Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,918,174 | C→G | 10.5% | L191L (CTC→CTG) | PP_4328 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,918,174 | 0 | C | G | 10.5% | 163.9 / 9.8 | 57 | L191L (CTC→CTG) | PP_4328 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/27); new base G (2/4); total (26/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.17e-01 |
CCGGCCGTGTACCGGGCGCTGGTCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGATGGCGACCTGCGCGCCAGCGCCGAACG > NC_002947/4918028‑4918320 | ccGGCCGTGTACCGGGCTCTGGTCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAg < 7:243000/149‑1 (MQ=255) tgtACCGGGCGCTGGTCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTGAGCggcacg < 3:10731/149‑3 (MQ=255) tACCGGGCGCTGGTCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTGAGCggcacgaa < 5:112304/149‑5 (MQ=255) tACCGGGCGCTGGTCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTGAGCggcacgaa < 5:107479/149‑5 (MQ=255) ccGGGCGCTGGTCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGgcaggcag < 4:187721/148‑1 (MQ=255) gggCGCTGGTCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCGGCTCAGCGCCCTTGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGAc < 1:302851/149‑1 (MQ=255) gTCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCa < 1:35704/148‑1 (MQ=255) gCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCCGCAtt > 6:188087/1‑149 (MQ=255) gCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCa < 8:317588/140‑1 (MQ=255) gCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCa > 7:317588/1‑140 (MQ=255) cTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCa < 7:119700/149‑1 (MQ=255) cAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAgctgc < 7:298901/149‑1 (MQ=255) ccAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCa < 6:103724/128‑1 (MQ=255) ccAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCa > 5:103724/1‑128 (MQ=255) aGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGAcc > 7:293849/1‑149 (MQ=255) ggCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTc < 7:215700/124‑1 (MQ=255) ggCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTc > 8:215700/1‑124 (MQ=255) ggCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGAcc > 6:280259/1‑148 (MQ=255) cGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGc < 5:280259/149‑1 (MQ=255) cacaCTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAAcc < 8:118500/149‑1 (MQ=255) acacTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCg < 1:19348/149‑1 (MQ=255) aGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCaa < 8:293849/147‑1 (MQ=255) aTCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCa > 1:324592/1‑131 (MQ=255) aTCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCa < 2:324592/131‑1 (MQ=255) aCAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGa < 8:276735/123‑1 (MQ=255) aCAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGAGATCAGTCAATGCTCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGCACCAAATCAGAATTGCCCAACAGATACTAACCCAGAAAAACACCCAAGCCTCGCt > 5:112248/1‑148 (MQ=255) aCAGCCAGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCGCAGCTGCAGGCAGGCCCACCTCAGCATGGCCCAACAGCTGCTGACCCCGCAACACCTCCCAGACGCGCt > 8:299925/1‑148 (MQ=255) cccgcgcccgcTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGc < 7:80810/125‑1 (MQ=255) cccgcgcccgcTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGc > 8:80810/1‑125 (MQ=255) ccgcgcccgcTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCgg > 5:24956/1‑149 (MQ=255) cgcggccgcTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGGCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCTACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGc < 5:188087/149‑1 (MQ=255) cgcccgcTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCt > 3:182923/1‑149 (MQ=255) ccgcTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGc > 3:65260/1‑136 (MQ=255) ccgcTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGc < 4:65260/136‑1 (MQ=255) cgcTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCGGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCt > 4:138854/1‑148 (MQ=255) aTTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGccc < 2:85523/148‑1 (MQ=255) aTTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCt < 8:32187/149‑1 (MQ=255) cAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGc > 7:118980/1‑130 (MQ=255) cAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGc < 8:118980/130‑1 (MQ=255) aGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACa > 2:332563/1‑149 (MQ=255) cTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCt < 2:344127/149‑1 (MQ=255) aGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCcg > 2:87306/1‑149 (MQ=255) cccTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCaaa > 5:249614/1‑93 (MQ=255) cccTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCaaa < 6:249614/93‑1 (MQ=255) ccTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCaa > 8:88012/1‑133 (MQ=255) ccTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCaa < 7:88012/133‑1 (MQ=255) gTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGTCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCa < 7:299925/147‑1 (MQ=255) ggTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACGCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCCCCCGCGCCCCAGGAGTCg > 8:25108/1‑148 (MQ=255) ggTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCAccc < 2:163205/133‑1 (MQ=255) ggTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCAccc > 1:163205/1‑133 (MQ=255) gTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGATGGCGAcc > 7:236607/1‑149 (MQ=255) tCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGATGGCGACCt > 2:1252/1‑149 (MQ=255) tCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGATGGCGACCt > 6:316309/1‑149 (MQ=255) tgcctGCCGCTGAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGATGGCGACCTGCGCGCCAg > 5:144406/5‑149 (MQ=255) ccGCTGAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGATGGCGACCt < 6:41479/134‑1 (MQ=255) ccGCTGAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGATGGCGACCt > 5:41479/1‑134 (MQ=255) cTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGATGGCGACCTGCGCGCCAGCGCCGAACg < 8:236607/149‑1 (MQ=255) | CCGGCCGTGTACCGGGCGCTGGTCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGATGGCGACCTGCGCGCCAGCGCCGAACG > NC_002947/4918028‑4918320 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |