Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,948,140 | C→G | 100% | A112P (GCC→CCC) | rho ← | transcription termination factor Rho |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,948,140 | 0 | C | G | 100.0% | 178.0 / NA | 52 | A112P (GCC→CCC) | rho | transcription termination factor Rho |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (26/26); total (26/26) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. |
CCTCGGTGGAGCCGTTACCGGCCTCCATCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACGCA > NC_002947/5948008‑5948280 | ccTCGGTGGAGCCGTTACCGGCCTCCATCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCt > 7:309324/1‑144 (MQ=255) ccTCGGTGGAGCCGTTACCGGCCTCCATCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCt < 8:309324/144‑1 (MQ=255) ggTGGAGCCGTTACCGGCCTCCATCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCccttcct > 7:258266/1‑149 (MQ=255) gAGCCGTTACCGGCCTCCATCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCgg > 2:39533/1‑149 (MQ=255) gCCGTTACCGGCCTCCATCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTg < 6:287817/149‑1 (MQ=255) cGTTACCGGCCTCCATCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCccttcct > 1:159956/1‑141 (MQ=255) cGTTACCGGCCTCCATCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCccttcct < 2:159956/141‑1 (MQ=255) ccTCCATCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTg < 7:19456/149‑1 (MQ=255) aTCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCcgac > 3:279683/1‑149 (MQ=255) 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4:222936/112‑1 (MQ=255) tCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCtt > 3:222936/1‑112 (MQ=255) aGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAAcggc < 5:143099/148‑1 (MQ=255) ggTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGATGTAACGATCCCATTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGCCGAGGGTGTCGCCGTTACGCAGGTTGAACcggcg > 6:17987/1‑148 (MQ=255) gAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATctggc > 4:288612/1‑149 (MQ=255) cAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATctggctgg > 7:52917/1‑149 (MQ=255) cAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATctggctgg < 3:232386/149‑1 (MQ=255) aGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTggg < 8:52917/149‑1 (MQ=255) gATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGc > 8:88934/1‑148 (MQ=255) gATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGc > 7:55608/1‑148 (MQ=255) cTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGACGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATg < 5:193278/103‑1 (MQ=255) cTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATg > 6:193278/1‑103 (MQ=255) gTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCgaga < 2:157972/146‑1 (MQ=255) gTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCga < 8:102138/144‑1 (MQ=255) ttcGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGa > 4:85486/1‑148 (MQ=255) cgcgTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGa > 3:204013/1‑125 (MQ=255) cgcgTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGa < 4:204013/125‑1 (MQ=255) cgcgTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGata < 3:288612/148‑1 (MQ=255) cgcgTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGat < 6:157076/147‑1 (MQ=255) gcgTTTTACGGGCGGGCGAACTTGATGGTATCGTCCGTCACCATGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATc < 5:17987/149‑1 (MQ=255) tCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACCATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTg < 4:189336/148‑1 (MQ=255) tCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAg < 7:88934/149‑1 (MQ=255) gAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACAt < 3:274009/125‑1 (MQ=255) gAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACAt > 4:274009/1‑125 (MQ=255) gAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAgg > 7:212742/1‑148 (MQ=255) aaGTTGATGGTAGCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTa < 8:55608/149‑1 (MQ=255) ttGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGa < 4:279683/149‑1 (MQ=255) gATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACg > 5:25526/1‑149 (MQ=255) aTGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACg > 7:219798/1‑148 (MQ=255) aTGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACg > 5:188771/1‑148 (MQ=255) tGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCa < 7:109805/149‑1 (MQ=255) ggTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCAt > 7:202462/1‑149 (MQ=255) ggTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGAGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCAt > 5:183833/1‑149 (MQ=255) tATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTACGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTCGCTGGGCGAGACATAGATATCGACTGGGCCTGCCAGGTAGGACGCAt > 5:265622/1‑147 (MQ=255) aTCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGt < 8:141239/75‑1 (MQ=255) aTCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGt > 7:141239/1‑75 (MQ=255) ttCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACg > 6:42569/1‑149 (MQ=255) agcagGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACGCa < 8:212742/148‑1 (MQ=255) | CCTCGGTGGAGCCGTTACCGGCCTCCATCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACGCA > NC_002947/5948008‑5948280 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |