| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,138,586 | T→G | 17.2% | S29A (TCG→GCG) ‡ | PP_3643 → | oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,138,586 | 0 | T | G | 17.2% | 76.4 / 12.4 | 35 | S29A (TCG→GCG) ‡ | PP_3643 | oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/10); new base G (3/3); total (22/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.14e-01 | |||||||||||
TATACCATCAGACACATCAACGATAAAAACCGCGGACCACCGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTT‑CTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATCAAGCAGAAGCGCTTTGCCATTCACCTGCTGTCCGGTGAACAG > NC_002947/4138438‑4138732 | tataCCATCAGACACATCAACGATAAAAACCGCGGACCACCGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTT‑CTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCt < 6:203921/149‑1 (MQ=255) acaTCAACGATAAAAACCGCGGACCACCGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTT‑CTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGCCGACGACCGAGCCGTCGT‑CGTCCt < 4:94627/149‑1 (MQ=255) acaTCAACGATAAAAACCGCGGACCACCGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTT‑CTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCt < 5:54829/149‑1 (MQ=255) aTCAACGATAAAAACCGCGGACCACCGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTT‑CTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGa > 6:349498/1‑149 (MQ=255) aTCAACGATAAAAACCGCGGACCACCCCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGAAGCAACTGTCTACAAGAACGTA‑CTGGGCTCCTTCCCCTCCGGCGAAACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGa > 5:74159/1‑149 (MQ=255) aTCAACGATAAAAACCGCGGACCACAGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTT‑CTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGa > 3:59035/1‑149 (MQ=255) aaCGATAAAAACCGCGGACCACCGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTT‑CTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGCCGACGACCGAGCCGTCGT‑CGTCCTgggtg < 3:261079/149‑5 (MQ=255) aaCCGCGGACCACCGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTT‑CTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGACCGCCAGCGCCt > 7:77697/1‑149 (MQ=255) ttCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTT‑CTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGCCGACGACCGAGCCGtcgt‑cgtc < 1:270819/112‑3 (MQ=255) ttCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTT‑CTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGCCGACGACCGAGCCGtcgt‑cgtc > 2:270819/1‑110 (MQ=255) ggTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTT‑CTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCcgccgc < 8:77697/149‑1 (MQ=255) ccGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTT‑CTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCt > 5:213968/1‑149 (MQ=255) ccGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTT‑CTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCt > 8:234521/1‑149 (MQ=255) ccGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTT‑CTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCt > 7:247234/1‑149 (MQ=255) gatgatCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTTGCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGCCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTg > 1:211579/1‑149 (MQ=255) tCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTT‑CTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCtcctcc < 1:190134/117‑1 (MQ=255) tCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTT‑CTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCtcctcc > 2:190134/1‑116 (MQ=255) aaCTGTCTACAAGAACGTT‑CTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAAc > 3:263843/1‑148 (MQ=255) gtGTCTACAAGCCGCTT‑CGGGGCGCCTCCCCGCCGGGCGTTACCGTCTTCCCCACCCCGCACCACGAGGGCTCGGTCGT‑GGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTac < 6:213968/148‑1 (MQ=25) cTGTCTACAAGAACGTT‑CTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTac < 4:263843/149‑1 (MQ=255) aCAAGAACGTT‑CTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTcc > 7:237189/1‑149 (MQ=255) aaGAACGTT‑CTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGa < 2:211579/149‑1 (MQ=255) aCGTT‑CTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTc < 4:59035/148‑1 (MQ=255) cccGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTac > 2:99885/1‑121 (MQ=255) cccGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTac < 1:99885/121‑1 (MQ=255) ccGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTAGGTCGT‑CGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATc > 5:274793/1‑147 (MQ=255) gTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATCAAg > 3:319219/1‑148 (MQ=255) gCGTTACCGTCATCACCCCCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGCCCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGAGGGCCCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATCAAGCAGAAg > 6:101842/1‑149 (MQ=255) cGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATCAAGCAGAAGCGCTTTg > 1:9127/1‑149 (MQ=255) tcaCCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATCAAGCAGAAGCGCTTTGCCAtt < 8:237189/149‑1 (MQ=255) tcaCCACCCAGGACGACAACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATCAAGCAGAAGCGCTTTGCCAtt > 5:271521/1‑149 (MQ=255) caccacCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATCAAGCAGAAGCGCTTTGCCAtt > 8:242682/1‑148 (MQ=255) ccaccCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATCAAGCAGAAGCGCTTTGCCATTCAc < 8:247234/149‑1 (MQ=255) caccCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATCAAGCAGAAGCGCTTTGCCATTCAcc > 6:145532/1‑149 (MQ=255) tcAGGCCGACGACCGAGCCGTCGT‑CGTCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCTAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATCAAGCAGAAGCGCTTTGCCATTCACctgc > 1:302090/2‑149 (MQ=37) ggccgacgaccGAGCCGTCGT‑CGTCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATCAAGCAGAAGCGCTTTGCCATTCACCTGCTGt > 8:27803/4‑149 (MQ=37) tCGGTCGT‑CGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATCAAGCAGAAGCGCTTTGCCATTCACCTGCTGTCCGGTGAAcag > 2:120233/1‑147 (MQ=255) | TATACCATCAGACACATCAACGATAAAAACCGCGGACCACCGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTT‑CTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGT‑CGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATCAAGCAGAAGCGCTTTGCCATTCACCTGCTGTCCGGTGAACAG > NC_002947/4138438‑4138732 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |