Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 462,594 | A→T | 7.8% | intergenic (‑130/+11) | pqqF ← / ← davA | coenzyme PQQ synthesis protein F/5‑aminopentanamidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 462,594 | 0 | A | T | 7.8% | 150.1 / 3.1 | 51 | intergenic (‑130/+11) | pqqF/davA | coenzyme PQQ synthesis protein F/5‑aminopentanamidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/24); new base T (2/2); total (25/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 |
GCGGATGGCGTCAGGCATGGGGGCTCCGGTGGCTGCTCTCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGTCAGGTAGGGAAACGCCCTGCGCCCCTGCACCACCCGCTCATGCTCGAGCTCTGCCAACAACTGGCACTCATCCCGCCCGGCCATGGCCA > NC_002947/462447‑462732 | gCGGATGGCGTCAGGCATGGGGGCTCCGGTGGCTGCTCTCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATa < 2:83763/148‑1 (MQ=255) gATGGCGTCAGGCATGGGGGCTCCGGTGGCTGCTCTCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCgg > 5:316917/1‑149 (MQ=255) gTCAGGCATGGGGGCTCCGGTGGCTGCTCTCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCTATGCGGccca < 1:342306/147‑2 (MQ=255) gTCAGGCATGGGGGCTCCGGTGGCTGCTCTCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCTATGCGGccca > 2:342306/1‑146 (MQ=255) gggggCTCCGGTGGCTGCTCTCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCtt > 1:97437/1‑148 (MQ=255) ggggCTCCGGTGGCTGCTCTCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCTATGCGGcccattcgcg > 4:114512/1‑136 (MQ=255) ggggCTCCGGTGGCTGCTCTCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCTATGCGGcccattcgcg < 3:114512/143‑8 (MQ=255) ggggCTCCGGTGGCTGCTCTCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTa < 5:122765/149‑1 (MQ=255) ggTGGCTGCTCTCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTg < 2:97437/149‑1 (MQ=255) tGGCTGCTCTCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTg > 5:236844/1‑147 (MQ=255) tgctCTCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTc > 7:251883/1‑149 (MQ=255) ctctCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTcc < 8:251883/148‑1 (MQ=255) tctcCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAg < 6:17726/137‑1 (MQ=255) tctcCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAg > 5:17726/1‑137 (MQ=255) tcCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTg < 1:39629/147‑1 (MQ=255) tcCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGgc > 3:143632/1‑149 (MQ=255) ccATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTg < 8:118347/119‑1 (MQ=255) ccATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTg > 7:118347/1‑119 (MQ=255) cATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGgcg > 5:62293/1‑148 (MQ=255) aaCCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCg > 7:41436/1‑149 (MQ=255) aCCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCg < 5:163791/148‑1 (MQ=255) cGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGt > 3:335757/1‑148 (MQ=255) tttgtttgCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGTCAgg < 6:236844/149‑1 (MQ=255) gtttgCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGTCa < 7:150463/144‑1 (MQ=255) gtttgCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGTCa > 8:150463/1‑144 (MQ=255) ccGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGTCAGGTAGGGAAACGccc > 2:299305/1‑149 (MQ=255) ttttCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCt > 4:22769/1‑94 (MQ=255) ttttCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCt < 3:22769/94‑1 (MQ=255) gcgGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGTCAGGTAGGGAAACGCCCTg > 7:96755/1‑140 (MQ=255) gcgGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGTCAGGTAGGGAAACGCCCTg < 8:96755/140‑1 (MQ=255) gcgGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGTCAGGTAGGGAAACGCCCTGCGCCCCTGc < 3:82548/149‑1 (MQ=255) ggTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGTCAGGTAGGGAAACGCCCTGCGCCCCTGcac > 1:247548/1‑148 (MQ=255) gcgcCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGTCAGGTAGGGAAACGCCCTGCGCCCCTGCACCACCCGc > 7:317234/1‑149 (MQ=255) 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aaaTCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGTCAGGTAGGGAAACGCCCTGCGCCCCTGCACCACCCGCTCATGCTCGAGCTCTGCcaac > 2:19396/1‑148 (MQ=255) ccGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGTCAGGTAGGGAAACGCCCTGCGCCCCTGCACCACCCGCTCATGCTCGAGCTCTGCCAACAACTgg < 2:247548/149‑1 (MQ=255) gTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGTCAGGTAGGGAAACGCCCTGCGCCCCTGCACCACCCGCTCATGCTCGAGCTCTGCCAACAACTGGCa < 1:19396/149‑1 (MQ=255) tGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGTCAGGTAGGGAAACGCCCTGCGCCCCTGCACCACCCGCTCATGCTCGAGCTCTGCCAACAACTGGCa > 6:254401/1‑148 (MQ=255) gggCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGTCAGGTAGGGAAACGCCCTGCGCCCCTGCACCACCCGCTCATGCTCGAGCTCTGCCAACAACTGGCACTCATccc > 3:123842/1‑149 (MQ=255) gCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGTCAGGTAGGGAAACGCCCTGCGCCCCTGCACCACCCGCTCATGCTCGAGCTCTGCCAACAACTGGCACTCATc < 7:304602/145‑1 (MQ=255) gCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGTCAGGTAGGGAAACGCCCTGCGCCCCTGCACCACCCGCTCATGCTCGAGCTCTGCCAACAACTGGCACTCATc > 8:304602/1‑145 (MQ=255) gTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGTCAGGTAGGGAAACGCCCTGCGCCCCTGCACCACCCGCTCATGCTCGAGCTCTGCCAACAACTGGCACTCATcccgccc < 4:335757/149‑1 (MQ=255) tGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGTCAGGTAGGGAAACGCCCTGCGCCCCTGCACCACCCGCTCATGCTCGAGCTCTGCCAACAACTGGCACTCATcccgcccg < 8:41436/149‑1 (MQ=255) cccGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGTCAGGTAGGGAAACGCCCTGCGCCCCTGCACCACCCGCTCATGCTCGAGCTCTGCCAACAACTGGCACTCATCCCGCCCGGc > 6:3705/1‑149 (MQ=255) cgAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGTCAGGTAGGGAAACGCCCTGCGCCCCTGCACCACCCGCTCATGCTCGAGCTCTGCCAACAACTGGCACTCATCCCGCCCGGCCATg < 3:26514/149‑1 (MQ=255) tGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGTCAGGTAGGGAAACGCCCTGCGCCCCTGCACCACCCGCTCATGCTCGAGCTCTGCCAACAACTGGCACTCATCCCGCCCGGCCATGGCCa < 5:3705/149‑1 (MQ=255) gCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGTCAGGTAGGGAAACGCCCTGCGCCCCTGCACCACCCGCTCATGCTCGAGCTCTGc > 7:1773/1‑108 (MQ=255) gCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGTCAGGTAGGGAAACGCCCTGCGCCCCTGCACCACCCGCTCATGCTCGAGCTCTGc < 8:1773/108‑1 (MQ=255) | GCGGATGGCGTCAGGCATGGGGGCTCCGGTGGCTGCTCTCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATCGGTCAGGTAGGGAAACGCCCTGCGCCCCTGCACCACCCGCTCATGCTCGAGCTCTGCCAACAACTGGCACTCATCCCGCCCGGCCATGGCCA > NC_002947/462447‑462732 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |