| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,803,624 | T→C | 8.0% | Q302R (CAG→CGG) | PP_4232 ← | cytochrome c family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,803,624 | 0 | T | C | 8.0% | 142.1 / 2.3 | 50 | Q302R (CAG→CGG) | PP_4232 | cytochrome c family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/22); new base C (2/2); total (26/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.82e-01 | |||||||||||
GTTCACGGATGCCCTCGAGGACCACCTTGACCAGATTGCGCGAGTCGGCCTGACGCAGCACGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTGGCCGGCGGCGGCTGGTCGCCCAGCAGGTAGGTGGCCATGGCCGCAAGGTCTGCATCTTCCAGGTGCTGGGTGCTGTGGTGCACCACCG > NC_002947/4803478‑4803771 | gTTCACGGATGCCCTCGAGGACCACCTTGACCAGATTGCGCGAGTCGGCCTGCCGCAGCACGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCGCCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCtgg > 6:279552/1‑149 (MQ=255) ttCACGGATGCCCTCGAGGACCACCTTGACCAGATTGCGCGAGTCGGCCTGACGCAGCACGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATGTGCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTActgctg < 1:206527/148‑1 (MQ=255) ttCACGGATGCCCTCGAGGACCACCTTGACCAGATTGCGCGAGTCGGCCTGACGCAGCACGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCtgg < 2:125277/148‑1 (MQ=255) tCACGGATGCCCTCGAGGACCACCTTGACCAGATTGCGCGAGTCGGCCTGACGCAGCACGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCtggtg > 8:300053/1‑149 (MQ=255) aCGGATGCCCTCGAGGACCACCTTGACCAGATTGCGCGAGTCGGCCTGACGCAGCACGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGc > 6:112298/1‑149 (MQ=255) ccTCGAGGACCACCTTGACCAGATTGCGCGAGTCGGCCTGACGCAGCACGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCtt < 8:190109/148‑1 (MQ=255) ccTCGAGCACCACCTTCACCACATTGCGCGAGTCCGCCTGACGCAGCACGCTGTTGCCGCGCATCGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCACATG‑GCAGCCCGCGCAGACATTAAGGTACTCCTGCTGGCCCCGCTTg > 4:178950/1‑149 (MQ=255) cTCGAGGACCACCTTGACCAGATTGCGCGAGTCGGCCTGACGCAGCACGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCTCTTgg > 1:16828/1‑149 (MQ=255) tCGAGGACCACCTTGACCAGATTGCGCGAGTCGGCCTGACGCAGCACGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTgg > 7:93726/1‑148 (MQ=255) gAGGACCACCTTGACCAGATTGCGCGAGTCGGCCTGACGCAGCACGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCAc < 7:300053/149‑1 (MQ=255) cagcTTGACGAGTTTGCGCGAGTCGGGCTGACGCAGCACGGTGTTGCCGGGCATGGCCACGGGGTTGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCATCGCAATG‑GGAGCCGGGGCAGTCATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGc < 2:344891/146‑1 (MQ=255) caccTTGACCAGATTGCGCGAGTCGGCCTGACGCAGCACGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGc < 8:93726/149‑1 (MQ=255) aCCAGATTGCGCGAGTCGGCCTGACGCAGCACGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCGCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCt < 2:163674/148‑1 (MQ=255) aGATTGCGCGAGTCGGCCTGACGCAGCACGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTc < 2:16828/149‑1 (MQ=255) gcgcGAGTCGGCCTGACGCAGCACGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAgg < 5:112298/148‑1 (MQ=255) cgcgAGTCGGCCTGACGCAGCACGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTCAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAggg < 4:112928/148‑1 (MQ=255) gcgAGTCGGCCTGACGCAGCACGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGc > 1:18190/1‑148 (MQ=255) gAGTCGGCCTGACGCAGCACGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAgg > 4:64508/1‑144 (MQ=255) gAGTCGGCCTGACGCAGCACGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAgg < 3:64508/144‑1 (MQ=255) gAGTCGGCCTGACGCAGCACGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAAc > 5:56724/1‑149 (MQ=255) cGGCCTGACGCAGCACGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGAc > 4:23214/1‑149 (MQ=255) gCCTGACGCAGCACGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCTGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTc < 1:80124/126‑1 (MQ=255) gCCTGACGCAGCACGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTc > 2:80124/1‑126 (MQ=255) gCCTGACGCAGCACGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTc > 7:280922/1‑149 (MQ=255) gCCTGACGCAGCACGGTGTTGCAGCGCATGGACACGGCGATGTGCGGATTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCGCAACTGCTCAAGGGCAACGGACTc > 8:148969/1‑149 (MQ=255) cTGACGCAGCACGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGa < 6:56724/149‑1 (MQ=255) gcaCGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAgg > 7:151984/1‑128 (MQ=255) gcaCGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAgg < 8:151984/128‑1 (MQ=255) caCGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCCGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTgg > 2:157963/1‑149 (MQ=255) caCGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCCGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTgg > 2:152924/1‑149 (MQ=255) aCGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTGGc < 8:212729/149‑1 (MQ=255) cGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCAATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGCTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCAAGGcc > 5:49380/1‑149 (MQ=255) gCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAgg < 4:21517/118‑1 (MQ=255) gCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAgg > 3:21517/1‑118 (MQ=255) cgcATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGAc < 6:100284/123‑1 (MQ=255) cgcATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTGGCCGGCGGCGGCTg < 8:280922/149‑1 (MQ=255) tGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTGGCCGGCGGCGGCTGGTCg < 2:18190/149‑1 (MQ=255) ccACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTGGCCGGCGGCGGCTGGTCGcc > 4:83144/1‑148 (MQ=255) gCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTGGCCGGCGGCGGCTGGTCGCCCAGCAGGTAGGTg > 5:281850/1‑149 (MQ=255) gCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCCGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTGGCCGGCGGCGGCTGGTCGCCCAGCAGGTAGGTGGcc < 1:157963/149‑1 (MQ=255) gCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCCGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTGGCCGGCGGCGGCTGGTCGCCCAGCAGGTAGGTGGcc < 1:152924/149‑1 (MQ=255) ccTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTGGCCGGCGGCGGCTGGTCGCCCAGCAGGTAGGTGGCCATGGcc > 5:175617/1‑149 (MQ=255) cTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTGGCCGGCGGCGGCTGGTCGCCCAGCAGGTAGGTGGCCATGGCCg > 6:256482/1‑149 (MQ=255) tCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTGGCCGGCGGCGGCTGGTCGCCCAGCAGGTAGGTGGCCATGGCCg > 6:230775/1‑148 (MQ=255) tCATCCCAATG‑GCAGCCGGAGCAGACATTTAGGTACTGGTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCTACGGACTCGATAGCCTTGGCCGGCGGCGGCTGGTCGCCCAGGAGGTAGGTGGCCATGGCCGCAAGGTc < 6:49380/149‑1 (MQ=255) tCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTGGCCGGCGGCGGCTGGTCGCCCAGCAGGTAGGTGGCCATGGCCGCAAGGTc > 2:179063/1‑149 (MQ=255) ccccATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTGGCCGGCGGCGGCTGGTCGCCCAGCAGGTAGGTGGCCATGGCCGCAAGGTCTGCa > 3:222915/1‑149 (MQ=255) ccccATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGACACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTGGCCGGCGGCGGCTGGTCGCCCAGCAGGTAGGTGGCCATGGCCGCAAGGTCTGCa > 2:290093/1‑149 (MQ=255) ccATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTGGCCGGCGGCGGCTGGTCGCCCAGCAGGTAGGTGGCCATGGCCGCAAGGTCTGCATc > 4:119258/1‑149 (MQ=255) cATG‑GCAGCCGGTGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTGGCCGGCGGCGGCTGGTCGCCCAGCAGGTAGGTGGCCATGGCCGCAAGGTCTGCATCt > 7:263833/1‑149 (MQ=255) ctgCCGGCGCAGAGATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGTCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTGGCCGGCGGCGGCTGGTCGCCCAGCAGGTAGGTGGCCATGGCCGCAAGGTCTGCATCTTCCAg < 5:279552/147‑1 (MQ=255) cgcAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTGGCCGGCGGCGGCTGGTCGCCCAGCAGGTAGGTGGCCATGGCCGCAAGGTCTGCATCTTCCAggtgctgg < 3:83144/149‑1 (MQ=255) tttAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTGGCCGGCGGCGGCTGGTCGCCCAGCAGGTAGGTGGCCATGGCCGCAAGGTCTGCATCTTCCAGGTGCTGGGTGCtgtg < 8:263833/149‑1 (MQ=255) ggTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCGCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTGGCCGGCGGCGGCTGGTCGCCCAGCAGGTAGGTGGCCATGGCCGCAAGGTCTGCATCTTCCAGGTGCTGGGTGCTGTGGTGc < 4:222915/149‑1 (MQ=255) gctgGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTGGCCGGCGGCGGCTGGTCGCCCAGCAGGTAGGTGGCCATGGCCGCAAGGTCTGCATCTTCCAGGTGCTGGGTGCTGTGGTGCaccacc > 5:277243/1‑149 (MQ=255) gctgGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTGGCCGGCGGCGGCTGGTCGCCCAGCAGGTAGGTGGCCATGGCCGCAAGGTCTGCATCTTCCAGGTGCTGGGTGCTGTGGTGCaccacc > 3:169900/1‑149 (MQ=255) ctgGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTGGCCGGCGGCGGCTGGTCGCCCAGCAGGTAGGTGGCCATGGCCGCAAGGTCTGCATCTTCCAGGTGCTGGGTGCTGTGGTGCACCACCg > 4:200222/1‑149 (MQ=255) ctgGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTGGCCGGCGGCGGCTGGTCGCCCAGCAGGTAGGTGGCCATGGCCGCAAGGTCTGCATCTTCCAGGTGCTGGGTGCTGTGGTGCACCACCg < 4:169900/149‑1 (MQ=255) | GTTCACGGATGCCCTCGAGGACCACCTTGACCAGATTGCGCGAGTCGGCCTGACGCAGCACGGTGTTGCCGCGCATGGCCACGGCGATGTGCGGCTTGCCCTCACCGTCAACCCCATG‑GCAGCCGGCGCAGACATTTAGGTACTGCTGGTGGCCCCGCTTGGCACTGTCGCTCATCTGCTCCAGGGCAACGGACTCGATAGCCTTGGCCGGCGGCGGCTGGTCGCCCAGCAGGTAGGTGGCCATGGCCGCAAGGTCTGCATCTTCCAGGTGCTGGGTGCTGTGGTGCACCACCG > NC_002947/4803478‑4803771 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |