| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,344,246 | A→C | 8.6% | K496Q (AAG→CAG) ‡ | pgi‑II → | glucose 6‑phosphate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,344,246 | 0 | A | C | 8.6% | 157.5 / 7.9 | 58 | K496Q (AAG→CAG) ‡ | pgi‑II | glucose 6‑phosphate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/28); new base C (2/3); total (27/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
GCTAAAGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGAT > NC_002947/5344108‑5344394 | gcTAAAGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAg > 7:253385/1‑141 (MQ=32)gcTAAAGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAg < 8:253385/141‑1 (MQ=32) aaGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAACACCTTGTGCTCGTAc < 5:286689/147‑1 (MQ=11) aaGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAACACCTTGTGCTCGTAc < 8:323910/147‑1 (MQ=11) 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ccGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCAGCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCgagctgg < 4:235558/148‑1 (MQ=17) gCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCgagctgggcaaggagctg < 7:301281/149‑1 (MQ=34) gCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCgagctgggcaaggagctg > 5:344496/1‑149 (MQ=34) gAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGt < 1:173118/81‑1 (MQ=33) gAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGt > 2:173118/1‑81 (MQ=33) aGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCgagctgggcaaggagctgggc > 2:307181/1‑147 (MQ=34) 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8:278303/149‑1 (MQ=34) cgcTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGaa < 4:320263/149‑1 (MQ=34) gcTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCg > 5:22656/1‑146 (MQ=34) gtggCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACgg > 2:200399/1‑149 (MQ=34) gctctGTACGAACACCTTGTGCTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTc > 5:337403/5‑149 (MQ=11) gCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCTTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGtt < 8:182449/148‑1 (MQ=21) 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cacaAGGTGTTCGTACAGAGCGATATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGcc < 7:38561/148‑1 (MQ=21) acaAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTg < 2:38373/149‑1 (MQ=34) caAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGAGCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTATACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCCCCCACGGCCTGa > 8:5368/1‑149 (MQ=255) aaGGTGTTCTTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTATACCAGCGCTTTGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGAt < 7:5368/149‑1 (MQ=255) | GCTAAAGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGAT > NC_002947/5344108‑5344394 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |