Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 358,090 | T→C | 13.6% | intergenic (+58/‑72) | tdcG‑I → / → PP_5441 | L‑serine dehydratase/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 358,090 | 0 | T | C | 13.6% | 98.9 / 6.6 | 45 | intergenic (+58/‑72) | tdcG‑I/PP_5441 | L‑serine dehydratase/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/19); new base C (4/2); total (23/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGCACCATGCGCGATACCGGCGCCGATATGCACGACAAGTACAAAGAGACCTCGCGCGGCGGCCTGGCGGTCAGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGT > NC_002947/357943‑358238 | cGCACCATGCGCGATACCGGCGCCGATATGCACGACAAGTACAAAGAGACCTCGCGCGGCGGCCTGGCGGTCAGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTCCTACAGGAACtgtg < 7:37273/149‑1 (MQ=255) cGCACCATGCGCGATACCGGCGCCGATATGCACGACAAGTACAAAGAGACCTCGCGCGGCGGCCTGGCGGTCAGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTCCTACAGGAACtgtg < 2:59903/149‑1 (MQ=255) cGCACCATGCGCGATACCGGCGCCGATATGCACGACAAGTACAAAGAGACCTCGCGCGGCGGCCTGGCGGTCAGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTCCTACAGGAACtgt < 3:39328/148‑1 (MQ=255) cgcgATACCGGCGCCGATATGCACGACAAGTACAAAGAGACCTCGCGCGGCGGCCTGGCGGTCAGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCt < 4:339129/148‑1 (MQ=255) gcgATACCGGCGCCGATATGCACGACAAGTACAAAGAGACCTCGCGCGGCGGCCTGGCGGTCAGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGt < 3:75422/149‑1 (MQ=255) cgATACCGGCGCCGATATGCACGACAAGTACAAAGAGACCTCGCGCGGCGGCCTGGCGGTCAGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTa < 7:90926/149‑1 (MQ=255) tACCGGCGCCGATATGCACGACAAGTACAAAGAGACCTCGCGCGGCGGCCTGGCGGTCAGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGa < 8:200412/149‑1 (MQ=37) cGGCGCCGATATGCACGACAAGTACAAAGAGACCTCGCGCGGCGGCCTGGCGGTCAGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTACTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCg > 7:170736/1‑149 (MQ=255) ggCGCCGATATGCACGACAAGTACAAAGAGACCTCGCGCGGCGGCCTGGCGGTCAGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCgg < 5:314489/149‑1 (MQ=255) ggCGCCGATATGCACGACAAGTACAAAGAGACCTCGCGCGGCGGCCTGGCGGTCAGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCgg < 2:42162/149‑1 (MQ=255) gcgcCGATATGCACGACAAGTACAAAGAGACCTCGCGCGGCGGCCTGGCGGTCAGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGCGCggg > 5:308219/1‑149 (MQ=255) gcgcCGATATGCACGACAAGTACAAAGAGACCTCGCGCGGCGGCCTGGCGGTCAGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCggg < 6:10015/149‑1 (MQ=255) atGCACGACAAGTACAAAGAGACCTCGCGCGGCGGCCTGGCGGTCAGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCcg > 2:271877/1‑149 (MQ=255) aaGTACAAAGAGACCTCGCGCGGCGGCCTGGCGGTCAGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGGAGGAGCGGGCTTGCGCGCGAAGAGGc > 6:322035/1‑149 (MQ=255) agagACCTCGCGCGGCGGCCTGGCGGTCAGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAgg > 8:88734/1‑149 (MQ=255) ccTCGCGCGGCGGCCTGGCGGTCAGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GAt < 1:97576/149‑1 (MQ=255) cTCGCGCGGCGGCCTGGCGGTCAGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑CAGCCCGCGCCTACAGGAACTGTGGGATACCTGTTGGCGCGGGCTTGGCCGCGCAGAGGGCCGTGGGGGG‑GATg > 1:317081/1‑149 (MQ=255) tCGCGCGGCGGCCTGGCGGTCAGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTCCTACCGGGACTGTGCAATGCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGGT‑GATGc > 7:190501/1‑149 (MQ=255) gcgcgGCGGCCTGGCGGTCAGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑CAACCCGCGACGAAACGACAAGTGGAATACCAGTAGGCGCGGGGGTTCCCGCGAACAGGCCCCTGCGGCG‑Gagtcag > 8:127589/1‑144 (MQ=255) gcgcgGCGGCCTGGCGGTCAGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAACCCCCTACTACACGCACAGTGGCAAACCGGTAGGCGAGGGGGTGCACCCGCACAGGCCCGTGAGGCT‑GAGGCAg > 8:123004/1‑149 (MQ=255) gcggcgGCCTGGCGGTCAGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGt > 8:65420/1‑149 (MQ=255) gCGGTCAGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGCAAAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCGGGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑TATGCAGGTGCAACACAAc > 1:271092/1‑149 (MQ=38) ggTCAGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGTGCAACACAACCGc < 7:65420/149‑1 (MQ=255) aGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGTGCAACACAACCGCCTAt > 2:32621/1‑149 (MQ=255) cgcTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGGAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGc > 8:171272/1‑149 (MQ=255) cgcTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGc < 7:88734/149‑1 (MQ=255) gcGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑TAGCCCGCTCGTACAGCAACTGTGCAAACCCTGTAGGAGCGGGGTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCctct < 5:322035/147‑1 (MQ=255) gTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATg < 1:32621/149‑1 (MQ=255) aGCTTACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGA‑AAGCCCGCTCCTACTGTAACTGTGCAATCCCTTTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATgg < 6:308219/147‑1 (MQ=38) cTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCCCTACGTCACGAACTGTGCCATCCCAGGAGGAGCCGGGTTGGCCGCGAAGAGGGCCTTGAGGGT‑GATGGAGGGGGCAAACAACCGCCTATGGCGAGTTATGGTGGGGGGCTGGGGGcccccc > 2:277544/1‑147 (MQ=255) ggccctttCGCGGCC‑AAGCCCGCCCCAACCGCACCTGTGCAACCCCTGACGCCGGGGGGTTGCCGGCTATTAGGCCCTTGAGGCTCCATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTa < 1:271877/141‑1 (MQ=255) ccTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGAAATcc > 3:309114/1‑43 (MQ=255) c‑AAGCCCGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATgg < 8:52360/120‑1 (MQ=21) c‑AAGCCCGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATgg > 7:52360/1‑120 (MQ=21) c‑AAGCCCGCTCCTACAGCAACTTTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTcg < 8:170736/149‑1 (MQ=255) gCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATgg > 4:237748/1‑117 (MQ=255) gCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATgg < 3:237748/117‑1 (MQ=255) gCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGAtcgtc > 4:3916/1‑138 (MQ=255) gCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGAtcgtc < 3:3916/138‑1 (MQ=255) gCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGa < 7:171272/149‑1 (MQ=255) cccGGTCCTACAGTACGTGTGCAATCGCTGTAGTACGGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGAt < 7:128184/149‑1 (MQ=255) cGCACCTACAGAAACGGGGAACCCCCTGATGGTGGGGGCTTCCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCa < 5:294606/149‑1 (MQ=255) tCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAgtg > 8:257955/1‑149 (MQ=37) tCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAgtg > 6:301538/1‑149 (MQ=37) tCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTCTAGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCTTGACTCT‑GATGCAGGTGCAACACAACCGCCAATGCCTCTTAATGGTGCGGTGATGGCCGCCCCGCCAACAGATCGTCGGATGTCGCGATCAgtg > 6:340847/1‑149 (MQ=21) aaccgcaaCGGTCCACTCCCTGTAGGCGCGGGCGTCCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTgg < 3:185086/143‑1 (MQ=255) aCAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTggg > 8:308689/1‑149 (MQ=255) cAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGTACAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGc > 2:175881/1‑149 (MQ=255) tgCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGt > 1:219380/1‑149 (MQ=255) | CGCACCATGCGCGATACCGGCGCCGATATGCACGACAAGTACAAAGAGACCTCGCGCGGCGGCCTGGCGGTCAGCGCTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGC‑AAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCT‑GATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGT > NC_002947/357943‑358238 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |