| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,651,595 | A→G | 5.4% | M292T (ATG→ACG) | fba ← | fructose‑bisphosphate aldolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,651,595 | 0 | A | G | 5.4% | 281.3 / 3.9 | 92 | M292T (ATG→ACG) | fba | fructose‑bisphosphate aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/43); new base G (3/2); total (47/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.35e-01 | |||||||||||
TGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGCACGCCGTGCTTGATGCCTTCAACGATTTCTTCAACCGGTACACCGTAGGTTTCTTTGATGTCGCCGCCGTACTGGTTGATGATCG > NC_002947/5651452‑5651742 | tGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGa > 8:177342/1‑149 (MQ=255) ccTTCCAGAGAGATCGGCTTGATATTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGATTCGTAACTCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCAAAGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACg > 2:185403/1‑149 (MQ=255) ttCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCAt < 2:191312/141‑1 (MQ=255) ttCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCAt > 1:191312/1‑141 (MQ=255) ccAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGgc < 7:197235/147‑1 (MQ=255) cAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGgcgc < 4:144657/148‑1 (MQ=255) agagagATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCAt > 8:12432/1‑149 (MQ=255) gagagaTCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATg > 6:292590/1‑149 (MQ=255) agagaTCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATgg > 6:284581/1‑149 (MQ=255) gaTCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCAc < 5:255544/149‑1 (MQ=255) tCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCg > 5:176195/1‑149 (MQ=255) gCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATgg > 3:5688/1‑141 (MQ=255) gCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATgg < 4:5688/141‑1 (MQ=255) gATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAgg > 5:315345/1‑149 (MQ=255) tCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGc > 5:280664/1‑148 (MQ=255) cTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGc > 3:268689/1‑147 (MQ=255) cTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGc > 3:132593/1‑147 (MQ=255) ttCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCACCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGc > 5:299580/1‑146 (MQ=255) tCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGa > 1:191285/1‑149 (MQ=255) 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gcgATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGCACGCCGTg > 5:152131/1‑149 (MQ=255) cacaCGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGCACGCCGTGCTTGa < 6:176195/148‑1 (MQ=255) cacaCGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGCACGCCGTGCTTGAt < 2:63993/149‑1 (MQ=255) acacGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTTGGTATCGATGTTGACCTTGCGCACGCCGTGCTTGATg < 7:216934/149‑1 (MQ=255) acacGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGCACGCCGTGCTTGATg > 7:244946/1‑149 (MQ=255) acGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGCACGCCGTGCTTGATGcc < 8:236308/149‑1 (MQ=255) tCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGCACGCCGTGCTTGATGCCTTc < 7:217412/149‑1 (MQ=255) gcgcATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGCACGCCGTGCTTGATGCCTTCaa < 3:10284/149‑1 (MQ=255) cgcATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTgc > 7:180443/1‑124 (MQ=255) cgcATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTgc < 8:180443/124‑1 (MQ=255) cgcATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGCACGCCGTGCTTGATGCCTTCatg > 1:54115/1‑147 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gctcgGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGCACGCCGTGCTTGATGCCTTCAACGATTTCTTCAACCGGTACACCGTAGGTTTCTTTGATGTCGccgccg < 6:315345/148‑1 (MQ=255) ttCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGCACGCCGTGCTTGATGCCTTCAACGATTTCTTCAACCGGTACACCGTAGGTTTCTTTGATGTCGCCGCCGTACTGGtt > 7:313599/1‑149 (MQ=255) atGCGCCGTCTGATGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGCACGCCGTGCTTGATGCCTTCAAc < 7:239760/92‑1 (MQ=255) atGCGCCGTCTGATGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGCACGCCGTGCTTGATGCCTTCAAc > 8:239760/2‑93 (MQ=255) atGCGCCGTCTGATGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGCACGCCGTGCTTGATGCCTTCAACGATTTCTTCAACCGGTACACCGTAGGTTTCTTTGATGTCGCCGCCGTACTGGTtga > 1:17888/2‑149 (MQ=255) tGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGCACGCCGTGCTTGATGCCTTCAACGATTTCTTCAAc < 7:36832/104‑1 (MQ=255) tGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGCACGCCGTGCTTGATGCCTTCAACGATTTCTTCAAc > 8:36832/1‑104 (MQ=255) tGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGCACGCCGTGCTTGATGCCTTCAACGATTTCTTCAACCGGTACACCGTAGGTTTCtt < 5:306031/124‑1 (MQ=255) tGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGCACGCCGTGCTTGATGCCTTCAACGATTTCTTCAACCGGTACACCGTAGGTTTCtt > 6:306031/1‑124 (MQ=255) cgcCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGCACGCCGTGCTTGATGCCTTCAACGATTTCTTCAACCGGTACACCGTAGGTTTCTTTGATGTCGCCGCCGTACTGGTtga < 1:125918/146‑1 (MQ=255) gcCGTCTGATGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGCACGCCGTGCTTGATGCCTTCAACGATTTCTTCAACCGGTACACCGTAGGTTTCTTTGATGTCGCCGCCGTACTGGTtga < 7:3728/145‑1 (MQ=255) gcCGTCTGATGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGCACGCCGTGCTTGATGCCTTCAACGATTTCTTCAACCGGTACACCGTAGGTTTCTTTGATGTCGCCGCCGTACTGGTtga > 8:3728/1‑145 (MQ=255) ccATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGCACGCCGTGCTTGATGCCTTCAACGATTTCTTCAACCGGTACACCGTAGGTTTCTTTGATGTCGCCGCCGTACTGGTTGATGATc < 6:152131/149‑1 (MQ=255) cATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGCACGCCGTGCTTGATGCCTTCAACGATTTCTTCAACCGGTACACCGTAGGTTTCTTTGATGTCGCAGACGTACTGGTTGATCATCg > 2:72102/1‑149 (MQ=255) | TGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGCACGCCGTGCTTGATGCCTTCAACGATTTCTTCAACCGGTACACCGTAGGTTTCTTTGATGTCGCCGCCGTACTGGTTGATGATCG > NC_002947/5651452‑5651742 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |