Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,658,398 | A→C | 7.3% | E345A (GAA→GCA) | nuoC → | NADH‑quinone oxidoreductase subunit C/D |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,658,398 | 0 | A | C | 7.3% | 162.6 / 3.0 | 55 | E345A (GAA→GCA) | nuoC | NADH‑quinone oxidoreductase subunit C/D |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/24); new base C (2/2); total (29/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.24e-01 |
ACGTGATTCGCATCATGCTGGCCGAGTTCTTCCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGCCCAAGCGCCTCGACGAATACACCAAGGCCGCCCT > NC_002947/4658257‑4658542 | aCGTGATTCGCATCATGCTGGCCGAGTTCTTCCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATc > 2:225461/1‑149 (MQ=255) gTGATTCGCATCATGCTGGCCGAGTTCTTCCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGCTTCGATCAc < 1:183160/149‑1 (MQ=255) aTTCGCATCATGCTGGCCGAGTTCTTCCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCg < 4:132439/148‑1 (MQ=255) gCATCATGCTGGCCGAGTTCTTCCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGaa > 4:8017/1‑134 (MQ=255) gCATCATGCTGGCCGAGTTCTTCCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGaa < 3:8017/134‑1 (MQ=255) atGCTGGCCGAGTTCTTCCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCt < 7:205406/149‑1 (MQ=255) cTGGCCGAGTTCTTCCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGCTTCGATCAcg < 7:128151/135‑2 (MQ=255) cTGGCCGAGTTCTTCCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGCTTCGATCAcg > 8:128151/1‑134 (MQ=255) ggCCGAGTTCTTCCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCAcc > 5:220669/1‑149 (MQ=255) aGTTCTTCCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGAGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGcc < 2:116714/149‑1 (MQ=255) ttcttcCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCt < 6:304337/148‑1 (MQ=255) ttcttcCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCt > 5:304337/1‑148 (MQ=255) ttcCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTa > 3:146037/1‑149 (MQ=255) ttcCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTa > 3:258742/1‑149 (MQ=255) cGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCg > 4:322607/1‑149 (MQ=255) cAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTg < 1:225461/149‑1 (MQ=255) aGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTgg > 3:219287/1‑149 (MQ=255) ccACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCg > 6:223171/1‑149 (MQ=255) ccACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCg < 4:219287/149‑1 (MQ=255) ctgTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGcc < 4:258742/147‑1 (MQ=255) ctgTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCa > 8:147628/1‑149 (MQ=255) ttCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGa < 3:322607/149‑1 (MQ=255) cTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCt > 6:333665/1‑149 (MQ=255) cTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCt < 4:146037/149‑1 (MQ=255) aCCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCt < 1:158354/101‑1 (MQ=255) aCCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCt > 2:158354/1‑101 (MQ=255) aCCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACg > 8:115260/1‑149 (MQ=255) cTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGcc > 2:71619/1‑144 (MQ=255) cTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGcc < 1:71619/144‑1 (MQ=255) aCATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGc > 7:35387/1‑149 (MQ=255) atacAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACAGACCGCCAGCGAGCCTACACCCTGATCGAAGCGATCACAGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCAGCCACGTGGCTg > 7:219891/4‑149 (MQ=255) ccAGGACGTCGGCGCCATGCCCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCCCGACCTGCCACGGGGCTgg > 4:97349/1‑148 (MQ=255) ggACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTgg > 2:316196/1‑141 (MQ=255) ggACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTgg < 1:316196/141‑1 (MQ=255) cATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCa > 8:61244/1‑124 (MQ=255) cATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCa < 7:61244/124‑1 (MQ=255) aTGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGa < 2:175358/149‑1 (MQ=255) gACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCAGGGa > 6:119079/1‑132 (MQ=255) gACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCAGGGa < 5:119079/132‑1 (MQ=255) cccGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTtcg > 4:149714/1‑149 (MQ=255) cGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTtcgtc < 7:115260/149‑1 (MQ=255) cttcaccttcacCGACCGCCAGCGCGCCTACAACGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATgg > 8:287599/1‑148 (MQ=255) ttcaccttcaccGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCt > 7:87233/1‑149 (MQ=255) accttcaccGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGc < 5:223171/148‑1 (MQ=255) cgaccgCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGCCCAAgc > 6:56519/1‑146 (MQ=255) cgaccgCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGCCCAAgc < 5:56519/146‑1 (MQ=255) ggcAGCGCGCCTACTCGGTGATCGAAGCGATCTCCGGCTTCCGGCTGCACGCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGCCCAAGCGCCTcgac < 8:219891/147‑1 (MQ=255) ccAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGc < 6:296917/134‑1 (MQ=255) ccAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGc > 5:296917/1‑134 (MQ=255) cgcgcCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGCCCAAGCGCCTCGACGAATa > 7:53582/1‑149 (MQ=255) gcgcCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGCCCAAGCGCCTCGACGAATac < 8:87233/149‑1 (MQ=255) gcCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGCCCAAGCGCCTCGACGAATacac < 5:333665/149‑1 (MQ=255) cTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGCCCAAGCGCCTCGACGAATACAcc > 2:103026/1‑148 (MQ=255) cggTGATCGCTTCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGCCCAAGCGCCTCGACGAATACACCAAGgcc > 8:211206/3‑149 (MQ=255) cGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGCCCAAGCGCCTCGACGAATACACCAAGgccg > 5:23873/1‑149 (MQ=255) cGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGCCCAAGCGCCTCGACGAATACACCAAGgccg < 8:53582/149‑1 (MQ=255) aTCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGCCCAAGCGCCTCGACGAATACACCAAGGCCGCCCt < 4:335102/149‑1 (MQ=255) | ACGTGATTCGCATCATGCTGGCCGAGTTCTTCCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGCCCAAGCGCCTCGACGAATACACCAAGGCCGCCCT > NC_002947/4658257‑4658542 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |