGATCATGCCCCACAACAGGTTCATGCTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGtt < 1:262674/149‑1 (MQ=255) aGCTGCGGCCCCTGTGCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTgg > 4:226565/1‑148 (MQ=255) aGCTGCGGCCCCTGTGCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGt < 7:268834/149‑1 (MQ=255) gCTGCGGCCCCTGTGCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTa < 1:178305/149‑1 (MQ=255) cGGCCCCTGTGCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGCCCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTg > 8:267153/1‑148 (MQ=255) gCCCCTGTGCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCATCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAAc < 4:319773/149‑1 (MQ=255) cTGTGCAGAGGCCTGGGCGATGACCACGCCCCCGTCCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCAGAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGAGCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCaga < 3:238473/149‑1 (MQ=255) tgtgCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCACGACCAGATGGCCAAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGAccacca > 2:266894/1‑100 (MQ=255) tgCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCTCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAgg < 7:88241/148‑1 (MQ=255) gCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTgg > 6:186883/1‑133 (MQ=255) gCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTgg < 5:186883/133‑1 (MQ=255) agagGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCCGAGGGTg > 5:283446/1‑148 (MQ=255) agagGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTg > 1:304847/1‑148 (MQ=255) agGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTg < 5:325930/117‑1 (MQ=255) agGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTg > 6:325930/1‑117 (MQ=255) agGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCCGGCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGAACTGAACCAGAGGGTGAAc > 6:294388/1‑149 (MQ=255) gCCAGGGCGTTGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAg > 2:220579/1‑149 (MQ=255) gCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAg < 5:179035/149‑1 (MQ=255) gCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAg > 7:310738/1‑149 (MQ=255) cgttGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAGGTcgcgc < 1:220579/146‑1 (MQ=255) ccACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAGGTCGCGCGCCTTc > 2:176148/1‑149 (MQ=255) cccccGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAGGTCGCGCGCCTTCCCATg < 3:117381/149‑1 (MQ=255) ccccGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAGGTCGCGCGCCTTCCCATgg > 4:278208/1‑149 (MQ=255) cGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGAt < 6:270875/100‑1 (MQ=255) cGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGAt > 5:270875/1‑100 (MQ=255) tGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAGGTCGCGCGCCTTCCCATGGCGCTCGGCAg < 3:226565/148‑1 (MQ=255) gCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAGGTCGCGCGCCTTCCCATGGCGCTCGGCAGGt < 3:278208/148‑1 (MQ=255) cccAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAGGTCGCGCGCCTTCCCATGGCGCTCGGCAGGTg > 2:94555/1‑148 (MQ=255) ccAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAGGTCGCGCGCCTTCCCATGGCGCTCGGCAGGTgg > 7:85782/1‑148 (MQ=255) cAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAGGTCGCGCGCCTTCCCATGGCGCTCGGCAGGTgg > 4:58699/1‑147 (MQ=255) cAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAGGTCGCGCGCCTTCCCATGGCGCTCGGCAGGTgg < 3:58699/147‑1 (MQ=255) cAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAGGTCGCGCGCCTTCCCATGGCGCTCGGCAGGTGGaa < 7:267153/149‑1 (MQ=255) gATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAGGTCGCGCGCCTTCCCATGGCGCTCGGCAGGTGGAACGTAAt > 2:10493/1‑149 (MQ=255) aGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAGGTCGCGCGCCTTCCCATGGCGCTCGGCAGGTGGAACGTAATCGACCgtgt < 1:176148/148‑1 (MQ=255) ggCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAGGTCGCGCGCCTTCCCATGGCGCTCGGCAGGTGGAACGTAATCGACCGTGTGa < 4:231188/149‑1 (MQ=255) ggCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAGGTCGCGCGCCTTCCCATGGCGCTCGGCAGGTGGAACGTAATCGACCGTGTGa > 3:231188/1‑149 (MQ=255) cccACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATG‑TGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAGGTCGCGCGCCTTCCCATGGCGCTCGGCAGGTGGAACTTAATCGACCGTGTGATtct > 5:68071/1‑149 (MQ=255) ccACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAGGTCGCGCGCCTTCCCATGGCGCTCGGCAGGTGGAACGTAATCGACCGTGTGATtct < 1:10493/149‑1 (MQ=255) cacaACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAGGTCGCGCGCCTTCCCATGGCGCTCGGCAGGTGGAACGTAATCGACCGTGTGATtctc < 3:90880/149‑1 (MQ=255) acaacaGGTTCA‑GGTGGAACACATGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGTCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAGGTCGCGAGCCTTCCCATGGAGCTCGGCAGGTGGAAAGTAATCGACCGTGTGATtctc > 8:25979/1‑148 (MQ=255) ggTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAGGTCGCGCGCCTTCCCATGGCGCTCGGCAGGTGGAACGTAATCGACCGTGTGATTCTCGACAAAc < 8:310738/149‑1 (MQ=255) ttCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAGGTCGCGCGCCTTCCCATGGCGCTCGGCAGGTGGAACGTAATCGACCGTGTGATTCTCGACAAACTg < 8:85782/149‑1 (MQ=255) ggTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAGGTCGCGCGCCTTCCCATGGCGCTCGGCAGGTGGAACGTAATCGACCGTGTGATTCTCGACAAACTGgtgt > 3:198088/1‑149 (MQ=255) ggTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAGGTCGCGCGCCTTCCCATGGCGCTCGGCAGGTGGAACGTAATCGACCGTGTGATTCTCGACAAACTGgtgt > 2:227178/1‑149 (MQ=255) | CACCGTAGCGGCCAAACTGGCCACGGCTTTGCACCATTTGCGGAATGCCCAGCTGCGGCCCCTGTGCAGAGGCCAGGGCGATGACCACGCCCCCGACCAGATGGCCCAGCACGATGGCGATCAGGCCCCACAACAGGTTCA‑GGTGGAACACCTGGACCACCATGGCGCCGGTCACGATAGGCAGTGGCGCGATGTTGGTACTGAACCAGAGGGTGAACAGGTCGCGCGCCTTCCCATGGCGCTCGGCAGGTGGAACGTAATCGACCGTGTGATTCTCGACAAACTGGTGT > NC_002947/4137876‑4138165 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |