Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,282,355 | A→G | 10.0% | L292P (CTG→CCG) | PP_3753 ← | AraC family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,282,355 | 0 | A | G | 10.0% | 106.4 / 2.5 | 40 | L292P (CTG→CCG) | PP_3753 | AraC family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/19); new base G (2/2); total (19/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTCCA > NC_002947/4282210‑4282495 | aCAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGAGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGcc > 4:179498/1‑149 (MQ=255) aGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGAGCGGCTGCGCGAAGGcgcg < 5:226926/149‑4 (MQ=255) ggCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATg < 6:107616/149‑1 (MQ=255) gcCCGGTAGCTCCCTGGGGTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGTCCGGCGCACtt > 5:278918/1‑148 (MQ=255) ccGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCAt < 8:268303/149‑1 (MQ=255) ccGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCAt > 5:209861/1‑149 (MQ=255) cTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATctgc < 1:176474/149‑1 (MQ=255) cTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATctgc < 3:303198/149‑1 (MQ=255) ggCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATctgctg < 6:209861/148‑1 (MQ=255) agCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATctgct < 3:179498/146‑1 (MQ=255) tcttGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGc < 3:250635/140‑1 (MQ=255) tcttGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGc > 4:250635/1‑140 (MQ=255) cttGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGc < 8:267378/148‑1 (MQ=255) aataCGGCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTcc < 1:189178/146‑1 (MQ=255) gAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCt < 2:322348/146‑1 (MQ=255) gTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATc < 6:289788/105‑1 (MQ=255) gTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATc > 5:289788/1‑105 (MQ=255) aaGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGTCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGaaa < 6:278918/149‑1 (MQ=255) aCTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTAc > 2:126794/1‑149 (MQ=255) tCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCg < 6:91511/136‑1 (MQ=255) tCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCg > 5:91511/1‑136 (MQ=255) ccccGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCt > 6:181368/1‑149 (MQ=255) cTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTtcct > 4:31812/1‑149 (MQ=255) ggCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTgcgc > 7:292203/1‑147 (MQ=255) ggCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGcc < 5:181368/148‑1 (MQ=255) ggCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGGAcc > 8:196358/1‑122 (MQ=255) tttCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGGTCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCg > 4:280084/1‑149 (MQ=255) tCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGc > 5:25415/1‑149 (MQ=255) aaCGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCa < 8:292203/149‑1 (MQ=255) aCGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGa > 2:276257/1‑111 (MQ=255) aCGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGa > 2:276256/1‑111 (MQ=255) aCGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGa > 2:272178/1‑111 (MQ=255) aCGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGa < 1:276257/111‑1 (MQ=255) aCGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGa < 1:276256/111‑1 (MQ=255) aCGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGa < 1:272178/111‑1 (MQ=255) gcCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTc < 1:126794/149‑1 (MQ=255) ccTTCGAGCGGCTGCGCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTc > 4:248463/1‑71 (MQ=38) ccTTCGAGCGGCTGCGCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTc < 3:248463/71‑1 (MQ=38) cTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTCCa > 6:149134/1‑149 (MQ=255) cTTCGAGCGGCTGCGCGAAGGCCATGGCAAGGCGCACTTCATCCTTGATCTGATCGTACGAACGCACCTACAGATACAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTcaa > 6:92255/1‑147 (MQ=255) | ACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTCCA > NC_002947/4282210‑4282495 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |