Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,015,362 | C→T | 8.0% | D135N (GAT→AAT) | PP_5266 ← | acetyl‑CoA hydrolase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,015,362 | 0 | C | T | 8.0% | 141.0 / 2.5 | 50 | D135N (GAT→AAT) | PP_5266 | acetyl‑CoA hydrolase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/22); new base T (2/2); total (26/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.22e-01 |
CTGCAGCGCGGCGCTTGGCGATCATCGGCAGCAGGTCGAGGGTGATGTCTGGGTTGCAGGCCAGGCTCAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGCATGAAGAACTGTTCGACCCGAATATTGGGTGGCAACGTGTCGTTGCGCAGGTCTGCGAGGTAACTGAGC > NC_002947/6015224‑6015507 | cTGCAGCGCGGCGCTTGGCGATCATCGGCAGCAGGTCGAGGGTGATGTCTGGGTTGCAGGCCAGGCTCAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCa < 1:345881/140‑1 (MQ=255) cTGCAGCGCGGCGCTTGGCGATCATCGGCAGCAGGTCGAGGGTGATGTCTGGGTTGCAGGCCAGGCTCAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCa > 2:345881/1‑140 (MQ=255) tGCAGCGCGGCGCTTGGCGATCATCGGCAGCAGGTCGAGGGTGATGTCTGGGTTGCAGGCCAGGCTCAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGt > 5:110909/1‑149 (MQ=255) cAGCGCGGCGCTTGGCGATCATCGGCAGCAGGTCGAGGGTGATGTCTGGGTTGCAGGCCAGGCTCAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGt < 6:16316/147‑1 (MQ=255) cAGCGCGGCGCTTGGCGATCATCGGCAGCAGGTCGAGGGTGATGTCTGGGTTGCAGGCCAGGCTCAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTgg < 3:28399/149‑1 (MQ=255) cAGCGCGGCGCTTGGCGATCATCGGCAGCAGGTCGAGGGTGATGTCTGGGTTGCAGGCCAGGCTCAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTgg < 6:110909/149‑1 (MQ=255) gcTTGGCGATCATCGGCAGCAGGTCGAGGGTGATGTGTGGGTTGCATGCCAGGCTCATGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTtg < 5:157017/149‑1 (MQ=255) cGATCATCGGCAGCAGGTCGAGGGTGATGTCTGGGTTGCAGGCCAGGCTCAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGctgctg < 8:246699/149‑1 (MQ=255) tcatcGGCAGCAGGTCGAGGGTGATGTCTGGGTTGCAGGCCAGGCTCAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTg > 2:245997/1‑134 (MQ=255) tcatcGGCAGCAGGTCGAGGGTGATGTCTGGGTTGCAGGCCAGGCTCAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCAATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTg < 1:245997/134‑1 (MQ=255) tcGGCAGCAGGTCGAGGGTGATGTCTGGGTTGCAGGCCAGGCTCAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAg > 7:197221/1‑149 (MQ=255) ggCAGCAGGTCGAGGGTGATGTCTGGGTTGCAGGCCAGGCTCAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGt < 2:150199/148‑1 (MQ=255) ggCAGCAGGTCGAGGGTGATGTCTGGGTTGCAGGCCAGGCTCAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTc > 8:202720/1‑149 (MQ=255) ggCAGCAGGTCGAGGGTGATGTCTGGGTTGCAGGCCAGGCTCAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTc < 3:256714/149‑1 (MQ=255) gcagcaGGTCGAGGGTTATGTCTGGTTTGCAGGCCAGGCTCAGGTTCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTtg < 3:208608/134‑1 (MQ=255) gcagcaGGTCGAGGGTGATGTCTGGGTTGCAGGCCAGGCTCAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGGGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTcc > 3:160038/1‑149 (MQ=255) gTCGAGGGTGATGTCTGGGTTGCAGGCCAGGCTCAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTggg > 6:134802/1‑149 (MQ=255) cGAGGGTGATGTCTGGGTTGCAGGCCAGGCTCAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGTGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCGCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGc < 3:269083/148‑1 (MQ=255) cGAGGGTGATGTCTGGGTTGCAGGCCAGGCTCAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGTGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCGCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGc > 4:269083/1‑148 (MQ=255) tCTGGGTTGCAGGCCAGGCTCAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCtgtg > 8:276540/1‑149 (MQ=255) ggTTGCAGGCCAGGCTCAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGGGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTgcagc < 4:160038/149‑1 (MQ=255) ttGCAGGCCAGGCTCAGGTGAACGGGCTTTACGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGCGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGCCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGAATCGCTGTGcagcag > 3:296924/1‑149 (MQ=255) caggccaggcTCAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCt < 8:197221/149‑1 (MQ=255) aggccaggcTCAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAg > 7:67252/1‑101 (MQ=255) aggccaggcTCAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAg < 8:67252/101‑1 (MQ=255) aggccaggcTCAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTg > 1:342619/1‑149 (MQ=255) cAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGCa > 3:161564/1‑149 (MQ=255) gCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGCATg > 7:258981/1‑146 (MQ=255) cACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCAGCCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATTACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGCATg > 1:3880/1‑146 (MQ=255) cACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCAGCCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATTACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGCATg > 1:9422/1‑146 (MQ=255) cACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGCATgaag > 5:313124/1‑148 (MQ=255) cTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGCATGAAGAACTGtt < 4:161564/149‑1 (MQ=255) ggggtTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGGTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGCATGAAGAACTGTTCGAccc < 8:282480/149‑1 (MQ=255) gcggcCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGCATGAAGAACTGTTCGACCCGAATAtt > 2:10294/1‑149 (MQ=255) cggcCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGCATGAAGAACTGTTCGACCCGAATATTg < 1:10294/149‑1 (MQ=255) ggcCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATTACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGCATGAAGAACTGTTCGACCCGAATATTgg < 2:9422/149‑1 (MQ=255) ggcCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATTACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGCATGAAGAACTGTTCGACCCGAATATTgg < 2:3880/149‑1 (MQ=255) cca‑ccaACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGCATGAAGAACTGTTCGACCCGAATATTGGGt > 3:113249/1‑149 (MQ=255) ca‑ccaACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGCATGAAGAACTGTTCGACCCGAATATTGGGTg > 4:40038/1‑149 (MQ=255) a‑ccaACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGCATGAAGAACTGTTCGACCCGAATATTGGGTgg < 6:313124/149‑1 (MQ=255) caACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGCATGAAGAACTGTTCGACCCGAATATTGGGTGGCa < 2:342619/149‑1 (MQ=255) tCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGCATGAAGAACTGTTCGACCCGAATATTGGGTGGCAACGTGTCGTTg > 7:126637/1‑149 (MQ=255) gTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGCATGAAGAACTGTTCGACCCGAATATTGGGTGGCAACGACACGTTgccac < 7:276540/149‑4 (MQ=255) cAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGCATGAAGAACTGTTCGACCCGAATATTGGGTGGCAACGTGTCGTTGCGCAGGt > 4:240915/1‑149 (MQ=255) gATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGCATGAAGAACTGTTCGACCCGAATATTGGGTGGCAACGTGTCGTTGCGCAGGTCt < 3:23047/136‑1 (MQ=255) gATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGCATGAAGAACTGTTCGACCCGAATATTGGGTGGCAACGTGTCGTTGCGCAGGTCt > 4:23047/1‑136 (MQ=255) atatCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGCATGAAGAACTGTTCGACCCGAATATTGGGTGGCAACGTGTCGTTGCGCAGGTCTGCGAGGTAACTGAg > 7:94506/1‑149 (MQ=255) tatCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGCATGAAGAACTGTTCGACCCGAATATTGGGTGGCAACGTGTCGTTGCGCAGGTCTGCGAGGTAACTGAGc > 5:334696/1‑149 (MQ=255) atCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGc < 6:244609/79‑1 (MQ=255) atCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGc > 5:244609/1‑79 (MQ=255) | CTGCAGCGCGGCGCTTGGCGATCATCGGCAGCAGGTCGAGGGTGATGTCTGGGTTGCAGGCCAGGCTCAGGTGCACGGGCTTTTCGGGGGTGGCGGCCA‑CCAACTGGGCTATCAGGTTCAGGCCCTTGGCGTTGATATCACGTGCGGCGTGGCTGTAGTTGCTGCTGACGTAGTCCTGCTGGGCCGATTCGCTGTGCAGCAGGCTGCCGGGCTGCATGAAGAACTGTTCGACCCGAATATTGGGTGGCAACGTGTCGTTGCGCAGGTCTGCGAGGTAACTGAGC > NC_002947/6015224‑6015507 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |