| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,175,611 | A→C | 7.7% | I329S (ATC→AGC) ‡ | atpD ← | ATP synthase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,175,611 | 0 | A | C | 7.7% | 281.8 / 12.9 | 91 | I329S (ATC→AGC) ‡ | atpD | ATP synthase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/42); new base C (4/3); total (46/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.89e-01 | |||||||||||
CAGGATCGCAATGATGTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTTGGTGGAGGTGA > NC_002947/6175469‑6175755 | cAGGATCGCAATGATGTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACGCa < 2:63757/149‑1 (MQ=255) aTCGCAATGATGTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGa < 1:261467/149‑1 (MQ=255) tCGCAATGATGTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCGGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAg < 2:101396/149‑1 (MQ=255) gCAATGATGTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGc < 2:157192/149‑1 (MQ=255) cAATGATGTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATAACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGAACGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGc > 3:133137/1‑148 (MQ=255) tgatgTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATg < 5:105235/149‑1 (MQ=255) atttCCTTCAGCTCTTTCTAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGTGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGt < 4:133137/145‑1 (MQ=255) tgTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGGGGCGATGTCa > 4:266876/1‑149 (MQ=255) ctgcAGCGCTATAAAGAGCTGAAGGACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACgg > 4:90322/4‑148 (MQ=255) cTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGAGGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACgg > 1:267023/1‑149 (MQ=255) ttCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGa > 7:117988/1‑149 (MQ=255) tCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGa > 1:247385/1‑148 (MQ=255) cAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGa > 4:105932/1‑147 (MQ=255) cAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGCCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGAc < 3:318180/148‑1 (MQ=255) aGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGAt < 3:311764/137‑1 (MQ=255) aGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGAt > 4:311764/1‑137 (MQ=255) gCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAg > 4:27741/1‑148 (MQ=255) gCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGa < 4:64520/149‑1 (MQ=255) ataGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TACTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAacgacg < 3:19867/148‑1 (MQ=255) cgcTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGc > 8:101495/1‑149 (MQ=255) aGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCaa < 8:44569/149‑1 (MQ=255) gAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAg < 3:27741/149‑1 (MQ=255) aCATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTg < 3:105932/149‑1 (MQ=255) cATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTgg > 8:180782/1‑149 (MQ=255) aTACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAg < 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tGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTg > 5:332581/1‑132 (MQ=255) tGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCg > 4:226113/1‑147 (MQ=255) cGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTAGGCGAAggtg < 8:83977/149‑1 (MQ=255) ccACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGGGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAggtggt < 3:266876/149‑1 (MQ=255) cACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTc > 3:5584/1‑149 (MQ=255) cGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGc > 4:243867/1‑149 (MQ=255) gCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTgg > 4:122099/1‑149 (MQ=255) ggTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGc > 2:208758/1‑148 (MQ=255) tcGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACgg > 6:41273/1‑149 (MQ=255) tGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGggtcggt < 2:247385/149‑1 (MQ=255) tGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGggtcggt < 3:226113/149‑1 (MQ=255) tCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGggtcggtc > 6:186343/1‑147 (MQ=255) tCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCaa < 8:117988/149‑1 (MQ=255) ttGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAgtc < 3:122099/149‑1 (MQ=255) cGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTcc < 5:264068/149‑1 (MQ=255) 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tCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCg > 4:89867/1‑147 (MQ=255) cGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGt < 1:264892/149‑1 (MQ=255) cGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGt < 3:90322/149‑1 (MQ=255) tCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACg > 8:94291/1‑149 (MQ=255) gggTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGta < 7:101495/149‑1 (MQ=255) 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gTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAAccttcct > 6:300235/1‑149 (MQ=255) aCCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTtggt < 5:184262/149‑1 (MQ=255) aCCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTtggt < 7:180782/149‑1 (MQ=255) tcccTGGGTATCTACCCAGGGAGGCGATGTCTCGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAg < 4:1261/125‑1 (MQ=255) tcccTGGGTATCTACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAgg > 6:67799/4‑69 (MQ=39) tcccTGGGTATCTACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAgg < 5:67799/66‑1 (MQ=255) tcccTGGGTATCTACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAg > 3:1261/4‑128 (MQ=255) tcccTGGGTATCTACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTtggtg > 5:24250/4‑149 (MQ=255) ccGCGGGGGAGATCCCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGCGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCCAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTtggtg < 4:90210/149‑1 (MQ=255) cccTGGGTATCTACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAAcct < 6:149748/137‑1 (MQ=255) cccTGGGTATCTACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAAcct > 5:149748/3‑139 (MQ=255) cGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCAAACTGGGAGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTtggtg > 5:240172/1‑148 (MQ=255) cTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTTGGTGGAg > 4:284573/1‑149 (MQ=255) gTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTTGGTGGAGGTGa < 5:300235/149‑1 (MQ=255) | CAGGATCGCAATGATGTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAG‑TGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTTGGTGGAGGTGA > NC_002947/6175469‑6175755 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |