| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,344,252 | T→C | 8.0% | F498L (TTC→CTC) | pgi‑II → | glucose 6‑phosphate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,344,252 | 0 | T | C | 8.0% | 161.2 / 5.1 | 62 | F498L (TTC→CTC) | pgi‑II | glucose 6‑phosphate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/30); new base C (2/3); total (29/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.60e-01 | |||||||||||
AAGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGAT > NC_002947/5344112‑5344394 | aaGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAACACCTTGTGCTCGTAc < 8:319506/147‑1 (MQ=11)aaGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAACACCTTGTGCTCGTAc < 8:323910/147‑1 (MQ=11)aaGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAACACCTTGTGCTCGTAc < 5:286689/147‑1 (MQ=11) gCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGc < 3:304830/149‑1 (MQ=32) cGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCt > 7:158601/1‑149 (MQ=32) gCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTgggg < 3:332601/149‑1 (MQ=32) aGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGTTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGACAGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCTTTATCTGGGGTa < 6:104678/149‑1 (MQ=255) aGACAGAGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTa < 8:151418/149‑1 (MQ=17) gACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTAt < 8:158601/149‑1 (MQ=32) aCATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATc < 2:238312/149‑1 (MQ=32) aTCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTTTCTGGGGTATCaa > 3:255703/1‑149 (MQ=17) cGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACg > 5:188542/1‑149 (MQ=32) gAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGc > 4:218162/1‑149 (MQ=32) aaaGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCt < 2:313010/149‑1 (MQ=32) cTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGa > 8:262497/1‑149 (MQ=32) cccGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGt > 7:278303/1‑149 (MQ=32) cccGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGt > 1:189126/1‑149 (MQ=32) gCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTggg < 7:269069/149‑1 (MQ=32) gCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGATGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTggg > 1:236158/1‑149 (MQ=17) 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aTCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCgagct < 1:256885/149‑1 (MQ=32) ccGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCgagctgg < 7:262497/148‑1 (MQ=32) ccGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCAGCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCgagctgg < 4:235558/148‑1 (MQ=17) gCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCgagctgggcaaggagctg > 5:344496/1‑149 (MQ=34) gCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCgagctgggcaaggagctg < 7:301281/149‑1 (MQ=34) gAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGt < 1:173118/81‑1 (MQ=33) gAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGt > 2:173118/1‑81 (MQ=33) aGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCgagctgggcaaggagctgggc > 2:307181/1‑147 (MQ=34) aGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCgagctgggcaaggagctgggc > 2:57188/1‑147 (MQ=34) cacGTTGGTGGTCGAGCGCATCAACCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTCGAACACAAATAAGAACACAAAGTTTTAGTACATATAATTATATAAAAAATAAACGCCTTCGATCATTTGGGCGTCGAGATGGGAAAGGAGCTGGGAAAGGGct > 8:226708/1‑148 (MQ=2) gTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGttt < 6:344496/149‑1 (MQ=35) ggtggtCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGAACAAGGTGTTCATACAGAGCGTAATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTTGGGCGTCTAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTAc < 6:341756/148‑1 (MQ=11) 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gCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGc > 5:212276/1‑149 (MQ=34) ccGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAgcgc > 7:89736/1‑135 (MQ=34) ccGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAgcgc < 8:89736/135‑1 (MQ=34) gcgcCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTg > 5:40512/1‑148 (MQ=34) gTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGcc < 6:188542/149‑1 (MQ=34) tGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGcc > 8:293970/1‑148 (MQ=34) tGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCg < 8:278303/149‑1 (MQ=34) cgcTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGaa < 4:320263/149‑1 (MQ=34) gcTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCg > 5:22656/1‑146 (MQ=34) gtggCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACgg > 2:200399/1‑149 (MQ=34) gctctGTACGAACACCTTGTGCTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTc > 5:337403/5‑149 (MQ=11) gCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCTTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGtt < 8:182449/148‑1 (MQ=21) aTGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCAc < 6:22656/149‑1 (MQ=34) tGTACGAACACCTTGTGCTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCAcc > 6:108413/1‑149 (MQ=11) gCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGcc > 1:38373/1‑149 (MQ=34) cacaAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGCCAGCTCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCt > 4:205616/1‑149 (MQ=21) cacaAGGTGTTCGTACAGAGCGATATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGcc < 7:38561/148‑1 (MQ=21) cacaAGGTGTTCGTACAGAGCGATATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGcc > 8:38561/1‑148 (MQ=21) acaAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTg < 2:38373/149‑1 (MQ=34) caAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGAGCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTATACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCCCCCACGGCCTGa > 8:5368/1‑149 (MQ=255) aaGGTGTTCTTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTATACCAGCGCTTTGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGAt < 7:5368/149‑1 (MQ=255) | AAGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGAT > NC_002947/5344112‑5344394 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |