| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,718,688 | C→A | 7.5% | intergenic (+32/+99) | fabB → / ← PP_4176 | 3‑oxoacyl‑ACP synthase/5‑oxo‑L‑prolinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,718,688 | 0 | C | A | 7.5% | 272.9 / 8.9 | 89 | intergenic (+32/+99) | fabB/PP_4176 | 3‑oxoacyl‑ACP synthase/5‑oxo‑L‑prolinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/40); new base A (4/3); total (45/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCCAATCCTGCGTAAAACCGAAGAAAACGCCAAGATCGACACGGTCATGAGCAACAGCTTCGGCTTCGGCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGTTTTTGTTTGGGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTCATTTGCAGTGCTTGTGGCCATTGCAGGCTAATGGCGCGCCTTGGGCAACACCGCCAGAAAATTCTCCCGGGCCACC > NC_002947/4718542‑4718835 | gCCAATCCTGCGTAAAACCGAAGAAAACGCCAAGATCGACACGGTCATGAGCAACAGCTTCGGCTTCGGCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGAc < 1:162607/147‑1 (MQ=255)gCCAATCCTGCGTAAAACCGAAGAAAACGCCAAGATCGACACGGTCATGAGCAACAGCTTCGGCTTCGGCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTg > 5:260345/1‑149 (MQ=255) ccAATCCTGCGTAAAACCGAAGAAAACGCCAAGATCGACACGGTCATGAGCAACAGCTTCGGCTTCGGCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTg < 4:84412/148‑1 (MQ=255) cTGCGTAAAACCGAAGAAAACGCCAAGATCGACACGGTCATGAGCAACAGCTTCGGCTTCGGCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCggg < 8:222570/149‑1 (MQ=255) tAAAACCGAAGAAAACGCCAAGATCGACACGGTCATGAGCAACAGCTTCGGCTTCGGCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGtt > 5:184257/1‑149 (MQ=255) aaaCCGAAGAAAACGCCAAGATCGACACGGTCATGAGCAACAGCTTCGGCTTCGGCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGAACCAGTCGGGGCGttt < 3:296965/148‑1 (MQ=255) aaCCGAAGAAAACGCCAAGATCGACACGGTCATGAGCAACAGCTTCGGCTTCGGCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGttttt < 6:184257/149‑1 (MQ=255) ccGAAGAAAACGCCAAGATCGACACGGTCATGAGCAACAGCTTCGGCTTCGGCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGTTtttgt < 7:301111/149‑1 (MQ=255) gaagaaAACGCCAAGATCGACACGGTCATGAGCAACAGCTTCGGCTTCGGCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGTTtttgttt > 8:148813/1‑149 (MQ=255) agaaAACGCCAAGATCGACACGGTCATGAGCAACAGCTTCGGCTTCGGCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGTTTTTGTTTgg < 6:145989/149‑1 (MQ=255) aaaaCGCCAAGATCGACACGGTCATGAGCAACAGCTTCGGCTTCGGCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGTTTTTGTTTGGGt > 3:232972/1‑149 (MQ=255) aaaaCGCCAAGATCGACACGGTCATGAGCAACAGCTTCGGCTTCGGCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGTTTTTGTTTGGGt < 3:40773/149‑1 (MQ=255) aCGCCAAGATCGACACGGTCATGAGCAACAGCTTCGGCTTCGGCGGCACCAACTCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAATTGAAAACGCCCCGACTGGTTCggg < 7:146678/130‑1 (MQ=255) aCGCCAAGATCGACACGGTCATGAGCAACAGCTTCGGCTTCGGCGGCACCAACCCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTCCTGTAAATGAAAACGCCCCGACGCGTTCggg > 8:146678/1‑130 (MQ=255) cAAGATCGACACGGTCATGAGCAACAGCTTCGGCTTCGGCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGATGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGTTTTTGTTTGGGTTGCCtgt > 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tCATGAGCAACAGCTTCGGCTTCGGCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGTTTTTGTTTGGGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTcgc > 7:87465/1‑149 (MQ=255) aTGAGCAACAGCTTCGGCTTCGGCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCCAGCGGTGGGAAGGCATGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGTTTTTGTTTGGGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCgg < 4:2662/149‑1 (MQ=255) gAGCAACAGCTTCGGCTTCGGCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGTCGTTTTTGTTTGGGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCggg > 8:5716/1‑148 (MQ=255) cAACAGCTTCGGCTTCGGCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGTTTTTGTTTGGGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTaaa > 1:156515/1‑149 (MQ=255) aagaGCTTCGGCTTCGGCGGCACCTACGCCACGGTGGTGCTCATGCGCTGGGAAGGCATGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAATACGCCCCGACTGGGTGGGGGCGTTTTTGTTTGGGTTGCGTGTGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAAc < 8:66995/146‑1 (MQ=255) aaCAGCTTCGGCTTCGGCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGTTTTTGTTTGGGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAAc > 6:266835/1‑149 (MQ=255) aaCAGCTTCGGCTTCGGCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGTTTTTGTTTGGGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAAc < 1:157299/149‑1 (MQ=255) aaCAGCTTCGGCTTCGGCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGTTTTTGTTTGGGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAAc > 4:196947/1‑149 (MQ=255) cAGCTTCGGCTTCGGCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGTTTTTGTTTGGGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAAccc > 8:243669/1‑149 (MQ=255) cAGCTTCGGCTTCGGCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGTTTTTGTTTGGGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAAccc < 6:47007/149‑1 (MQ=255) gcttcggcttcgGCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGTTTTTGTTTGGGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGc < 7:5716/149‑1 (MQ=255) gcttcggattcgGCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGTTTTTGTTTGGGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGc < 2:342041/149‑1 (MQ=255) cttcggcttcggCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGt > 7:312409/1‑103 (MQ=255) cttcggcttcggCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGt < 4:142835/103‑1 (MQ=255) cttcggcttcggCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGt < 8:312409/103‑1 (MQ=255) cttcggcttcggCGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGt > 3:142835/1‑103 (MQ=255) cggcttcggcGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGTTTTTGTTTGGGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTcc > 5:265816/1‑148 (MQ=255) ggcttcggcGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGTTTTTGTTTGGGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCt < 4:232972/148‑1 (MQ=255) cttcggcGGCACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCCGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGTTTTTGTTTGGGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTaca < 7:105471/149‑1 (MQ=255) cggcggCACCAACGCCACCCTGGTCCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGTTTTTGTTTGGGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAcaca < 7:243669/148‑1 (MQ=255) ggcggcACCAACGCCACCCTGGTGCTCAAGCGCTGGGAAGGCAAGTAAGACGCTGCTGCTGTAAATGAAAACGCCCCGACTGGTTCGGGGCGTTTTTGTTTGGGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAg < 3:196947/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |