Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,771,576 | A→G | 7.2% | L2564P (CTG→CCG) | pvdD ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,771,576 | 0 | A | G | 7.2% | 157.7 / 2.3 | 55 | L2564P (CTG→CCG) | pvdD | non‑ribosomal peptide synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/29); new base G (2/2); total (24/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
GCTGGAGGCGTCAGCGCACGCAGGGGCGCGCCGGGCAGCAGCCCGAGGTTGCCCAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCGGAGCCACCGACATCGCCGAATTGCAGGCTGTCGTCCTTCCACTCGCGCAGGGTGCGGTCCAGAGGCTGGTTCTC > NC_002947/4771429‑4771721 | gcTGGAGGCGTCAGCGCACGCAGGGGCGCGCCGGGCAGCAGCCCGAGGTTGCCCAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAg > 1:72620/1‑149 (MQ=255) cTGGAGGCGTCAGCGCACGCAGGGGCGCGCCGGGCAGCAGCCCGAGGTTGCCCAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAgg < 7:19853/149‑1 (MQ=255) gggACGCGTCAGCGCCCGCAGGGGCGCGCCGGGCAGCAGCCCGAGGTTGCCCAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGt < 8:247608/148‑1 (MQ=255) gAGGCGTCAGCGCACGCAGGGGCGCGCCGGGCAGCAGCCCGAGGTTGCCCAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGTGCAGGTa < 7:251388/148‑1 (MQ=255) ggCGTCAGCGCACGCAGGGGCGCGCCGGGCAGCAGCCCGAGGTTGCCCAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACAt < 2:197507/149‑1 (MQ=255) gCGTCAGCGCACGCAGGGGCGCGCCGGGCAGCAGCCCGAGGTTGCCCAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATg < 2:52386/149‑1 (MQ=255) gTCAGCGCACGCAGGGGCGCGCCGGGCAGCAGCCCGAGGTTGCCCAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTa > 3:244050/1‑149 (MQ=255) tCAGCGCACGCAGGGGCGCGCCGGGCAGCAGCCCGAGGTTGCCCAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTAc < 1:162318/149‑1 (MQ=255) cgcacgcaGGGGCGCGCCGGGCAGCAGCCCGAGGTTGCCCAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCga > 4:320837/1‑149 (MQ=255) gcacgcaGGGGCGCGCCGGGCAGCAGCCCGAGGTTGCCCAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCgat > 2:311406/1‑149 (MQ=255) gcaGGGGCGCGCCGGGCAGCAGCCCGAGGTTGCCCAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCCTGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCgatgat > 7:219067/1‑148 (MQ=255) ggggCGCGCCGGGCAGCAGCCCGAGGTTGCCCAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAAc < 7:138019/149‑1 (MQ=255) gggCGCGCCGGGCAGCAGCCCGAGGTTGCCCAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACt < 3:317394/149‑1 (MQ=255) gcgcCGGGCAGCAGCCCGAGGTTGCCCAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTc > 8:230564/1‑149 (MQ=255) gggCAGCAGCCCGAGGTTGCCCAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTcga < 6:239539/149‑1 (MQ=255) ggCAGCAGCCCGAGGTTGCCCAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTcgac > 1:78033/1‑149 (MQ=255) cagcagCCCGAGGTTGCCCAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTcgacga < 4:24239/149‑1 (MQ=255) agcagcCCGAGGTTGCCCAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGAt > 3:214529/1‑149 (MQ=255) gcCCGAGGTTGCCCAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAAc < 6:316021/131‑1 (MQ=255) gcCCGAGGTTGCCCAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAAc > 5:316021/1‑131 (MQ=255) gcCCGAGGTTGCCCAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGAcc < 2:72620/149‑1 (MQ=255) ccGAGGTTGCCCAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCAt > 4:83890/1‑149 (MQ=255) cGAGGTTGCCCAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGCCATCGTCGAAGACCagt < 7:117402/149‑3 (MQ=255) ccAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATc > 5:194864/1‑149 (MQ=255) cAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATc > 8:261705/1‑148 (MQ=255) cAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATc < 7:261705/148‑1 (MQ=255) cgcCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGt < 7:230564/149‑1 (MQ=255) ggCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATc < 7:115848/128‑1 (MQ=255) ggCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATc > 8:115848/1‑128 (MQ=255) gCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGt < 3:320837/147‑1 (MQ=255) cAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCgg < 8:219067/149‑1 (MQ=255) cAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCg > 8:158266/1‑148 (MQ=255) aGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCGGa < 4:214529/149‑1 (MQ=255) aGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCGGa < 2:78033/149‑1 (MQ=255) cGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCGGAGc < 4:244050/149‑1 (MQ=255) aGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCGGAGCCAcc > 4:16134/1‑149 (MQ=255) cagcagCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCGGAGCCACCGACATCGc < 3:16134/149‑1 (MQ=255) gcgcCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCGGAGCCACCGACATCGCCGAAt > 2:313593/1‑149 (MQ=255) aCCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCGGAGCCACCGACATCGCCGAATTGCAGGCTGTCGTCCTTCCACTCGCGCAg > 8:5365/1‑149 (MQ=255) ccGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCGGAGCCACCGACATCGCCGAATTGCAGGCTGTCGTCCTTCCACTCGCGCAgg < 7:158266/149‑1 (MQ=255) ccGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCGGAGCCACCGACATCGCCGAATTGCAGGCTGTCGTCCTTCCACTCGCGCAgg < 1:313593/149‑1 (MQ=255) cGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCGGAGCCACCGACATCGCCGAATTGCAGGCTGTCGTCCTTCCACTCGCGCAggg > 3:337374/1‑149 (MQ=255) tCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCGGAGCCACCGACATCGCCGAATTGCAgg < 7:16152/117‑1 (MQ=255) tCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCGGAGCCACCGACATAGCCGAATTGCAgg > 8:16152/1‑117 (MQ=255) gCTGAAGCACTGGCGCGGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCGGAGCCACCGACATCGCCGAATTGCAGGCTGTCGTCCTTCCACTCGCGCAGGGTGCGGTc < 4:61824/147‑1 (MQ=255) gCTGAAGCACTGGCGCGGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCGGAGCCACCGACATCGCCGAATTGCAGGCTGTCGTCCTTCCACTCGCGCAGGGTGCGGTc < 4:57207/147‑1 (MQ=255) gCTGAAGCACTGGCGCGGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCGGAGCCACCGACATCGCCGAATTGCAGGCTGTCGTCCTTCCACTCGCGCAGGGTGCGGTc > 3:61824/1‑147 (MQ=255) gCTGAAGCACTGGCGCGGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCGGAGCCACCGACATCGCCGAATTGCAGGCTGTCGTCCTTCCACTCGCGCAGGGTGCGGTc > 3:57207/1‑147 (MQ=255) cACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCGGAGCCACCGACATCGCCGAATTGCAGGCTGTCGTCCTTCCACTCGCGCAGGGTGCGGTCCAGAGGCTg < 3:83890/149‑1 (MQ=255) aCTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCGGAGCCACCGACATCGCCGAATTGCAGGCTGTCGTCCTTCCACTCGCGCAGGGTGCGGTCCAGAGGCTgg < 7:5365/149‑1 (MQ=255) cTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCGGAGCCACCGACATCGCCGAATTGCAGGCTGTCGTCCTTCCACTCGCGCAGGGTGCGGTc < 7:156747/138‑1 (MQ=255) cTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCGGAGCCACCGACATCGCCGAATTGCAGGCTGTCGTCCTTCCACTCGCGCAGGGTGCGGTc > 8:156747/1‑138 (MQ=255) ggCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGAAGAGTCGGACAGGCCGGAGCCACCCACATCCCCGAATTGAAGCCTGTGGTCATACCACTCGCCCAGGGTGCGGTCAACAGCCTGGt > 1:275609/1‑149 (MQ=255) gcgcAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCGGAGCCACCGACATCGCCGAATTGCAGGCTGTCGTCCTTCCACTCGCGCAGGGTGCGGTCCAGAGGCTGGTtct > 5:262320/1‑149 (MQ=255) cgcAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCGGAGCCACCGACATCGCCGAATTGCAGGCTGTCGTCCTTCCACTCGCGCAGGGTGCGGTCCAGAGGCTGGTtctc < 6:262320/149‑1 (MQ=255) | GCTGGAGGCGTCAGCGCACGCAGGGGCGCGCCGGGCAGCAGCCCGAGGTTGCCCAGGCGCGCCTGGCCGTCCAGCGACAGCGCCTGCAGCAGCGCCTCCATGTTGGCGCGAATGCCCGCCACCGCTTCCTCGCTGAAGCACTGGCGCAGGTACATGTACTCGATGATCAACTGGTCTTCGACGATGACCATCAGGTCCATCGGGA‑‑AGTCGGTCAGGCCGGAGCCACCGACATCGCCGAATTGCAGGCTGTCGTCCTTCCACTCGCGCAGGGTGCGGTCCAGAGGCTGGTTCTC > NC_002947/4771429‑4771721 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |