Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,597,751 | C→A | 8.7% | Q686H (CAG→CAT) ‡ | PP_4071 ← | membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,597,751 | 0 | C | A | 8.7% | 142.0 / 3.9 | 46 | Q686H (CAG→CAT) ‡ | PP_4071 | membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/22); new base A (2/2); total (22/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 |
TTGAAGCCTTTGGCAGTGAGCATTGGCGCCAGCAAAACACCATTGTCGCCCTGGCTCGAGCCGGAAGACAGCTGGTAAACGACATCGAACGCAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCTGACACGCTGGCGATACTGCGGCAGGTCGGTATCCGCGTAGGTCAGCGCATACTTCAGGTGCCGCATGAGGTCTCGTT > NC_002947/4597605‑4597893 | ttGAAGCCTTTGGCAGTGAGCATTGGCGCCAGCAAAACACCATTGTCGCCCTGGCTCGAGCCGGAAGACAGCTGGTAAACGACATCGAACGCAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCctgctg > 1:102594/1‑149 (MQ=255) gAAGCCTTTGGCAGTGAGCATTGGCGCCAGCAAAACACCATTGTCGCCCTGGCTCGAGCCGGAAGACAGCTGGTAAACGACATCGAACGCAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCtgctgc < 8:8707/148‑1 (MQ=255) gCCTTTGGCAGTGAGCATTGGCGCCAGCAAAACACCATTGTCGCTCTGGCTCGCGCCGGAAGACAGCTGGTAAACGACATCGAACGCAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAAGTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCa < 7:51547/149‑1 (MQ=255) ggCTGTGAGCATTGGCGCCAGCAAAACACCATTGTCGCCCTGGCTCGAGCCGGAAGACAGCTGGTAAACGACATCGAACGCAGGCCCCACGTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGAAGCAGCAGGccc < 7:154607/148‑1 (MQ=255) gCAGTGAGCATTGGCGCCAGCAAAACACCATTGTCGCCCTGGCTCGAGCCGGAAGACAGCTGGTAAACGACATCGAACGCAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCg < 2:102594/148‑1 (MQ=255) aGTGAGCATTGGCGCCAGCAAAACACCATTGTCGCCCTGGCTCGAGCCGGAAGACAGCTGGTAAACGACATCGCACGCAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCa > 7:286562/1‑148 (MQ=255) aGTGAGCATTGGCGCCAGCAAAACACCATTGTCGCCCTGGCTCGAGCCGGAAGACAGCTGGTAAACGACATCGAACGCAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCAt < 2:345063/149‑1 (MQ=255) gcgcCAGCAAAACACCATTGTCGCCCTGGCTCGAGCCGGAAGACAGCTGGTAAACGACATCGAACGCAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTtgt < 7:17565/149‑1 (MQ=255) gcgcCAGCAAAACACCATTGTCGCCCTGGCTCGAGCCGGAAGACAGCTGGTAAACGACATCGAACGCAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTtgt < 1:341161/149‑1 (MQ=255) aaaaCACCATTGTCGCCCTGGCTCGAGCCGGAAGACAGCTGGTAAACGACATCGAACGCAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTtgt > 4:132522/1‑141 (MQ=255) aaaaCACCATTGTCGCCCTGGCTCGAGCCGGAAGACAGCTGGTAAACGACATCGAACGCAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTtgt < 3:132522/141‑1 (MQ=255) gTCGCCCTGGCTCGAGCCGGAAGACAGCTGGTAAACGACATCGAACGCAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGc > 4:187271/1‑148 (MQ=255) ccTGGCTCGAGCCGGAAGACAGCTGGTAAACGACATCGAACGCAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTc < 1:252072/149‑1 (MQ=255) tCGAGCCGGAAGACAGCTGGTAAACGACATCGAACGCAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTctgctg > 5:288419/1‑148 (MQ=255) gAGCCGGAAGACAGCTGGTAAACGACATCGAACGCAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACAGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCAc > 1:149245/1‑149 (MQ=255) gCCGGAAGACAGCTGGTAAACGACATCGAACGCAGGCCCCAACTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGt < 8:43781/149‑1 (MQ=255) gCCGGAAGACAGCTGGTAAACGACATCGAACACAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGAAGCAGCAGGcccagga > 8:43378/1‑100 (MQ=255) gCCGGAAGACAGCTGGTAAACGACATCGAACACAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGAAGCAGCAGGcccagga < 7:43378/104‑5 (MQ=255) aGACAGCTGGTAAACGACATCGAACGCAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCTGa < 3:187271/149‑1 (MQ=255) tGGTAAACGACATCGAACGCAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCTGACACGCTg > 7:248112/1‑149 (MQ=255) gTAAACGACATCGAACGCAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCTGACACGCTg < 2:149245/147‑1 (MQ=255) aCGACATCGAACGCAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATCCACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAAGGTCTGCTGCACGGTGCTGCGACGCGGGCgct > 6:239857/1‑146 (MQ=255) aCGACATCGAACGCAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGAGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCTGACACGCTGGCGATa > 2:81275/1‑149 (MQ=255) aTCGAACGCAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCTGACACGCTgg > 6:88370/1‑139 (MQ=255) aTCGAACGCAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCTGACACGCTgg < 5:88370/139‑1 (MQ=255) aTCGAACGCAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCCTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATCTCTGCTGCACGTGGCTGACACCCTGGCGATACTGCg > 6:213489/1‑149 (MQ=255) tCGAACGCAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGGAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGCTACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCTGACACGCTGGCGATACTGCg < 1:81275/149‑1 (MQ=255) cAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCTGACACGCTGGCGATACTGCGGCAGGTCg < 5:60894/149‑1 (MQ=255) aGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCTGACACGCTGGCGATACTGCGGCAGGTCgg > 2:69373/1‑149 (MQ=255) cccTCCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCtgctgc < 6:134435/108‑1 (MQ=255) cccACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCtgctgc > 5:134435/1‑108 (MQ=255) cccACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCTGACACGCTGGCGATACTGCGGCAGGTCGGTATc > 8:145961/1‑149 (MQ=255) cACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCAc < 4:13986/108‑1 (MQ=255) cACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCAc > 3:13986/1‑108 (MQ=255) ccTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCTGACACGCTGGCGATACTGCGGCAGGTCGGTATCcgcg > 7:42293/1‑149 (MQ=255) gCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCTCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTgg > 8:255992/1‑101 (MQ=255) gCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCTCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTgg < 7:255992/101‑1 (MQ=255) tCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCTGACACGCTGGCGATACTGCGGCAGGTCGGTATCCGCGTAGGTCAGCGCATa < 6:288419/149‑1 (MQ=255) aGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCTGACACGCTGGCGATACTGCGGCAGGTCGGTATCCGCGTAGGTCAGCGCATACtt < 7:145961/149‑1 (MQ=255) aTGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCTGACACGCTGGCGATACTGCGGCAGGTCGGTATCCGCGTAGGTCAGCGCATACTTCAGGTGcc > 1:144658/1‑149 (MQ=255) cAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCTGACACGCTGGCGATACTGCGGCAGGTCGGTATCCGCGTAGGTCAGCGCATACTTCAGGTGCCGCa < 1:162481/149‑1 (MQ=255) cAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCTGACACGCTGGCGATACTGCGGCAGGTCGGTATCCGCGTAGGTCAGCGCATACTTCAGGTGCCGCa > 2:162481/1‑149 (MQ=255) aaCTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCTGACACGCTGGCGATACTGCGGCAGGTCGGTATCCGCGTAGGTCAgc > 6:62976/1‑129 (MQ=255) aaCTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCTGACACGCTGGCGATACTGCGGCAGGTCGGTATCCGCGTAGGTCAgc < 5:62976/129‑1 (MQ=255) cTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCTGACACGCTGGCGATACTGCGGCAGGTCGGTATCCGCGTAGGTCAGCGCATACTTCAGGTGCCGCATGAGGtctc < 1:69373/149‑1 (MQ=255) cTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCTGACACGCTGGCGATACTGCGGCAGGTCGGTATCCGCGTAGGTCAGCGCATACTTCAGGTGCCGCATGAGGtctc > 7:281385/1‑149 (MQ=255) gggCCTGAAGCAGCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCTGACACGCTGGCGATACTGCGGCAGGTCGGTATCCGCGTAGGTCAGCGCATACTTCAGGTGCCGCATGAGGTCTCGt > 2:12919/1‑149 (MQ=255) ggCCTGCTGCTTCAGGCCCTCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCGGACACGCTGGCGATACTGCGGCAGGTCGGTATCCGCGTAGGTCAGCGCATACTTCAGGTGCCGCATGAGGTCTGGtt < 5:213489/149‑1 (MQ=255) gctgctTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCTGACACGCTGGCGATACTg > 2:132055/1‑85 (MQ=255) gctgctTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCTGACACGCTGGCGATACTg < 1:132055/85‑1 (MQ=255) | TTGAAGCCTTTGGCAGTGAGCATTGGCGCCAGCAAAACACCATTGTCGCCCTGGCTCGAGCCGGAAGACAGCTGGTAAACGACATCGAACGCAGGCCCCACCTGATGACGCAGGTCCAGACCGGTATGCAACTGCTCCTGGGCCTGCTGCTTCAGGCCCGCATACACGCGTTGTGGCAACGGC‑ACCTTACGCAATGTCTGCTGCACGTGGCTGACACGCTGGCGATACTGCGGCAGGTCGGTATCCGCGTAGGTCAGCGCATACTTCAGGTGCCGCATGAGGTCTCGTT > NC_002947/4597605‑4597893 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |