| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,141,208 | C→A | 7.7% | V118V (GTG→GTT) | PP_4525 ← | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,141,208 | 0 | C | A | 7.7% | 291.7 / 11.7 | 91 | V118V (GTG→GTT) | PP_4525 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/41); new base A (2/5); total (45/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.48e-01 | |||||||||||
GTGATCAGTACCAGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCCACGCACGGCGCCCAGCGCTTCGTCGCGCAAGGCGGACAT > NC_002947/5141062‑5141351 | gTGATCAGTACCAGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCAc > 3:176106/1‑149 (MQ=255)gTGATCAGTACCAGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCAc < 1:63060/149‑1 (MQ=255)gTGATCAGTACCAGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCAc > 5:153497/1‑149 (MQ=255) tCAGTACCAGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGc > 5:225265/1‑149 (MQ=255) aGTACCAGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTGAACCTGcaa < 7:18737/149‑3 (MQ=255) aGTACCAGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTGAACCTGcaa < 7:96080/149‑3 (MQ=255) aGTACCAGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTGAACCTGcaa < 2:41121/149‑3 (MQ=255) aGTACCAGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGCGAACCTGcaa < 5:49378/149‑3 (MQ=255) gTACCAGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCggg > 3:125765/1‑149 (MQ=255) gTACCAGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGGGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCggg < 8:222114/149‑1 (MQ=255) tACCAGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTg < 2:83837/144‑1 (MQ=255) tACCAGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCAGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTg > 1:83837/1‑144 (MQ=255) cAGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGt > 2:291817/1‑146 (MQ=255) cAGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGt > 3:49638/1‑146 (MQ=255) cAGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGt > 5:268548/1‑146 (MQ=255) aGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGa > 4:194607/1‑149 (MQ=255) cTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTgg < 3:194607/148‑1 (MQ=255) cTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTgg < 1:291817/148‑1 (MQ=255) cTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGt < 8:63225/149‑1 (MQ=255) tCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTGAACCTGc > 4:202864/1‑135 (MQ=255) tCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTGAACCTGc < 3:202864/135‑1 (MQ=255) aTCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGAc > 3:53551/1‑142 (MQ=255) aTCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGAc < 4:53551/142‑1 (MQ=255) tCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGa > 2:188698/1‑147 (MQ=255) gCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGcc < 6:268548/149‑1 (MQ=255) ggCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGt > 4:331164/1‑136 (MQ=255) ggCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGt > 4:325958/1‑136 (MQ=255) ggCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGt < 3:325958/136‑1 (MQ=255) ggCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGt < 3:331164/136‑1 (MQ=255) aCGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCaa > 7:128064/1‑149 (MQ=255) cGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAAc > 4:300069/1‑149 (MQ=255) ccATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGc > 7:61424/1‑149 (MQ=255) cATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGcc < 6:153497/149‑1 (MQ=255) aTCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCg > 1:91809/1‑149 (MQ=255) tCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGCGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCgg > 3:267060/1‑149 (MQ=255) ccAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCgg > 4:18036/1‑148 (MQ=255) cAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCa < 4:20569/149‑1 (MQ=255) aGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTaa < 2:145962/117‑1 (MQ=255) aGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTaa > 1:145962/1‑117 (MQ=255) gCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAg > 3:37505/1‑149 (MQ=255) cccGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGt < 7:83153/149‑1 (MQ=255) cGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTgg < 7:316150/149‑1 (MQ=255) aaGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTcg < 4:37505/149‑1 (MQ=255) gCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCt < 6:225265/148‑1 (MQ=255) gCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGAGCTg > 6:100551/1‑149 (MQ=255) accatCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGt < 1:47406/145‑1 (MQ=255) ccGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCCCGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTa > 2:166059/1‑149 (MQ=255) ccGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTa > 5:52259/1‑149 (MQ=255) cGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTa > 6:246060/1‑94 (MQ=255) cGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTa < 5:246060/94‑1 (MQ=255) tCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACAt < 8:128064/149‑1 (MQ=255) tCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACAt > 5:52548/1‑149 (MQ=255) cacaAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATg < 4:49638/148‑1 (MQ=255) acaAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGt > 1:75568/1‑149 (MQ=255) caAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGTGCGCCAGCGACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTc < 1:248527/149‑1 (MQ=255) caAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTc < 3:300069/149‑1 (MQ=255) aaGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACAt < 3:184251/144‑1 (MQ=255) aaGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACAt > 4:184251/1‑144 (MQ=255) gagCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTcccc > 2:151433/1‑149 (MQ=255) gagCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTcccc < 1:188698/149‑1 (MQ=255) gagCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTccc > 6:318545/1‑148 (MQ=255) agcagcATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTCCCCa < 8:61424/149‑1 (MQ=255) agcagcATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTCCCCa < 5:318545/149‑1 (MQ=255) 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cTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCca < 6:52259/149‑1 (MQ=255) aaCTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCCACGCACGgc > 5:137153/1‑149 (MQ=255) cTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCt > 6:298463/1‑131 (MQ=255) gccgcTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCg > 1:286012/1‑125 (MQ=255) gccgcTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCg < 2:286012/125‑1 (MQ=255) cgcTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTCCCCAGCACGAAg > 1:76932/1‑113 (MQ=255) cgcTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTCCCCAGCACGAAg < 2:76932/113‑1 (MQ=255) ggTGCTGCATGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCCACGCACGGCGCCCAGCGCTtc < 4:176106/149‑1 (MQ=255) ggTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCCACGCACGGCGCCCAGCGCtt < 6:190896/148‑1 (MQ=255) ggTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCCACGCACGGCGCCCAGCGCTtc > 8:69484/1‑149 (MQ=255) ctgcACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCCACGCACGGCGCCCAGCGCTtcgtcg > 2:182707/1‑149 (MQ=255) gcacTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCCACGCACGGCGCCCAGCGCTTCGTCGCGCAAg < 3:18036/149‑1 (MQ=255) tacccgCAGGTGAACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCCACGCACGGCGCCCAGCGCTTCGTCGCGCAAgg > 7:151505/6‑149 (MQ=255) ttGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTCCCCAGCACGaa < 7:224005/93‑1 (MQ=255) ttGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTCCCCAGCACGaa > 8:224005/1‑93 (MQ=255) cAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCCACGCACGGCGCCCAGCGCTTCGTCGCGCAAGGCGGACa > 6:178816/1‑149 (MQ=255) aGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCCACGCACGGCGCCCAGCGCTTCGTCGCGCAAGGCGGACAt < 7:69484/149‑1 (MQ=255) | GTGATCAGTACCAGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGCTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTACATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCCACGCACGGCGCCCAGCGCTTCGTCGCGCAAGGCGGACAT > NC_002947/5141062‑5141351 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |