Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,204,033 | G→T | 8.5% | A1248E (GCG→GAG) | PP_3691 ← | DNA helicase‑related protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,204,033 | 0 | G | T | 8.5% | 131.0 / 3.8 | 47 | A1248E (GCG→GAG) | PP_3691 | DNA helicase‑related protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/23); new base T (2/2); total (22/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.66e-01 |
CACAGCCTGACGTGCAATCTCAAGCTTGGTCTTCAGGTCACTCCAGACCGGTACCAACTCTCGCAGGTCAGCCAGGTCGGACAGATCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATCCCGACGCTCAGCCTGGAAGCGCAGCGCTGCAGTAAGGAGTTCAATGTTAGTGTCCTTGCCGCACCAAAGCTGCTGAGTGCT > NC_002947/4203894‑4204178 | cacaGCCTGACGTGCAATCTCAAGCTTGGTCTTCAGGTCACTCCAGACCGGTACCAACTCTCGCAGGTCAGCCAGGTCGGACAGATCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGc > 8:266699/1‑149 (MQ=255) gCCTGACGTGCAATCTCAAGCTTGGTCTTCAGGTCACTCCAGACCGGTACCAACTCTCGCAGGTCAGCCAGGTCGGACAGATCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGcc < 8:77779/149‑1 (MQ=255) aCGTGCAATCTCAAGCTTGGTCTTCAGGTCACTCCAGACCGGTACCAACTCTCGCAGGTCAGCCAGGTCGGACAGATCACGTTCAACCTCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCcctc < 1:303660/147‑1 (MQ=255) aCGTGCAATCTCAAGCTTGGTCTTCAGGTCACTCCAGACCGGTACCAACTCTCGCAGGTCAGCCAGGTCGGACAGATCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCcctc < 6:74719/147‑1 (MQ=255) gCAATCTCAAGCTTGGTCTTCAGGTCACTCCAGACCGGTACCAACTCTCGCAGGTCAGCCAGGTCGGACAGATCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCAc > 7:263442/1‑149 (MQ=255) ctcAAGCTTGGTCTTCAGGTCACTCCAGACCGGTACCAACTCTCGCAGGTCAGCCAGGTCGGACAGATCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTg > 1:259891/1‑149 (MQ=255) aaGCTTGGTCTTCAGGTCACTCCAGACCGGTACCAACTCTCGCAGGTCAGCCAGGTCGGACAGATCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTgg < 7:266699/147‑1 (MQ=255) aaGCTTGGTCTTCAGGTCACTCCAGACCGGTACCAACTCTCGCAGGTCAGCCAGGTCGGACAGATCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTgg < 7:4320/147‑1 (MQ=255) ttCAGGTCACTCCAGACCGGTACCAACTCTCGCAGGTCAGCCAGGTCGGACAGATCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACATGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACATCTGCCCTCCTGCACTTCTGGGTCATCATcaa > 8:128146/1‑148 (MQ=255) aGGTCACTCCAGACCGGTACCAACTCTCGCAGGTCAGCCAGGTCGGACAGATCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAg < 2:141833/149‑1 (MQ=255) tCCAGACCGGTACCAACTCTCGCAGGTCAGCCAGGTCGGACAGATCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAg < 3:225348/142‑1 (MQ=255) tCCAGACCGGTACCAACTCTCGCAGGTCAGCCAGGTCGGACAGATCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACcg > 8:174880/1‑149 (MQ=255) tCCAGACCCGTACCAACTCTCGCAGGTCAGCCAGCTCGGACAGATCACGTTCAACAGCTGCCCGCTCCATTAACAGGTCGAAGACACCATTAACCCACGCTACACAGCGGACCTACTGCACATCATCTTGAACATCAACAAg > 4:225348/1‑142 (MQ=255) cGGTACCAACTCTCGCAGGTCAGCCAGGTCGGACAGATCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGttctt > 7:126099/1‑149 (MQ=255) cGGTACCAACTCTCGCAGGTCAGCCAGGTCGGACAGATCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGttctt < 1:136350/149‑1 (MQ=255) ccAACTCTCGCAGTTCAGCCAGGTCGTACATATCAAGTTCAACCGCTTCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAATCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGCGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGat < 7:128146/148‑1 (MQ=255) tctcGCAGGTCAGCCAGGTCGGACAGATCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACTCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATccc > 8:25600/1‑148 (MQ=255) tctcGCAGGTCAGCCAGGTCGGACAGATAACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACTCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATccc > 2:93579/1‑148 (MQ=255) gCAGGTCAGCCAGGTCGGACAGATCCCTTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATCACGACGc > 6:78224/1‑149 (MQ=255) gCAGGTCAGCCAGGTCGGACAGATCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACACGGCGACCGCGTTCTTCGATATCCCGa < 7:174880/146‑1 (MQ=255) aGGTCAGCCAGGTCGGACAGATCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATCCCGACGCTc < 5:292229/149‑1 (MQ=255) tCAGCCAGGTCGGACAGATCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATCCCGACGCTCAGc < 1:19512/149‑1 (MQ=255) aGCCAGGTCGGACAGATCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGTCCCTCATGCACTTCTGTGTGATCATAAACAAGTCGACCTCGTTCTTCGATATCCCGACGCTCAGCCt < 8:263442/149‑1 (MQ=255) aGGTCGGACAGATCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATCCCGACGCTCAGCCTgg > 7:11176/1‑147 (MQ=255) aGGTCGGACAGATCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATCCCGACGCTCAGCCTGGaa < 2:259891/149‑1 (MQ=255) cGGACAGATCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATCCCGACGCTCAGCCTGGAagcgc < 7:209602/149‑1 (MQ=255) aTCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTgg < 7:13763/84‑1 (MQ=255) aTCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTgg > 8:13763/1‑84 (MQ=255) aTCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATCCCGACGCTCAGCCTGGAAGCGCAGCGCTg > 6:100869/1‑149 (MQ=255) gTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATACCCCGACGCTCAGCCTGGAAGCGCAGCGCTGCAGt > 6:155818/1‑148 (MQ=255) cAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATCCCGACGCTCAGCCTGGAAGCGCAGCGCTGCAGTAAg < 5:100869/148‑1 (MQ=255) aaCCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATCCCGACGCTCAGCCTGGaa < 3:15018/129‑1 (MQ=255) aaCCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATCCCGACGCTCAGCCTGGaa > 4:15018/1‑129 (MQ=255) aaCCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATCCCGACGCTCAGCCTGGAAGCGCAGCGCTGCAGTAAGGa < 5:78224/149‑1 (MQ=255) ctTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATCCCGACGCTCAGCCTGGAAGCGCAGCGCTGCAGTAAGGAGTTCAATGTTAgt < 8:126099/147‑1 (MQ=255) tttAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATCCCGACGCTCAGCCTGGAAGCGCAGCGCTGCAGTAAGGAGtt < 6:315350/136‑1 (MQ=255) tttAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATCCCGACGCTCAGCCTGGAAGCGCAGCGCTGCAGTAAGGAGtt > 5:315350/1‑136 (MQ=255) gTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGCCCGCGTTCTTCGATATCCCGACGCTCAGCCTGGAAGCGCAGCGCTGCAGTAAGGAGTTCAATGTTAGTGTCCTTGCCGc > 6:201980/1‑149 (MQ=255) gAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATCCCGACGCTCAGCCTGGAAGCGCAGCGCTGCAGTAAGGAGTTCAATGTTAGTGTCCTTGCCGCAc > 8:308277/1‑148 (MQ=255) aaGCAACTCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATCCCGACGCTCAGCCTGGAAGCGCAGCGCTGCAGTAAGGAGTTCAATGTTAGTGTCCTTGCCGCACCAAAGCTGCTGa < 7:25600/148‑1 (MQ=255) aaGCAACTCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATCCCGACGCTCAGCCTGGAAGCGCAGCGCTGCAGTAAGGAGTTCAATGTTAGTGTCCTTGCCGCACCAAAGCTGCTGa < 1:93579/148‑1 (MQ=255) aaGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATCCCGACGCTCAGCCTGGAAGCGCAGCGCTGCAGTAAGGAGTTCAATGTTAGTGTCCTTGCCGCACCAAAGCTGCTGa < 8:11176/148‑1 (MQ=255) aGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATCCCGACGCTCAGCCTGGAAGCGCAGCGCTGCAGTAAGGAGTTCAATGTTAGTGTCCTTGCCGCACCAAAGCTGCTGAGt > 3:124004/1‑149 (MQ=255) gCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATCCCGACGCTCAGCCTGGAAGCGCAGCGCTGCAGTAAGGAGTTCAATGTTAGTGTCCTTGCCGCACCAAAGCTGCTGAGTg > 5:293381/1‑149 (MQ=255) aaCGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCAACCGCGTTCTTCGATATCCCGACGCTCAGCCTGGAAGCGCAGCGCTGCAGTAAGGAGTTCAATGTTAGTGTCCTTGCCGCACCAAAGCTGCTGAGTGCt > 5:339174/1‑149 (MQ=255) cGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATCCCGACGCTCAGCCTGGAAGCGCAGCGCTGCAGTAAGGAGTTCaa < 3:152654/110‑1 (MQ=255) cGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATCCCGACGCTCAGCCTGGAAGCGCAGCGCTGCAGTAAGGAGTTCaa > 4:152654/1‑110 (MQ=255) | CACAGCCTGACGTGCAATCTCAAGCTTGGTCTTCAGGTCACTCCAGACCGGTACCAACTCTCGCAGGTCAGCCAGGTCGGACAGATCACGTTCAACCGCTGCCCGCTGCTTTAACAGGTCGAAGTCACCTTTAAGCAACGCTCCACAGCGGCCCTCCTGCACTTCTGGGTGATCATCAACAAGGCGACCGCGTTCTTCGATATCCCGACGCTCAGCCTGGAAGCGCAGCGCTGCAGTAAGGAGTTCAATGTTAGTGTCCTTGCCGCACCAAAGCTGCTGAGTGCT > NC_002947/4203894‑4204178 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |