| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 5,614,881 | T→C | 5.0% | K214R (AAG→AGG) | hldE ← | bifunctional heptose 7‑phosphate kinase/heptose 1‑phosphate adenylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 5,614,881 | 0 | T | C | 5.0% | 244.8 / 2.0 | 80 | K214R (AAG→AGG) | hldE | bifunctional heptose 7‑phosphate kinase/heptose 1‑phosphate adenylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/40); new base C (2/2); total (38/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.17e-01 | |||||||||||
TCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCG‑AACTCGCTGAGGTTCGGGGTAATCAGGCTAGCGCCACGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCTTGGCCCGCGC > NC_002947/5614734‑5615026 | tCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCtt < 2:270436/149‑1 (MQ=255) gCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTgg < 1:16742/149‑1 (MQ=255) gCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTgg < 5:71140/149‑1 (MQ=255) gCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGAc < 2:284848/149‑1 (MQ=255) cGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGt > 2:140201/1‑149 (MQ=255) tCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGTGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCg < 8:260425/149‑1 (MQ=255) tCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCg < 2:22626/149‑1 (MQ=255) acaTCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCg‑g < 2:153474/148‑1 (MQ=255) caTCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑Gcc > 7:267406/1‑149 (MQ=255) aTCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑Gcc > 2:166942/1‑148 (MQ=255) aTCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑GCCt > 4:259768/1‑149 (MQ=255) cGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑Gc < 8:203957/145‑1 (MQ=255) cGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑Gc > 7:203957/1‑145 (MQ=255) gAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCAt > 5:321475/1‑149 (MQ=255) gAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCAt < 6:123855/149‑1 (MQ=255) cacTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCATCGa < 3:259768/149‑1 (MQ=255) ttCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCATCGACg > 2:310665/1‑148 (MQ=255) ttCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCATCGACg > 7:4796/1‑148 (MQ=255) cccGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCTAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCATCGACGCAATGGcc > 5:297027/1‑148 (MQ=255) cccGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCCTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCATCGACGCAACGGCcg > 5:325261/1‑149 (MQ=255) cccGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTCACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCCTGGCGCCCAGTTCG‑GCCTCATCGACGCAACGGCcg > 5:330194/1‑149 (MQ=255) ccGCGCAGGCACGTGCAACGCAGGCTGACCAACACGCAAAAGGCTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGAAACTGCAAGGCCTTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCATCGACGCAACGGCcga > 8:276176/1‑149 (MQ=255) gcaggcagGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCATCGACGCAACGGCCGACGAt < 6:216033/149‑1 (MQ=255) 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cGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCG‑AACTCGc < 2:290133/149‑1 (MQ=255) gCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCG‑AACTCGCt < 1:140201/149‑1 (MQ=255) ccGGCTGACCAACACGCAACAGGGTGTTGCGATGCTGACCGG‑GTGTGACCAGCATGGCGCCCAGTTCCTGGTCCTGCTGCAACTGCATGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCATCGACTCAACGGCCGACGATTGTCTCG‑AACTCGCTg < 6:58168/149‑1 (MQ=255) ccGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCG‑AACTCGCTg < 8:4796/149‑1 (MQ=255) ccAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCG‑AACTCGCTGAGGTTCgg < 1:310665/149‑1 (MQ=255) cAACACGCAACAGGGTCATTCCATGCTCACGGC‑GGGTGACCAGCAAGGCTCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCG‑AACTCGCTGAGGTTCggg < 4:135923/149‑1 (MQ=255) cAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGCCGACCAGTTCG‑GCCACATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCG‑AACTCGCTGAGGTTcag > 1:41481/1‑147 (MQ=255) cAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCG‑AACTCGCTGAGGTTCggg > 8:10249/1‑149 (MQ=255) cAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCG‑AACTCGCTGAGGTTCggg < 4:164714/149‑1 (MQ=255) cAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCG‑AACTCGCTGAGGTTCggg > 5:4111/1‑149 (MQ=255) cAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCCTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCG‑AACTCGCTGAGGTTCggg < 6:330194/149‑1 (MQ=255) aaaCACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCCTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATTGTCTCG‑AACTCGCTGAGGTTCggg < 6:325261/148‑1 (MQ=255) aaCACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCG‑AACTCGCTGAGGTTCaggg < 2:41481/149‑1 (MQ=255) cacGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGAc > 8:76453/1‑88 (MQ=255) cacGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGAc < 7:76453/88‑1 (MQ=255) acGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGC‑GGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCG‑AACTCGCTGAGGTTCGGGGTaa < 8:267406/149‑1 (MQ=255) 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gtccaggtcgTGTTGCAAATGCAAGCGCTTGGCGACCAGTTCG‑GCTTCATCGACGCTTGGGCCGTCGATGGTCTCG‑AAGTCGCTGAGGTTCGGGGTAATCAGGCTAGCGCCACGGTAGTTGGAAATGTCCTTGCACTTGGGGTCGGCCa < 8:320970/149‑1 (MQ=255) aggtccTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCG‑AACTCGCTGAGGTTCGGGGTAATCAGGCTAGCGCCACGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCAc < 6:321475/149‑1 (MQ=255) gcaACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCGCGCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCG‑AACTCGCTGAGGTTCGGGGTAATCAGGCTAGCGCCACGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGcc > 1:200918/1‑149 (MQ=255) gcaACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCG‑AACTCGCTg > 1:69789/1‑71 (MQ=255) gcaACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCG‑AACTCGCTg < 2:69789/71‑1 (MQ=255) aCTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCG‑GCCTCATCGACGCAATGGCCGACGATGGTCTCG‑AACTCGCTGAGGTTCGGGGTAATCAGGCTAGCGCCACGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCTTg < 6:297027/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |