Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,399,566 | T→G | 8.9% | R108R (CGA→CGC) | PP_3878 ← | minor capsid protein C |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,399,566 | 0 | T | G | 8.9% | 152.3 / 5.0 | 54 | R108R (CGA→CGC) | PP_3878 | minor capsid protein C |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/28); new base G (2/3); total (23/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTGTTCTTCGCGGCGATCCTGCTCAGCCT > NC_002947/4399420‑4399711 | aCCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTc < 1:273637/148‑1 (MQ=255) ctgtccGGTGATTGGTGTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCTCCAGTTCAAAAGCGCCGAGGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGct < 3:192967/145‑2 (MQ=255) gCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGcc < 4:136413/149‑1 (MQ=255) ccGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGccc < 5:311012/149‑1 (MQ=255) cGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCGAGCAGCCCt < 6:311331/149‑1 (MQ=255) gTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTc < 7:322208/149‑1 (MQ=255) aTTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTAAGGGCTGCGAGCAGCCCtgaata < 7:9381/149‑6 (MQ=255) aTTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTAAGGGCTGCGAGCAGCCCtgaat > 8:9381/1‑144 (MQ=255) ggttGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTg < 1:294253/147‑1 (MQ=255) gTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTg < 3:262569/149‑1 (MQ=255) cTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATgg > 5:319682/1‑149 (MQ=255) ggTCGCGGCCCGAATTCCCGCCGCCAGTTCAAAACCGCCGACGCCGCTGGCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGTCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATg < 6:319237/145‑1 (MQ=255) ggTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCAt < 7:287386/144‑1 (MQ=255) ggCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAgg < 8:8455/149‑1 (MQ=255) ggCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAgg > 3:326771/1‑149 (MQ=255) cccGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCg > 4:182419/1‑149 (MQ=255) gTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGt > 3:21899/1‑149 (MQ=255) gccgccAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCt > 1:184341/1‑149 (MQ=255) ccAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCcg < 2:184341/149‑1 (MQ=255) cAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCcgc < 4:94768/149‑1 (MQ=255) ttCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCa > 4:36094/1‑126 (MQ=255) ttCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCa < 3:36094/126‑1 (MQ=255) aaaaGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTca < 6:319682/149‑1 (MQ=255) aGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACaa < 6:35804/149‑1 (MQ=255) ccGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAAc > 2:203201/1‑149 (MQ=255) aCGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGcc < 4:21899/149‑1 (MQ=255) ccTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGAt > 7:20621/1‑149 (MQ=255) cTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTc < 6:328104/149‑1 (MQ=255) tCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCca > 4:142578/1‑148 (MQ=255) gAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCt > 7:109233/1‑149 (MQ=255) aGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTg < 4:326771/149‑1 (MQ=255) gCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTgg < 1:203201/149‑1 (MQ=255) acaATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTg > 3:216697/1‑66 (MQ=255) acaATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTg < 4:216697/66‑1 (MQ=255) aaTGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTc < 3:288826/85‑1 (MQ=255) aaTGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTc > 4:288826/1‑85 (MQ=255) gtTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCa > 5:90403/1‑123 (MQ=255) gtTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCa < 6:90403/123‑1 (MQ=255) ttCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCacac > 8:311520/1‑131 (MQ=255) ttCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCacac < 7:311520/131‑1 (MQ=255) ttCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATggcgg > 8:144673/1‑149 (MQ=255) ttCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATggcgg > 3:297930/1‑149 (MQ=255) gACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCAGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTACACACCCGGCTGGGCGATGgcggcgg > 3:269618/1‑148 (MQ=255) cATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGgcggcgcggc < 7:144673/149‑1 (MQ=255) gTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTGtt > 7:248751/1‑149 (MQ=255) gTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTGtt < 8:109233/149‑1 (MQ=255) aTGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTGTTCTTcgcg < 3:182419/149‑1 (MQ=255) ccTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTGTTCTTCGCGGCGa > 5:333643/1‑149 (MQ=255) ttATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTGTTCTTCGCGGCGATc > 1:311146/1‑149 (MQ=255) atgcAGGGCGGCTCTCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTAACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTGTTCTTCGCGGCGATcc < 6:194745/145‑1 (MQ=255) ttCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTGTTCTTCGCGGCGATCCTg < 2:311146/149‑1 (MQ=255) aGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTGTTCTTCGCGGCGATCCTGCt > 8:6015/1‑148 (MQ=255) aGGGCTGCGAGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTg < 2:301220/128‑1 (MQ=255) aGGGCTGCGAGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTg > 1:301220/1‑128 (MQ=255) tgctCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTGTTCTTCGCGGCGATCCTGCTCAGCCt > 1:74645/1‑149 (MQ=255) tCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTGTTCTTCGCGGCGATCCt > 5:223914/1‑137 (MQ=255) tCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTGTTCTTCGCGGCGATCCt < 6:223914/137‑1 (MQ=255) | ACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTGTTCTTCGCGGCGATCCTGCTCAGCCT > NC_002947/4399420‑4399711 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |